adf:3d-peda

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--- adf:3d-peda [2019/12/09 14:03] – [第一步：建模] liu.jun
+++ adf:3d-peda [2022/07/09 12:52] (当前版本) – [第三步：运行任务] liu.jun
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 ======如何进行三维周期性体系的结合能、能量分解pEDA======
-本文使用AMS2019.301完成。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H<sub>2</sub>例。由于pEDA分析支持正常k空间布点，而NOCV则只支持Gamma点，因此建议二者分别计算。
+以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H<sub>2</sub>例。由于pEDA分析支持正常k空间布点，而NOCV则只支持Gamma点，因此建议二者分别计算。
 =====第一步：建模=====
-在免费、开放的[[adf:qcandlinux|免费在线数据库]]可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。在ADFinput > File > Import Coordinates导入*.cif文件。
+在免费、开放的[[https://www.fermitech.com.cn/wiki/doku.php?id=adf:data|免费在线数据库]]可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。在ADFinput > File > Import Coordinates导入*.cif文件。
 创建孔洞结构的过程，参考[[adf:创建孔洞结构|]]。
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 当然，真正进行计算的时候，需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能，因此省去了结构优化的步骤。
-======第二步：设置参数======
+=====第二步：设置参数=====
 设置参数如下：
-泛函、基组的选择，可以参考[[adf:functional|]]、[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]。因为是研究分子吸附，所以这里选择了色散修正泛函PBE-D4(EEQ)。
+泛函、基组的选择，可以参考：[[adf:basis_band]]。因为是研究分子吸附，所以这里选择了色散修正泛函PBE-D3(BJ)，也可以使用D4-(EEQ)。
 {{ :adf:3d-peda11.png?650 }}
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 {{ :adf:3d-peda13.png?650 }}
-**为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:creatregion|]]**。
+**为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:creatregion|]]**。这里将H<sub>2</sub>设置为一个region,固体设为另一个region，研究分子与固体之间的键能：
 {{ :adf:3d-peda12.png?650 }}
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 设置完成后，File > Save As，保存任务。
-======第三步：运行任务======
+=====第三步：运行任务=====
 提交任务的方式，参考[[adf:maintance|]]
-======第四步：结果查看======
+=====第四步：结果查看=====
-查看结果文件，参考[[adf:showresults|]]。
 打开*.out文件，点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。其中△E<sub>int</sub>表示两个分区之间的**结合能**。各项能量的含义，请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。

adf/3d-peda.1575871437.txt.gz · 最后更改: 2019/12/09 14:03 由 liu.jun

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