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adf:bsdosorbital

【入门基础教程】如何计算能带、费米面、态密度以及特定能带、K点的波函数、能带成分

关键词:Band Structure;DOS、pDOS、LDOS、fat Bands

建模

1,从晶体结构文件(*.cif)导入坐标(File-Import Coordinates),一般而言,晶体结构来源通常有:

  • 从网上下载cif文件(例如从美国矿物晶体结构数据库下载);
  • 其他软件产生的cif文件或PDB文件
  • 首先下载相近晶体结构的cif文件,然后通过ADFinput进行掺杂、替换、超胞、表面切割等产生新的晶体结构(包括产生新的三维、二维、一维结构;或者产生超胞结构,然后切换到ADF模块,将直接作为团簇对待,之后在ADFinput中根据用户需要修饰边界原子,然后使用ADF模块或其他模块进行非周期性计算)
  • 购买晶体结构数据库,从中到处cif文件格式。

目前*.cif文件在各种软件中的通用性、兼容性、普适性最好,因此优先推荐cif格式文件。

设置参数

以单层石墨烯为例(使用了二维周期边界条件,Periodicity设置为Slab):

参数说明如下:

  • Single Point:表示只计算该结构的性质,不进行结构优化、分子动力学、搜索过渡态等操作;
  • Periodicity:周期性的情况,包括三维周期性体系(Bulk)、二维周期性体系(Slab)、一维周期性体系(Chain)、非周期性(none,等同于ADF模块,但计算方法、基函数上略有差别;
  • Unrestricted:是否考虑自旋(自旋多重度如果不为0,则需要勾选此项);
  • XC Potential in SCF:选择使用的泛函,目前不包含杂化泛函,其中Model Potential中的GLLB-SC对于一些半导体能带计算结果很好;有一些色散修正泛函(GGA-D中任意一种,MetaGGA中的SSB-D、TPSS-D3、TPSS-D3(BJ)等),可以用于吸附键、氢键等;
  • Relativity:是否考虑相对论,对于含重元素的体系计算一般使用Scalar,如果既是重元素又要考虑自旋-轨道耦合,则使用Spin-Orbit;
  • Basis set:BAND使用Slater基、数值基混合,因此对于原子核附近的电子波函数描,其精确度远大于平面波,基组的挑选参考:BAND:如何设置基组,BAND由于使用了数值基(NO,Numerical Orbital)因此基组的级别可以比ADF模块低一个档次,例如ADF中用TZP的元素,在BAND中可以用DZP基组(如果有DZP的话),点击后面的…可以对某些元素单独设置基组;
  • Frozen core:参考费米科技维基百科:BAND:如何设置基组
  • Numerical Quality:设置实空间积分精细程度,对于性质计算选择Good(为了节省计算量,也可以将其设置为Normal,之后点击该选项后面的…,单独将k-Space选项修改为Good,这样能带结构也会更精确,而计算量适中。总的来说计算能带态密度,Details > Numerical Quality > k-Space设置为good甚至Excellent至关重要,态密度随着k点的疏密程度有很大差异,随着k点越来越密,逐渐趋于不变,因此DOS计算一定要设置为Very Good甚至Excellent)。对能带的计算,k点的影响,可以参考一下这个案例:石墨烯的狄拉克锥计算测试结果。对于结构优化、过渡态搜索等选择Normal;
  • 勾选DOS、BandStructure,则表示将计算态密度、能带结构
  • 显示原子的窗口右下角有四个圆的图标,是切换显示单/多周期,当前为多周期显示,默认显示3×3×3周期。注意这只是“显示方式”,并不影响计算结果。

Interpolation delta-K设置能带图上k点的密度,这个数值越小,能带越光滑,设置为0.03会比较光滑(具体参考结果查看的能带显示效果),而计算量也可接受。

Calculate fatbands可以根据用户需要来确定是否计算,fatbands会给出能带曲线每一段的主要组分情况。

软件会自动根据晶格对称性,计算高对称点之间的能带,但用户也可以自己指定能带图的路径:去掉Automatic generate path的勾,然后在下方的输入框内手工输入路径,格式为一行一个k点。例如:

0.00 0.00 0.00 G
0.50 0.00 0.00 X
0.50 0.50 0.00 M
0.50 0.50 0.50 R
0.00 0.00 0.00 G
 
0.00 0.00 0.00 G
0.50 0.50 0.50 R

上面指定了两条不连续的路径。第一条路径经过4个高对称点,第二条路径只经过2个高对称点。

费米面

如果要生成费米面,则此处勾选Calculate Fermi Surface,并在Details → Expert BAND → Fermi surface处修改KInteg for symmetric kgrid,使得生成的费米面更加细腻。但本例中的体系,存在带隙,因此并非金属,从而无法计算费米面。

保存并提交任务

提交任务的方式,参考费米科技维基百科:正式版的安装、维护与升级

结果查看

能带、态密度

说明:

BAND如果使用HSE03、HSE06泛函,则从SCF到能带计算,都是使用该泛函完成,并且由于方法的优势,计算量并不大,因此k点也不需要像平面波那样设置权重,提高了方便程度,也减少了近似。

SCM > BAND Structure,则显示该体系能带结构:

窗口分为左、中、右三个部分。

  • 左边显示了k空间的第一布里渊区,并显示了其中的高对称点(鼠标滚轮可以放大缩小);本例是二维周期性体系,因为k空间也是一个二维的
  • 中间部分显示能带结构,能带结构图的下方显示了能带图横坐标上面这些高对称点的顺序,能带图的右上角,显示了能带中各种组分的颜色,对应能带图中线条的颜色;
  • 右边显示对应的态密度图,同样以颜色标记成分

滚轮可以放大缩小,左键可以上下拖动。

费米面

如果是金属,并如前所述进行了费米面计算的设置,则此时默认将显示费米面。如果没有显示,在本窗口View → Brillouin Zone → Show Fermi Surface勾选,则将显示。

pDOS

SCM > DOS,显示态密度曲线。选中某个原子则显示该原子的pDOS,也可以在选中某个原子后,菜单栏Partial > 原子编号 > 选择该特定轨道,则显示该轨道的pDOS。

LDOS

SCM > View > Add > Cut Plane: Colored > Select Field > Density > Total LDOS,设定范围后,经过一段时间的计算,将显示LDOS:

勾选下方Position按钮,可以右键拖动白色小球移动平面,左键拖动箭头标记可以转动。上面显示的是登高剖面,当然也可以SCM > View > Add > ISOsurface,做等值面图。

某个K点的波函数

SCM > View,点击ADFView窗口中add-Isosurface: With Phase(表示显示的等值面有两个相位),在窗口下方Select Field选择Orbitals(Occupied)则显示占据轨道列表。例如我们如果希望查看HOMO轨道在Gamma点(k=(0,0))的波函数空间分布情况(点击Kpoint列标,则按照k点坐标值排序,gamma点排第一):

Gamma点HOMO能量为-0.366 Hartree。

调整透明度:点击窗口左下方的“Isosurface: With Phase” > Show Details > Opacity 该值范围0~100,值越小,透明度越高,100完全不透明。

附录

adf/bsdosorbital.txt · 最后更改: 2024/02/08 19:17 由 liu.jun

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