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| co:pd_100_结构优化 [2018/06/15 09:53] – [精确弛豫] fermi | co:pd_100_结构优化 [2018/06/15 10:22] (当前版本) – [CO/Pd (100)的结构优化] fermi |
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| - 最终优化时，对底部的 Pd 原子施加 Fixed 约束。 | - 最终优化时，对底部的 Pd 原子施加 Fixed 约束。 |
| - 最后，弛豫 CO 分子，计算吸附能。 | - 最后，弛豫 CO 分子，计算吸附能。 |
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| | <WRAP center info 100%> |
| | === 提示 === |
| | **本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。** |
| | </WRAP> |
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| {{ :co:introbar.png?direct&900 |}} | {{ :co:introbar.png?direct&900 |}} |
| 在此，您将以上一步得到的结果为初始状态，对 CO/Pd(100) 结构进行最终的结构优化。 | 在此，您将以上一步得到的结果为初始状态，对 CO/Pd(100) 结构进行最终的结构优化。 |
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| ♥ 把 ''Pd_CO_rigid.nc'' 里 ID 为 //gID002// 的结构发送到 **Scripter**，默认输出文件名设为 ''Pd_CO.nc''。 | * 把 ''Pd_CO_rigid.nc'' 里 ID 为 //gID002// 的结构发送到 **Scripter**，默认输出文件名设为 ''Pd_CO.nc''。 |
| | * 再次添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块，参数编辑与之前步骤中的相似。只是，这次的 ATD-DFT 计算器的网格截断用 75 Hartree，且只对底部的 2 个 Pd 原子加 //Fixed// 约束。 |
| ♥ 再次添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块，参数编辑与之前步骤中的相似。只是，这次的 ATD-DFT 计算器的网格截断用 75 Hartree，且只对底部的 2 个 Pd 原子加 //Fixed// 约束。 | |
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| {{ :co:pd_w10.png?direct&600 |}} | {{ :co:pd_w10.png?direct&600 |}} |
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| ♥ 保存脚本为 ''Pd_CO.py''，在 Job Manager 或终端执行运算。模拟一共需要约 20 分钟，但如果在更多的 CPU 上并行运行的话，过程会快很多。脚本可以在此下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100_CO.py|↓Pd100_CO.py]]。 | * 保存脚本为 ''Pd_CO.py''，在 Job Manager 或终端执行运算。模拟一共需要约 20 分钟，但如果在更多的 CPU 上并行运行的话，过程会快很多。脚本可以在此下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100_CO.py|↓Pd100_CO.py]]。 |
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| <WRAP center tip 100%> | <WRAP center tip 100%> |
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| {{ :co:relax.gif?direct&700 |}} | {{ :co:relax.gif?direct&700 |}} |
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| 为了计算得到 Pd(100) 面上 CO 的吸附能，您也需要弛豫单独的 CO 分子。我们可以通过以下步骤获得： | 为了计算得到 Pd(100) 面上 CO 的吸附能，您也需要弛豫单独的 CO 分子。我们可以通过以下步骤获得： |
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| ♥ 在 **Builder** 里点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} New Configuration 添加新的结构； | * 在 **Builder** 里点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} New Configuration 添加新的结构； |
| | * 选择 **Molecular Builder**，在打开的面板中点击 Fragments {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Carbon monoxide； |
| ♥ 选择 **Molecular Builder**，在打开的面板中点击 Fragments {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Carbon monoxide； | |
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| {{ :co:pd_w11.png?direct&700 |}} | {{ :co:pd_w11.png?direct&700 |}} |
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| ♥ 下一步，选择 ''New Configuration'' 的 Stash 里的 H 原子，将其替换为 CO 片段，关闭 Molecular Builder 窗口，将 Stash 里文件名称更改为 ''CO''。 | * 下一步，选择 ''New Configuration'' 的 Stash 里的 H 原子，将其替换为 CO 片段，关闭 Molecular Builder 窗口，将 Stash 里文件名称更改为 ''CO''。 |
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| {{ :co:pd_w12.png?direct&600 |}} | {{ :co:pd_w12.png?direct&600 |}} |
| 现在，您只需要弛豫 CO 原子坐标、计算总能量。把结构发送到 **Script Generator**，添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块。默认输出文件名称处输入 CO.nc，然后按照以下对模块稍作编辑： | 现在，您只需要弛豫 CO 原子坐标、计算总能量。把结构发送到 **Script Generator**，添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块。默认输出文件名称处输入 CO.nc，然后按照以下对模块稍作编辑： |
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| ♥ {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**：选择 GGA-PBE 泛函； | * {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**：选择 GGA-PBE 泛函； |
| | * {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**：您可以保存轨迹文件或减小 force tolerance，但这不是强制性的。 |
| ♥ {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**：您可以保存轨迹文件或减小 force tolerance，但这不是强制性的。 | * 将脚本保存为 CO.py 并运行，计算速度非常快。脚本也可以在此处下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO.py|↓CO.py]]。 |
| 将脚本保存为 CO.py 并运行，计算速度非常快。脚本也可以在此处下载: [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO.py|↓CO.py]]。 | |
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| 您将会发现 C-O 键长的弛豫结果为 1.143 Å，与实验数据非常吻合。 | 您将会发现 C-O 键长的弛豫结果为 1.143 Å，与实验数据非常吻合。 |
