这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:pbsorlsf [2022/11/13 10:33] – [1,脚本样本] liu.jun | adf:pbsorlsf [2024/06/07 00:04] (当前版本) – [2,如果集群可以使用GUI] liu.jun | ||
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行 2: | 行 2: | ||
=====注意:===== | =====注意:===== | ||
- | * 每个集群脚本完全不同,以下范例,仅供参考,请勿照抄。 | + | |
=====一、LSF系统===== | =====一、LSF系统===== | ||
====1,脚本样本==== | ====1,脚本样本==== | ||
行 31: | 行 31: | ||
mv ams.results ${JOBNAME}.results | mv ams.results ${JOBNAME}.results | ||
mv logfile ${JOBNAME}.logfile | mv logfile ${JOBNAME}.logfile | ||
- | mv mkdir ${JOBNAME} | ||
- | mv ./ | ||
mv * ../ | mv * ../ | ||
+ | cd .. | ||
rm -rf ${JOBNAME} | rm -rf ${JOBNAME} | ||
</ | </ | ||
行 66: | 行 65: | ||
JOBNAME= | JOBNAME= | ||
- | cat $PBS_NODEFILE > machinefile | ||
dos2*unix ./ | dos2*unix ./ | ||
chmod 700 ./ | chmod 700 ./ | ||
行 79: | 行 77: | ||
mv logfile ${JOBNAME}.logfile | mv logfile ${JOBNAME}.logfile | ||
mv * ../ | mv * ../ | ||
+ | cd .. | ||
rm -rf ${JOBNAME} | rm -rf ${JOBNAME} | ||
</ | </ | ||
行 85: | 行 84: | ||
如果是进行片度分析,那么参考:[[adf: | 如果是进行片度分析,那么参考:[[adf: | ||
- | ====2,如果集群可以使用GUI==== | + | ====2,如果集群使用PBS提交作业,而且允许用户可以使用GUI==== |
- | 在登录节点打开AMSJobs → Queue → New → PBS,上面脚本内容,对应的设置如下: | + | 在登录节点或管理节点打开AMSJobs → Queue → New → PBS,上面脚本内容,对应的设置如下: |
{{ : | {{ : | ||
说明如下: | 说明如下: | ||
- Queue Name:可以根据用户习惯设置,用于提醒用户这个队列的特征,不能包含中文、空格 | - Queue Name:可以根据用户习惯设置,用于提醒用户这个队列的特征,不能包含中文、空格 | ||
- | - Remote host:必须填写localhost,即在本节点提交作业(到集群其他计算节点) | + | - Remote host:必须填写localhost,即在本节点提交作业(到集群其他计算节点),当然也可以写登录节点的IP或者其他机器名 |
- Remote job directory:作业存放路径,这个可以较为灵活设置,一般不影响使用,因为实际使用过程中,仍然可以选择存储在任何其他路径中 | - Remote job directory:作业存放路径,这个可以较为灵活设置,一般不影响使用,因为实际使用过程中,仍然可以选择存储在任何其他路径中 | ||
- | - Run command:原则上这里汇集了PBS脚本的前几行的信息,照抄即可,最后是“ $job”结尾 | + | - Run command:**原则上这里汇集了PBS脚本的前几行的信息,按照图中范例的格式,去照抄你的集群的pbs脚本前几行即可,最后是“ $job”结尾,所以用户必须非常清楚本集群pbs脚本的前几行是什么内容,含义是什么** |
- Prolog command:用source语句读取软件中的amsbashrc.sh文件,使得环境变量生效 | - Prolog command:用source语句读取软件中的amsbashrc.sh文件,使得环境变量生效 | ||
+ | |||
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=====三、SLURM系统===== | =====三、SLURM系统===== | ||
参考:[[adf: | 参考:[[adf: | ||
**如果运行有问题,可以咨询ams@fermitech.com.cn。** | **如果运行有问题,可以咨询ams@fermitech.com.cn。** |