Atom too close是检查到原子之间的距离比某个阈值（例如0.44埃）更小，不太合理，从而出现的一个报错提示：

<Sep28-2022> <16:32:08>  AMS 2022.103  RunTime: Sep28-2022 16:32:08  ShM Nodes: 1  Procs: 1
<Sep28-2022> <16:32:08>  Starting MD calculation:
<Sep28-2022> <16:32:08>  --------------------
<Sep28-2022> <16:32:08>  Molecular Dynamics
<Sep28-2022> <16:32:08>  --------------------
<Sep28-2022> <16:32:08>           Step       Time    Temp.         E Pot        Pressure        Volume
<Sep28-2022> <16:32:08>                      (fs)      (K)          (au)           (MPa)         (A^3)
<Sep28-2022> <16:32:09>              0       0.00  100000.     -39.24009      133821.625        3048.6
<Sep28-2022> <16:32:09>  ERROR: Atoms are too close

应对方法可以选择： 减小步长 使用更强的原子核排斥力场 关闭原子距离合理性检查： If none of these methods seems feasible you can disable the error check using the AllowCloseAtoms flag in the System input block.