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导入图像-新项目

导入体积图像是加载一个包含像素值的文件(或一组文件)的过程,但不包含所有“关键”数据表示信息,比如间距(原始图像数据)、体积大小(像素)、序列名称(DICOM)等。为了导入体积图像,必须指定这些值。

导入 Simpleware ScanIP 的常见图像数据格式是原始图像格式、图像堆栈、DICOM 图像和空白图像。点击 File — New project,选择您的图像文件类型。

  • DICOM images:通常是医学图像
  • DICONDE images:通常是工业图像
  • Stack or raw images:BMP、JPG、PNG、TIFF、RAW、IMG、VOL等
  • 3D image formats:HDR、MHD、MHA、NII…
  • Blank image:生成一个具有空白图像背景的项目文件

同样地,您也可以在打开软件后欢迎页面的 New project from 区域点击相关选项导入图像数据。

1. Stack or raw images

选择 Stack or raw images 可以导入 2D 图像堆栈、3D 原始图像或原始图像堆栈。

1.1 图像堆栈

在一组 2D 图像文件的数据中,每个切片就是一个图像文件,由使用的图像格式给定像素类型。切片的数量(在 X、Y、Z 方向)也隐含给出:

  • 由每个切片的尺寸给定在 X 和 Y 方向的像素数量(如 2D 图像文件)
  • 切片数量(如在 Z 方向的像素数量)等同于图像文件的数量

其他需要的信息和必须包含:

  • 以 mm 为单位的所有方向上的间距(分辨率)

导入图像堆栈:

  • 点击 File — New project — Stack or raw images 或在欢迎页点击 Stack or raw images。
  • 显示 Import images 对话框,点击 Select File(s)… 或 Select folder…,选择保存图像堆栈的路径。
  • Simpleware ScanIP 将在 File 表中显示提取的图像堆栈。
  • 如果需要单独删除切片可以选中 File 栏的一个切片并点击 Remove Selected Slice。
  • 通过点击 Move Selected Up、Move Selected Down 按钮或按字母排列文件确定切片的正确顺序。
  • 输入 Spacing 数值。
  • 点击 OK。
    • (可选)如果点击 Use advanced import options,将会出现 Crop and resample 对话框。

1.2 原始图像

原始图像数据通常是一个包含图像每个像素/体素值的单一文件,但也可以是以堆栈的形式。描述数据的附加信息是必要的,可以是文本文件,也可以是电子邮件等提供的一些信息等。附加信息必须包括:

  • 像素类型(如 unsigned byte、16-bit、float)
  • 每个方向(X、Y、Z)的像素数
  • 每个方向(X、Y、Z)的间距(真实单位的尺寸,如 mm、m等)

导入原始图像文件:

  • 点击 File — New project — Stack or raw images 或在欢迎页点击 Stack or raw images。
  • 显示 Import images 对话框,点击 Select File(s)… 选择原始文件。
  • 填写合适的参数:Pixel type、Pixel Size、Number of slices、Spacing、Offset to first slice (bytes)。
  • 选择合适的 Byte order (Big endian 或 Little endian) 和 File type(Binary 或CSV)。
  • 选择 File type,这里可以指定原始图像文件为 ASCII 或 Binary 格式。
  • 点击 OK。
    • (可选)如果点击 Use advanced import options,将会出现 Crop and resample 对话框。

Offset to first slice(bytes)参数用于跳过前面一定数量的输入文件,跳过的信息包含任何元数据,如输入文件中关于分辨率、帧数的附加信息。

CSV 输入文件应包含由空格或任何非数值分隔的数值,第一个分隔符后面的分隔符字符数不受限制。

Byte order:根据使用的计算系统,多字节数字在原始图像文件中的存储方式将由字节顺序(即小端序或大端序)决定。通常,PC 使用 Little endian 字节顺序,而某些 Apple Mac 使用 Big endian 字节顺序。字节顺序参数与 CSV 文件无关,在原始导入对话框中显示为灰色。此外,CSV 文件不支持文件长度检查字段。

1.3 原始图像堆栈

原始图像数据通常是一个包含图像每个像素/体素值的单一文件。数据也可以作是一组 2D 原始图像,堆栈中的所有原始图像都具有相同的必要附加信息。

导入原始图像堆栈:

  • 点击 File — New project — Stack or raw images 或在欢迎页点击 Stack or raw images。
  • 显示 Import images 对话框,点击 Select Files… 或 Select Directory… 选择保存的原始图像堆栈。
  • Simpleware ScanIP 将在 File 表中显示提取的图像堆栈。
  • 如果需要单独删除切片可以选中 File 栏的一个切片并点击 Remove Selected Slice。
  • 通过点击 Move Selected Up、Move Selected Down 按钮或按字母排列文件确定切片的正确顺序。
  • 输入 Spacing 数值。
  • 填写合适的参数:Pixel type、Pixel Size、Offset to first slice (bytes)。
  • 选择合适的 File type 和 Byte order。
  • 点击 OK。
    • (可选)如果点击 Use advanced import options,将会出现 Crop and resample 对话框。

2. 3D image formats

选择 3D image formats 可以导入包含创建 Simpleware ScanIP 项目需要所有信息的体积图像文件类型(如 *.hdr 文件)。可通过点击 File — New project — 3D image formats 或欢迎页的 3D image formats 打开以下体积图像文件格式:

  • Analyze image (*.hdr)
  • Interfile image (*.hdr)
  • Meta image (*.mha; *.mhd)
  • NIFTI-1 image (*.hdr; *.img; *.nii; *.gz)

导入 3D 图像格式:

  • 点击 File — New project —  3D image formats 或在欢迎页点击 3D image formats。
  • 选择图像文件的保存路径,点击 Open。

参考

  • Simpleware 软件内置手册 Simpleware ScanIP–Loading and saving images / Importing images-New project
sw/导入图像-新项目.txt · 最后更改: 2023/11/18 21:48 由 liu.ning

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