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--- adf:applenp [2022/03/22 19:24] – [建模与参数设置] liu.jun
+++ adf:applenp [2023/11/18 12:42] (当前版本) – liu.jun
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 ======Apple&P：离子体系的分子动力学模拟======
-=====前言=====
-Apple&P是一个极化力场算法，可用于带电体系，如电解质（例如电池中的电荷迁移率）、离子液体类体系的分子动力学模拟。这里以离子液体 [emim]<sup>+</sup>[Ntf2]<sup>-</sup>与CO<sub>2</sub>混合物为例。
+  * [[adf:visosityofionicliquid]]
+  * [[adf:mdofapplep]]
-离子液体阴阳离子可以从{{http://downloads.scm.com/Downloads/crs/ADFCRS-2018.zip|SCM官网下载*.coskf文件库}}，在AMSinput中File → Import Coordinates导入对应的coskf文件，然后File → Export Coordinates导出为*.xyz文件。不过压缩包里面的离子液体，阴离子与阳离子是各自视为一个独立分子的。
-注意：Apple & P目前有一定的适用范围，对不适合的体系，可能出现静电力将分子撕裂的情况。
-本文参考资料：https://www.scm.com/doc/Tutorials/MolecularDynamicsAndMonteCarlo/APPLEnP.html
-=====建模与参数设置=====
-这里略过了弛豫或结构优化，仅仅演示分子动力学过程，用户自行弛豫或优化即可（笼统的说，弛豫即低温分子动力学模拟）。
-用户可以下载[emim]<sup>+</sup>[Ntf2]<sup>-</sup>{{:adf:emim-ntf2.rar|坐标文件}}并解压得到*.xyz文件，该坐标文件是阴阳离子对形成的整个分子，不过是否形成离子对不重要。
-AMSinput → 切换到Force Field模块，Periodic改为Bulk，Type改为Apple&P:
-{{ :adf:applenp01.png?650 }}
-Edit → Builder设置适当的Cell尺寸，并分别导入离子对140个与CO<sub>2</sub>分子10个（CO<sub>2</sub>属于常用分子，在对应框内输入CO2选择对应分子即可，不需要导入*.xyz文件）
-{{ :adf:applenp02.png?650 }}
-用户此处也可以分别导入阴离子、阳离子各自的xyz文件，然后点击Generate Molecules按钮生成混合物后，Close关闭Builder窗口。回到Main窗口，点击Apple&P右侧的按钮，设置每种分子的电荷：
-{{ :adf:applenp03.png?650 }}
-然后设置MD的基本参数：
-{{ :adf:applenp04.png?650 }}
-注意：
-  * Number of steps，总的步数
-  * Time step，对于没有化学反应的情况，0.5 fs或1.0 fs步长都是可以的
-  * Sample frequency，保存轨迹的频率，此处数值越小轨迹文件将越大
-  * Shake：bonds X X，表示放弃AMSinput产生的对键的定义和限制，采用Apple&P方法对键的定义和限制
-分别点击Thermostat和Barostat，以设置恒温器、恒压器：
-{{ :adf:applenp05.png?650 }}
-{{ :adf:applenp06.png?650 }}
-其中damping constant是MD开始的一个期间，体系本有的温度、压强剧烈震荡期间，该值一般对模拟结果没有明显影响。
-保存作业，并提交作业。
-=====结果分析=====
-运行完毕，SCM → Movie可以得到轨迹动画。MD Properties中有一些常用的分子动力学分析工具，例如Molecules列出分子种类与个数：
-{{ :adf:applenp07.png?900 }}
-Autocorrelation Function可以用于扩散系数、均方位移、径向分布函数、粘度等，具体可以参考[[adf:reaxams|ReaxFF模块]]对这些性质的轨迹动画分析，分析方面的设置是一模一样的。
-=====其他=====
-关于分子动力学的其他更灵活设置，例如温度、压强的变化控制，不同区域设置不同温度，热导率、温度沿轴向的分布曲线等等，都可以参考[[adf:reaxams|ReaxFF模块的教程]]，设置界面除了Apple&P本身参数有别之外，其他设置是一模一样的。

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