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adf:三维周期性体系的能量分解peda

这是本文档旧的修订版!


三维周期性体系的能量分解pEDA

ADF2016以后的版本,支持周期性体系的能量分解。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H2例。

第一步:建模

http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php美国矿物晶体在线数据库可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件,下载*.cif格式的结构文件。

创建孔洞结构的过程,参考创建孔洞结构

点击如下图黄色圆圈所示的H符号,点击孔洞内的空间两次,则创建好了H2。按CTRL m键,则选中了整个H2分子。将H2移动到合适的位置,参考AMSinput常用快捷键精确调整键长、键角、二面角显示键长、键角、二面角

当然,真正进行计算的时候,需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能,因此省去了结构优化的步骤。

第二步:设置参数

设置参数如下:

泛函、基组的选择,可以参考不同泛函的选择一般情况下_如何选择基组basis_set对同一种元素的不同原子指定不同基组

为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考如何创建分区

对于pEDA而言,只需要关心Gamma点就可以了,所以k点设置如下(或者K-Space选择Gamma Only也可以。实际上默认情况下,pEDA也会自动取gamma点,而不读取非1 1 1的k点设置):

第三步:运行任务

提交任务的方式,参考并行数的设置

第四步:结果查看

查看结果文件,参考结果文件查看

打开*.out文件,点击Properties > PEDA即可看到能量分解的情况。PEDA的分解方式和分子中的分解方式很类似,分子的能量分解物理意义,可以参考文献重现_adenine_thymine碱基对的氢键分析

△Eint =△Eelstat +△EPauli+△Eoi(+△Edisp)。

其中:

  • △Eint表示总的结合能(对应*.out文件中的E_int)
  • △Eelstat表示总的结合能中,静电部分贡献(对应*.out文件中的E_elstat)
  • △EPauli表示总的结合能中,Pauli排斥的贡献(对应*.out文件中的E_Pauli)
  • △Eoi表示总的结合能中,轨道相互作用的贡献(对应*.out文件中的E_orb)
  • △Edisp表示色散能,如果没有使用色散修正泛函的话,这一项不存在。

上面E_orb,细分为T_orb、Elst_orb、XC_orb,也就是轨道相互作用,对动能T、静电作用能Elst、交换相关能的贡献;

与轨道无关的部分有两种成分:E_elstat、E_Pauli是与轨道相互作用无关的部分。注意静电作用能既包括与轨道作用有关的部分,也包括与轨道作用无关的部分;

与轨道无关的部分也可以按另一种方式拆分:T^0、Elst^0、XC^0,即动能、静电作用能、交换相关能。注意交换相关能中也是既包括与轨道作用有关的部分,也包括与轨道作用无关的部分;

adf/三维周期性体系的能量分解peda.1458796945.txt.gz · 最后更改: 2016/03/24 13:22 由 liu.jun

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