ReaxFF模拟中的径向分布函数RDF
本例以MoS2为例。软件版本为AMS2019.3及之前的版本，AMS2020以后的版本请参考链接：ReaxFF-RDF：分析径向分布函数
建模与参数设置
在美国矿物学家晶体结构数据库可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。在ADFinput > File > Import Coordinates导入*.cif文件。
ADFinput > Edit > Crystal > Generate SuperCell，设置5*5*5的超胞。参数设置：
结果查看
ADF LOGO > Movie > Histograms > Radial Distribution Function，弹出如下左边的对话框、中间的体系结构图、右边的分布函数。
其中：
- Atom(s) 1、Atom(s) 2：输入关心哪两种元素之间的径向分布函数，本例中是S和Mo，顺序随意
- Select MD steps：关心哪一段MD步数之间的径向分布函数
- Set type：关心分子内的径向分布函数还是关心分子间的？本例关心的是晶体，因此只能是分子内的
- Bins：使用多少个Cell重复单元，来计算RDF，数字越大，RDF峰越尖锐，用户可以自己尝试
- Normalize：是否归一化。也就是所有RDF峰纵坐标加起来为1
- Run：点击，开始计算RDF，并在右边显示