adf:atomtooclose
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:atomtooclose [2022/09/28 16:36] – liu.jun | adf:atomtooclose [2023/04/26 15:56] (当前版本) – liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ======关闭Atom too close的检查====== | + | ======关闭Atoms too close的检查====== |
| - | Atom too close是检查到原子之间的距离比某个阈值（例如0.44埃）更小，不太合理，从而出现的一个报错提示： | + | Atom too close是检查到原子之间的距离比某个阈值（例如0.5埃）更小，不太合理，从而出现的一个报错提示： |
| < | < | ||
| < | < | ||
| 行 13: | 行 13: | ||
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| 应对方法可以选择： | 应对方法可以选择： | ||
| - | 减小步长 | + | - 减小步长 |
| - | 使用更强的原子核排斥力场 | + | |
| - | 关闭原子距离合理性检查：在*.run文件中System关键词下添加一行AllowCloseAtoms 例如下面所示： | + | |
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| Task MolecularDynamics | Task MolecularDynamics | ||
| 行 35: | 行 35: | ||
| …… | …… | ||
| </ | </ | ||
| + | |||
| + | =====注意===== | ||
| + | AllowCloseAtoms 关键词在restart计算中会被忽略，如果一定需要restart，AMSinput读取Movie最后一帧的结构，然后Model→MD→Initial Velocities读取*.results/ | ||
adf/atomtooclose.1664354167.txt.gz · 最后更改: 2022/09/28 16:36 由 liu.jun