ReaxFF-Molecule Sink：反应过程中清除指定产物

本文以甲烷燃烧为例，燃烧过程中不断生成CO₂和H₂O，设定不断抽走产物中的水和二氧化碳，版本要求AMS2020.101，使用ReaxFF模块完成。当然，用户如果指定在3万步的时候，去掉所有O₂，也是可以的，程序并不区分谁是反应物谁是产物。

设置，参考：【入门基础教程】ReaxFF-燃烧：甲烷燃烧过程模拟。不过这里我们不设置变温，而是设为恒温4300K，免得等不到生成CO₂、H₂O的反应发生:

增加参数设置：Model > Molecule Sink，设置抽走分子：

其中：

• Formula，指抽走分子的分子式，用户输入后，保存任务时，软件会自动调整为标准格式
• Frequency，指每多少步抽一次，每次将该分子全部抽走
• Start step，指从第多少步开始抽取
• Stop step，指第多少步以后不再抽取，如果不设置，抽取过程将持续到模拟结束

SCM > Movie > MD Properties > Molecules:

可以看到虽然我们已经模拟了40000步，但是体系中并没有CO₂，只有2个H₂O分子，但是从数量曲线来看，出现了H₂O之后，很快就消失了。而对照相同模拟条件，但没有设置Molecule Sink的模拟来看，在相同的模拟时长内，生成了大量CO₂和H₂O。

因此这实际上表示，我们设置的Molecule Sink成功的实现了抽走特定产物的功能。

在AMSinput中的键级，未经计算，因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的，因此鼠标选中两个原子，窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。