差别

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--- adf:bondboost [2022/03/04 18:37] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun
+++ adf:bondboost [2022/05/06 19:50] (当前版本) – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun
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 {{ :adf:2020bond_boost_10.png?650 }}
-注意：
+**Bond Boost参数：**
-  * Bond Boost lifetime，指该每次作用多长时间？这里设置成了3万步，一般可以设置为2000或3000
+  * Bond Boost lifetime，指每次Restraints作用持续步数上限。这里设置成了3万步，一般可以设置为2000或3000。该时间结束后，会再次检测是否有符合条件的环、链（环、链含义见下文），以施加Restraints。因此该值设置的较大，则Bond boost工作频率就比较低。
-  * Number of instance，指同时加速反应的个数
+  * Number of instance，指同时施加Restraints的环、链数（参看下文后有助于理解此处），该数值设置越大，计算速度越慢。
-  * 这些“原子对”的选择是循环、首尾相连的：1~2、2~3、3~4、4~5、5~1。但实际上也可以是键链，例如1~2、2~3、3~4，也可以是链和环的组合。系统会监测这些键的长度范围，如果达到条件，就会施加外力。如果有多个组合满足条件，就会选择其中距离最短的一组施加外力
-  * 最后一对是所有的H和MD中出现的第一个原子CT中C靠近的N原子，也就是第一对中的N-AllN
-  * R<sub>min</sub>、R<sub>max</sub>是“力”的作用范围，也就是当前面两种原子距离在该R<sub>min</sub> ~ R<sub>max</sub>之间时，施加一个外力
-  * 以上设置是根据经验选择的
-然后设置具体的力的大小，以及方向（推/拉）：
+**Atom types with region参数：**
+  * 本例中，这些“原子对”是循环、首尾相连的“环”：1~2、2~3、3~4、4~1。但也可以是“链”，例如1~2、2~3、3~4。系统会监测环或者链相关“原子对”的实际距离，如果发现设定的几组R<sub>min</sub>、R<sub>max</sub>条件全部同时满足，下方所定义的Restraints（施加外力）就会发生作用。如果有多组环或者链满足条件，会选择其中距离之和最短的n组(Number of instance)施加Restraints。
+  * 本例中，定义的是环，因此5即1。
+**Restraints参数：**
 {{ :adf:2020bond_boost_11.png?650 }}
-  * R<sub>0</sub>指目标键长，例如O-H这里设置目标键长是1.5埃，而施加外力的区间是3.0~5.5埃，程序会判断为施加“拉力”。目标键长并不需要精确，估算一个值即可，因为它主要用来生成力的大小。也可以看到，这个拉力基本上不会改变机理，只是碰撞的几率提高了。
+  * R<sub>0</sub>指目标键长，例如O-H这里设置目标键长是1.5埃，当环或链条件满足时，检查O-H具体距离，如果大于目标键长，将产生拉力，如果小于键长，将产生推力。本例中，因为定义的条件中，当O-H距离在3.0~5.5埃时，才会施加外力，因此实际上只会产生“拉力”，没有机会产生推力（因为距离小于1.5埃时，条件已经不具备了）。这种情况下，目标键长并不需要精确，估算一个值即可，因为这种情况下它主要影响外力的大小，对实际键长没有影响。
-  * 2-3之间在1.2~1.5埃时存在外加推力，因为底部2~3的目标键长是2.5，比1.5大
+  * 类似地，环、链条件满足时，2~3之间会产生外加推力，因为底部2~3的目标键长是2.5，比R<sub>max</sub>=1.5还大。
-  * 从区间、目标来看，拉力只是促使“相遇”，实际上并没有干扰机理。
+  * 后面两个数值也是力大小公式中的数值，其中F∞是正比项，k是指数项，调整F∞可以线性的调整力的大小。公式参考：https://www.scm.com/doc/OldReaxFF/BondBoost.html
-  * 后面两个数值也是力大小公式中的数值，其中一个是正比项，另一个是指数项。公式参考：https://www.scm.com/doc/OldReaxFF/BondBoost.html
+  * **<color red>Restraints定义的原子对，不需要与上面定义的环、链顺序一致，甚至可以没有任何关系。例如环定义为1~2，2~3，3~4，4~1，Restraints也可以直接施加到2~4上。</color>**这种情况的话，就要非常注意R<sub>0</sub>的精确设置了，因为环、链条件没有关于2~4的，因此任何键长都可能存在的，那推力、拉力都有可能产生。
+用户可以设置多组Bond boost，例如，一个键链搭配一个Restraints，一个键环搭配另一个Restraints。数量没有限制。
 =====一般性分子动力学参数设置=====
 {{ :adf:2020bond_boost_12.png?400 }}

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