这是本文档旧的修订版!
*.coskf文件是进行COSMO-RS模拟所需要的(溶质分子、溶剂分子)文件,例如NaCl水溶液,就分别需要Na+、Cl-、H2O的*.coskf文件。对于离子液体,就分别计算阳离子、阴离子,得到各自的*.coskf文件。
SCM LOGO > COSMO-RS进入流体热力学模块,默认情况下,会提示到官网下载分子库文件。该分子库包含1872种分子的*.coskf文件。如果我们要计算的(溶质、溶剂)分子,这个库里面没有,那么就需要我们自己通过ADF模块准备。过程非常简单:
建模的操作,参考:AMS软件建模教程
点击窗口底部 ⚙ 按钮,分子将被使用UFF力场快速地优化得到较为合理的结构,一般较小的分子几秒钟就优化完了,大分子则慢一些。然后用Mopac方法,进一步精确优化:右键点击 ⚙ 按钮,选择Mopac,然后就会继续优化,一般小分子一分钟以内就优化好了,大一些的会慢一些。
这种情况不能用UFF力场优化,所以直接右键点击 ⚙ → Mopac优化即可。
这个过程实际上包含了2个步骤,软件自动连续完成了:
AMSinput > Main > Task > COSMO-RS Compound,则所有相关的参数都自动选好了。唯独需要调整的是:
例如,H3O+的分子的参数:
注意其他参数不允许修改!这些参数与COSMO-RS模块中的参数是对应的,修改这些参数将导致与COSMO-RS、COSMO-SAC的参数不再匹配,从而结果质量下降!
File > Save as保存任务,之后提交任务。软件的并行计算,参考正式版的安装、维护与升级
SCM LOGO > COSMO-RS打开COSMO-RS模块。在COSMO-RS窗口点击Compounds > Add Compound(s) 添加前面生成的*.coskf文件(注意更改“文件选择窗口”右下角,文件类型为coskf,不然可能找不到。
添加完毕之后,窗口会列出所有导入的分子,对某些性质计算(具体可以参考相应的教程),用户需要在下方Input Data中,为这些分子添加更精细的实验参数:
之后,Ctrl s保存任务,然后就可以进行具体某项性质的计算了。具体计算方法,参考相应教程。