adf:failedtobuilder
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:failedtobuilder [2023/11/01 00:10] – 创建 liu.jun | adf:failedtobuilder [2023/11/01 12:02] (当前版本) – liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ======Builder中填充分子报错====== | + | ======Builder中填充分子报错：原因、特征、解决====== |
| + | ====错误原因==== | ||
| 往一个盒子里面，随机填充分子，并不是随便填充都能装进去。10埃的立方盒子装得下100万水分子吗？ | 往一个盒子里面，随机填充分子，并不是随便填充都能装进去。10埃的立方盒子装得下100万水分子吗？ | ||
| 在Builder界面中，有一个Distance参数，默认值为2.5埃，可修改。 | 在Builder界面中，有一个Distance参数，默认值为2.5埃，可修改。 | ||
| - | {{ : | + | {{ : |
| - | 该值的含义是：填充后，分子之间的最小间距不能小于2.5埃。如果填充分子太多，或者分子太大、盒子不够大，那填充失败就是必然！报错类似如下： | + | 该值的含义是：填充后，分子之间的最小间距不能小于2.5埃。如果填充分子太多，或者分子太大、盒子不够大，那填充失败就是必然！ |
| + | ====错误特征==== | ||
| + | 报错类似如下： | ||
| < | < | ||
| If you want that the packing procedure continuesfor a longer time, add the following keywordto the input file: | If you want that the packing procedure continuesfor a longer time, add the following keywordto the input file: | ||
| 行 20: | 行 22: | ||
| Packmol failed to generate proper result file.script to run packmol saved in F:/ | Packmol failed to generate proper result file.script to run packmol saved in F:/ | ||
| </ | </ | ||
| + | |||
| + | ====错误解决==== | ||
| + | - 注意考虑控制填充分子的个数、尺寸，盒子是否装得下？ | ||
| + | - 如果要创建大分子高密度体系，应该采用大盒子填充，然后压缩到高密度，而不是一开始就用小盒子直接填充过量大分子！参考：[[adf: | ||
adf/failedtobuilder.1698768608.txt.gz · 最后更改: 2023/11/01 00:10 由 liu.jun