用户工具

站点工具

本页面的其他翻译:
  • zh

adf:batchworkforionics_liquid

这是本文档旧的修订版!


批量筛选液体的离子液体溶剂

通过 Python 脚本,针对用户指定的液态溶质,遍历不同阴阳离子组合(自动考虑其电荷与比例)形成的溶剂。

运行环境

Windows

AMSJobs → Help → Command-line 打开命令行,输入 sh 回车进入命令行环境,筛选作业在该环境中完成,将生成 Excel 结果文件以及图,便于用户进行数据处理。

另外,需要安装 pandas 包。安装方法:在命令行中输入

amspython -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas

回车,大约几十秒即可安装成功。

如果 HDB、HDA、溶质数量特别巨大,需要并行化处理,则还需要安装 multiprocessing 包,安装方法:在命令行输入

amspython -m pip install multiprocessing

回车。这个包似乎没有找到国内的镜像,因此可能连接国外服务器太慢,导致安装失败。

Linux

在 AMS 环境变量生效的情况下,直接进入命令行即可,当然也需要类似安装 pandas、multiprocessing 包。

准备阴离子、阳离子、溶质

这要求清楚分子的三维结构,三维结构的确认,参考教程“寻找分子真实构型/多个异构体共存的分子的谱学性质的玻尔兹曼平均、生成*.coskf文件”的前两步。

*.coskf 文件的制作参考教程:

AMS 提供一个离子液体库,包含 80 个阳离子和 56 个阴离子,下载链接:http://downloads.scm.com/Downloads/crs/ADFCRS-2018.zip

筛选过程

文件下载:(点击),注意解压到一个不含中文、空格的路径中。压缩包包含:

  • 一个 Python 脚本
  • 一个文件夹 coskf-IL,该文件夹中中的 IL 文件夹存放阴阳离子的 *.coskf 文件,solute 存放溶质的 *.coskf。用户如果增加 AMS 自带离子液体库之外的阴阳离子,*.coskf 文件的命名也应遵照例子中的规则
  • 一个 IL_list.csv 文件,列出了 AMS 自带离子液体库中所有阴阳离子,如果用户有超出该范围的阴阳离子,则按照类似格式在表格中追加即可。这些命名等信息,将会出现在输出结果的excel表格中,因此命名应便于用户阅读。

真正计算的时候,只计算提供了 *.coskf 文件的阴阳离子。脚本将会一次性遍历所有阴阳离子组合。

adf/batchworkforionics_liquid.1691475419.txt.gz · 最后更改: 2023/08/08 14:16 由 liu.jun

© 2014-2022 费米科技(京ICP备14023855号