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adf:3d-peda

如何进行三维周期性体系的结合能、能量分解pEDA

本文使用AMS2019.301完成。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H2例。由于pEDA分析支持正常k空间布点,而NOCV则只支持Gamma点,因此建议二者分别计算。

第一步:建模

在免费、开放的免费在线数据库可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件,下载*.cif格式的结构文件。在ADFinput > File > Import Coordinates导入*.cif文件。

创建孔洞结构的过程,参考创建孔洞结构

点击如下图黄色圆圈所示的H符号,点击孔洞内的空间两次,则创建好了H2。按CTRL m键,则选中了整个H2分子。将H2移动到合适的位置,参考ADFinput常用快捷键精确调整键长、键角、二面角显示键长、键角、二面角

当然,真正进行计算的时候,需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能,因此省去了结构优化的步骤。

第二步:设置参数

设置参数如下:

泛函、基组的选择,可以参考不同泛函的特点一般情况下如何选择基组Basis Set对同一种元素的不同原子指定不同基组。因为是研究分子吸附,所以这里选择了色散修正泛函PBE-D4(EEQ)。

设置k点为Very Good:

为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考如何创建分区

勾选Use Fragment,开启EDA功能:

设置完成后,File > Save As,保存任务。

第三步:运行任务

第四步:结果查看

查看结果文件,参考如何查看结果

打开*.out文件,点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。其中△Eint表示两个分区之间的结合能。各项能量的含义,请参考pEDA能量各项的含义

adf/3d-peda.txt · 最后更改: 2019/12/09 14:03 由 liu.jun

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