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--- adf:三维周期性体系的能量分解peda [2016/03/24 13:22] – [第四步：结果查看] liu.jun
+++ adf:三维周期性体系的能量分解peda [2016/05/18 15:57] (当前版本) – 移除 liu.jun
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-======三维周期性体系的能量分解pEDA======
-ADF2016以后的版本，支持周期性体系的能量分解。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H<sub>2</sub>例。
-=====第一步：建模=====
-在[[|http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php美国矿物晶体在线数据库]]可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。
-创建孔洞结构的过程，参考[[adf:创建孔洞结构|]]。
-点击如下图黄色圆圈所示的H符号，点击孔洞内的空间两次，则创建好了H<sub>2</sub>。按CTRL m键，则选中了整个H<sub>2</sub>分子。将H<sub>2</sub>移动到合适的位置，参考[[adf:adfinput常用快捷键|]]、[[adf:精确调整键长_键角_二面角|]]、[[adf:显示键长_键角_二面角|]]。
-{{:adf:3d-peda10.png|}}
-当然，真正进行计算的时候，需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能，因此省去了结构优化的步骤。
-======第二步：设置参数======
-设置参数如下：
-泛函、基组的选择，可以参考[[adf:不同泛函的选择|]]、[[adf:一般情况下_如何选择基组basis_set|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]
-{{:adf:3d-peda11.png|}}
-**为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:如何创建分区|]]**
-{{:adf:3d-peda12.png|}}
-{{:adf:3d-peda13.png|}}
-**对于pEDA而言，只需要关心Gamma点就可以了**，所以k点设置如下（或者K-Space选择Gamma Only也可以。实际上默认情况下，pEDA也会自动取gamma点，而不读取非1 1 1的k点设置）：
-{{:adf:3d-peda15.png|}}
-{{:adf:3d-peda14.png|}}
-======第三步：运行任务======
-提交任务的方式，参考[[adf:并行数的设置|]]
-======第四步：结果查看======
-查看结果文件，参考[[adf:结果文件查看|]]。
-打开*.out文件，点击Properties > PEDA即可看到能量分解的情况。PEDA的分解方式和分子中的分解方式很类似，分子的能量分解物理意义，可以参考[[adf:文献重现_adenine_thymine碱基对的氢键分析|]]：
-△E<sub>int</sub> =△E<sub>elstat</sub> +△E<sub>Pauli</sub>+△E<sub>oi</sub>（+△E<sub>disp</sub>）。
-其中:
-  * △E<sub>int</sub>表示总的结合能（对应*.out文件中的E_int）
-  * △E<sub>elstat</sub>表示总的结合能中，静电部分贡献（对应*.out文件中的E_elstat）
-  * △E<sub>Pauli</sub>表示总的结合能中，Pauli排斥的贡献（对应*.out文件中的E_Pauli）
-  * △E<sub>oi</sub>表示总的结合能中，轨道相互作用的贡献（对应*.out文件中的E_orb）
-  *** △E<sub>disp</sub>表示色散能，如果没有使用色散修正泛函的话，这一项不存在。**
-上面E_orb，细分为T_orb、Elst_orb、XC_orb，也就是轨道相互作用，对动能T、静电作用能Elst、交换相关能的贡献；
-与轨道无关的部分有两种成分：E_elstat、E_Pauli是与轨道相互作用无关的部分。注意静电作用能既包括与轨道作用有关的部分，也包括与轨道作用无关的部分；
-与轨道无关的部分也可以按另一种方式拆分：T^0、Elst^0、XC^0，即动能、静电作用能、交换相关能。注意交换相关能中也是既包括与轨道作用有关的部分，也包括与轨道作用无关的部分；

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