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adf:2d-peda

这是本文档旧的修订版!


如何进行二维周期性体系的结合能、能量分解pEDA

BAND中的二维体系是真正的二维体系,并不需要加真空层。在Main菜单中,Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。

由于pEDA分析支持正常k空间布点,而NOCV则只支持Gamma点,因此建议二者分别计算。本文使用AMS2019.301完成。

模型

    Atoms
        Mg 0.5952900648117065 0.5952714085578918 1.669389009475708
        Mg 2.083763837814331 -0.8932194709777832 -0.3998482525348663
        Mg -2.381629705429077 0.5952858924865723 1.650922179222107
        Mg -0.8931822776794434 -0.8931437730789185 -0.3998597264289856
        O 2.0837242603302 -0.8932545781135559 1.721166849136353
        O -0.8931580781936646 -0.8930988311767578 1.721139311790466
        O 0.5958311557769775 0.5952631831169128 -0.4591511785984039
        O -2.38149356842041 0.595311164855957 -0.4593693315982819
        O 0.5951411128044128 0.5954184532165527 4.201965808868408
        C 0.5957195162773132 0.5962072014808655 5.353646278381348
    End
    Lattice
        2.976919651031494 -2.976919651031494 0.0
        2.976919651031494 2.976919651031494 0.0
    End

把这段数据直接复制到Input窗口即可。注意,此时Main窗口的Periodicity自动修改为Slab了,也就是一个真正的二维材料,上下表面为半无限大的真空。

第二步:设置计算参数

严格的说,需要先对吸附模型进行结构优化,但本例仅仅为了演示pEDA的功能,因此省去了结构优化,而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下:

注意,泛函、基组的选择,请参考不同泛函的特点ADF:一般情况下如何选择基组Basis Set对同一种元素的不同原子指定不同基组

如果有原子不在Cell范围内,通过Edit > Crystal > Map Atoms to Cell。因为进行pEDA计算的时候,如果有原子不在Cell范围内可能会报错。

将H2和铁表面分成2个区,分区方法参考如何创建分区,如下图:

设置其他参数:

关于k点的设置:2019版可以用默认k点设置,也可以在Details → K-Space Integration → Number of Points输入具体k点个数,例如7 7;之前的版本需要选择Gamma Only(也就是1 1,只有一个1*1=1个k点)

设置完成后,File > Save As保存任务。

第三步:运行任务

提交任务的方式,参考正式版的安装、维护与升级

第四步:结果查看

查看结果文件,参考如何查看结果

打开*.out文件,点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。其中△Eint表示两个分区之间的结合能。其他各项能量的含义,请参考pEDA能量各项的含义

adf/2d-peda.1575882871.txt.gz · 最后更改: 2019/12/09 17:14 由 liu.jun

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