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co:pd_100_结构优化 [2018/06/15 09:55] – [最终弛豫] fermi | co:pd_100_结构优化 [2018/06/15 10:22] (当前版本) – [CO/Pd (100)的结构优化] fermi |
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- 最终优化时,对底部的 Pd 原子施加 Fixed 约束。 | - 最终优化时,对底部的 Pd 原子施加 Fixed 约束。 |
- 最后,弛豫 CO 分子,计算吸附能。 | - 最后,弛豫 CO 分子,计算吸附能。 |
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| <WRAP center info 100%> |
| === 提示 === |
| **本教程使用特定版本的QuantumATK创建,因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别,请在学习时务必注意。** |
| </WRAP> |
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{{ :co:introbar.png?direct&900 |}} | {{ :co:introbar.png?direct&900 |}} |
为了计算得到 Pd(100) 面上 CO 的吸附能,您也需要弛豫单独的 CO 分子。我们可以通过以下步骤获得: | 为了计算得到 Pd(100) 面上 CO 的吸附能,您也需要弛豫单独的 CO 分子。我们可以通过以下步骤获得: |
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♥ 在 **Builder** 里点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} New Configuration 添加新的结构; | * 在 **Builder** 里点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} New Configuration 添加新的结构; |
| * 选择 **Molecular Builder**,在打开的面板中点击 Fragments {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Carbon monoxide; |
♥ 选择 **Molecular Builder**,在打开的面板中点击 Fragments {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Carbon monoxide; | |
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{{ :co:pd_w11.png?direct&700 |}} | {{ :co:pd_w11.png?direct&700 |}} |
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♥ 下一步,选择 ''New Configuration'' 的 Stash 里的 H 原子,将其替换为 CO 片段,关闭 Molecular Builder 窗口,将 Stash 里文件名称更改为 ''CO''。 | * 下一步,选择 ''New Configuration'' 的 Stash 里的 H 原子,将其替换为 CO 片段,关闭 Molecular Builder 窗口,将 Stash 里文件名称更改为 ''CO''。 |
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{{ :co:pd_w12.png?direct&600 |}} | {{ :co:pd_w12.png?direct&600 |}} |
现在,您只需要弛豫 CO 原子坐标、计算总能量。把结构发送到 **Script Generator**,添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**,{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块。默认输出文件名称处输入 CO.nc,然后按照以下对模块稍作编辑: | 现在,您只需要弛豫 CO 原子坐标、计算总能量。把结构发送到 **Script Generator**,添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**,{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块。默认输出文件名称处输入 CO.nc,然后按照以下对模块稍作编辑: |
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♥ {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**:选择 GGA-PBE 泛函; | * {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**:选择 GGA-PBE 泛函; |
| * {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**:您可以保存轨迹文件或减小 force tolerance,但这不是强制性的。 |
♥ {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**:您可以保存轨迹文件或减小 force tolerance,但这不是强制性的。 | * 将脚本保存为 CO.py 并运行,计算速度非常快。脚本也可以在此处下载:[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO.py|↓CO.py]]。 |
将脚本保存为 CO.py 并运行,计算速度非常快。脚本也可以在此处下载: [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO.py|↓CO.py]]。 | |
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您将会发现 C-O 键长的弛豫结果为 1.143 Å,与实验数据非常吻合。 | 您将会发现 C-O 键长的弛豫结果为 1.143 Å,与实验数据非常吻合。 |