差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

--- co:pd_100_结构优化 [2018/05/09 22:47] – [平衡校正] xie.congwei
+++ co:pd_100_结构优化 [2018/06/15 10:22] (当前版本) – [CO/Pd (100)的结构优化] fermi
@@ 行 3: / 行 3: @@
 版本：2015.1
-在本教程中，您将学习如何用Fixed和Rigid约束原子并进行结构优化。学习案例为CO分子在Pd(100)面上的吸附，所选计算工具为ATK-DFT计算引擎和标准GGA泛函。
+在本教程中，您将学习如何用 Fixed 和 Rigid 约束原子并进行结构优化。学习案例为 CO 分子在 Pd(100) 面上的吸附，所选计算工具为 ATK-DFT 计算引擎和标准 GGA 泛函。
 具体地，您将：
-、优化块体钯晶体；
+  - 优化块体钯晶体；
+  - 切割块体获得 Pd(100) 面，然后弛豫结构；
+  - 表面吸附 CO 分子，按以下 2 步对体系进行弛豫；
+    - 初始弛豫期间，给原子施加 Rigid 约束；
+    - 最终优化时，对底部的 Pd 原子施加 Fixed 约束。
+  - 最后，弛豫 CO 分子，计算吸附能。
-、切割块体获得Pd(100)面，然后弛豫结构；
+<WRAP center info 100%>
+=== 提示 ===
+**本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。**
+</WRAP>
-、表面吸附CO分子，按以下2步对体系进行弛豫；
-（1）初始弛豫期间，给原子施加Rigid约束；
-（2）最终优化时，对底部的Pd原子施加Fixed约束。
-、最后，弛豫CO分子，计算吸附能。
 {{ :co:introbar.png?direct&900 |}}
@@ 行 24: / 行 25: @@
 ===== 钯块体 =====
-创建一个新的项目，命名为“Pd100_CO”，打开**Builder** {{:atk:builder.png?direct&25|}} 。
+创建一个新的项目，命名为 “Pd100_CO”，打开 **Builder** {{:atk:builder.png?direct&25|}} 。
-* 点击Add  From Database将钯块体结构导入到Stash，然后用发送按钮 {{:atk:sendto.png?direct&20|}} 传送构形到**Script Generator** {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} 。
+  * 点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} From Database 将钯块体结构导入到 Stash，然后用发送按钮 {{:atk:sendto.png?direct&20|}} 传送构形到 **Script Generator** {{:atk:script_generator.png?direct&25|}}。
+  * 在 Script Generator 中，双击添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator** 和 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 模块到脚本，将默认输出文件名称改为 ''Pd_bulk.nc''。
-♥ 在Script Generator中，双击添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**和 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**模块到脚本，将默认输出文件名称改为''Pd_bulk.nc''。
 {{ :co:pd_w1_2.png?direct&700 |}}
-♥ 双击 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**模块，在随即打开的窗口中设置参数:
+  * 双击 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator** 模块，在随即打开的窗口中设置参数:
+    * //k-point sampling//：9×9×9；
-◊ //k-point sampling//：9×9×9；
+    * //exchange-correlation//：GGA-PBE 泛函。
+  * 打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 模块，如下图所示设置参数。特别地：
-◊ //exchange-correlation//：GGA-PBE泛函。
+    * 不勾选 //Constrain cell// 以确保应力弛豫；
+    * 降低 Stress tolerance 至 0.005 eV/Å<sup>3</sup>；
-♥ 打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**模块，如下图所示设置参数。特别地：
+    * 点击 //Save trajectory// 保存弛豫的轨迹，输入轨迹文件名称为 ''Pd_bulk.nc''。
-◊ 不勾选//Constrain cell//以确保应力弛豫；
-◊ 降低Stress tolerance至0.005 eV/Å<sup>3</sup>；
-◊ 点击//Save trajectory//保存弛豫的轨迹，输入轨迹文件名称为''Pd_bulk.nc''。
 {{ :co:pd_w2_2.png?direct&400 |}}
-<WRAP center round tip 100%>
+<WRAP center tip 100%>
 === 提示 ===
-通常，保存轨迹文件是一个很好的做法。假如您的结构优化过程中断，可以轻易地从轨迹的最后一步重启计算。如果您想知道如何重启中断的计算，可以参考教程[[http://quantumwise.com/publications/tutorials/item/502-restarting-stopped-calculations|Restarting stopped calculations]]。
+通常，保存轨迹文件是一个很好的做法。假如您的结构优化过程中断，可以轻易地从轨迹的最后一步重启计算。如果您想知道如何重启中断的计算，可以参考教程 [[http://quantumwise.com/publications/tutorials/item/502-restarting-stopped-calculations|Restarting stopped calculations]]。
 </WRAP>
-♥ 单击OK，结构优化窗口关闭。
+  * 单击 OK，结构优化窗口关闭。
-♥ 至此，脚本已经完成。点 {{:atk:sendto.png?direct&20|}} 按钮将其发送到Job Manager {{:atk:job_manager.png?direct&25|}} 。保存出现在窗口的脚本并运行计算，耗时数秒钟。如果有需要，您可以在此[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd_bulk.py|↓Pd_bulk.py]]下载脚本。
+  * 至此，脚本已经完成。点 {{:atk:sendto.png?direct&20|}} 按钮将其发送到 Job Manager {{:atk:job_manager.png?direct&25|}} 。保存出现在窗口的脚本并运行计算，耗时数秒钟。如果有需要，您可以在此 [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd_bulk.py|↓Pd_bulk.py]] 下载脚本。
-块体弛豫结束后，计算的输出结果会在LabFloor显示。ID名字含有//gID000//和//gID002//的块体构形文件分别为最初和最终的结构，弛豫轨迹文件ID为//gID001//。
+块体弛豫结束后，计算的输出结果会在 LabFloor 显示。ID 名字含有 //gID000// 和 //gID002// 的块体构形文件分别为最初和最终的结构，弛豫轨迹文件 ID 为 //gID001//。
 {{ :co:pd_w3_2.png?direct&400 |}}
-您可以拖拽这些文件到**Viewer** {{:co:viewer.png?direct&25|}} 实现结构可视化。在浏览器中，将鼠标停在晶胞边界可以查看晶格常数，也可以在最新生成的log文件中查到。
+您可以拖拽这些文件到 **Viewer** {{:co:viewer.png?direct&25|}} 实现结构可视化。在浏览器中，将鼠标停在晶胞边界可以查看晶格常数，也可以在最新生成的 log 文件中查到。
-在接下来的计算中，您所用到的都是都是弛豫后的块体结构//gID002//。
+在接下来的计算中，您所用到的都是都是弛豫后的块体结构 //gID002//。
@@ 行 71: / 行 65: @@
-===== 构造Pd(100)面并弛豫 =====
+===== 构造 Pd(100) 面并弛豫 =====
-♥ 拖拽弛豫后的块体构形到**Builder** {{:atk:builder.png?direct&25|}} 。
+  * 拖拽弛豫后的块体构形到 **Builder** {{:atk:builder.png?direct&25|}}。
+  * 打开 Builders {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Surface (Cleave) 插件。
-♥ 打开Builders {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Surface (Cleave) 插件。
+  * 保留默认的 Miller 指数，单击 //Next//。
+  * 保留默认的 1×1 表面晶格，单击 //Next//。
-♥ 保留默认的Miller指数，单击//Next//。
+  * 在 //Out-of-plane cell vector// 下方选择 //Non-periodic and normal//（//slab//），4 层平面金属，顶部和底端分别有 10 Å 和 5 Å 的真空。单击 //Finish// 创建表面。
-♥ 保留默认的1×1表面晶格，单击//Next//。
-♥ 在//Out-of-plane cell vector//下方选择//Non-periodic and normal//（//slab//），4层平面金属，顶部和底端分别有10 Å和5Å的真空。单击//Finish//创建表面。
 {{ :co:pd_w4.png?direct&600 |}}
-♥ 发送板状结构到**Script Generator** {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} ，脚本中添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}}  **OptimizeGeometry**和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy**模块，修改默认输出文件名称为//Pd100.nc//。
+  * 发送板状结构到 **Script Generator** {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} ，脚本中添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}}  **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块，修改默认输出文件名称为 //Pd100.nc//。
 {{ :co:pd_w5_2.png?direct&600 |}}
-♥ 按照以下设置计算器参数：
+  * 按照以下设置计算器参数：
+    * //k-point sampling//：9×9×1 k 点；
-◊ //k-point sampling//：9×9×1 k点；
+    * //exchange-correlation//：GGA-PBE；
+    * //Poisson solver// 选择 //FFT2D//，平板之下设置 //Neumann// 边界条件，之上用 //Dirichlet// 边界条件。
-◊ //exchange-correlation//：GGA-PBE；
-◊ //Poisson solver//选择//FFT2D//，平板之下设置//Neumann//边界条件，之上用//Dirichlet//边界条件。
 {{ :co:pd_w6.png?direct&600 |}}
-<WRAP center round tip 100%>
+<WRAP center tip 100%>
 === 提示 ===
-这种沿模拟晶胞C方向上的特定边界条件设置很适合板状结构的计算，板上的真空在原则上可以扩展到无限远。
+这种沿模拟晶胞 C 方向上的特定边界条件设置很适合板状结构的计算，板上的真空在原则上可以扩展到无限远。
 </WRAP>
-♥ 打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**，为力的弛豫做出如下设置：
+  * 打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**，为力的弛豫做出如下设置：
+    * 把轨迹保存到 //Pd100_traj.nc// 文件；
-◊ 把轨迹保存到''Pd100_traj.nc''文件；
+    * 点击 **Add Constraints** 打开 Constraints Editor；
+    * 用鼠标选中 Pd(100) 面最底部的 2 层，点击 //Add tag from selection// 中。那两个原子现在被标注为 “Selection 0”，然后为其选择 //Fixed// 约束。
-◊ 点击**Add Constraints**打开Constraints Editor；
-◊ 用鼠标选中Pd(100)面最底部的2层，点击//Add tag from selection//中。那两个原子现在被标注为“Selection 0”，然后为其选择//Fixed//约束。
 {{ :co:pd_w7.png?direct&550 |}}
-♥ 在 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy**模块没有需要编辑的，所以到这步脚本已经完成了。保存为''Pd100.py''，用**Job Manager** {{:atk:job_manager.png?direct&25|}} 执行计算，大概需要1分钟。如果有需要，您可以在这[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100.py|↓Pd100.py]]下载脚本。
+  * 在 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块没有需要编辑的，所以到这步脚本已经完成了。保存为 ''Pd100.py''，用 **Job Manager** {{:atk:job_manager.png?direct&25|}} 执行计算，大概需要 1 分钟。如果有需要，您可以在这 [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100.py|↓Pd100.py]] 下载脚本。
-Pd(100)面的结构优化完成后，结果会立即出现在**LabFloor**。您还可以用**Viewer** {{:co:viewer.png?direct&25|}} 把弛豫轨迹可视化。
+Pd(100) 面的结构优化完成后，结果会立即出现在 **LabFloor**。您还可以用 **Viewer** {{:co:viewer.png?direct&25|}} 把弛豫轨迹可视化。
-<WRAP center round tip 100%>
+<WRAP center tip 100%>
 === 提示 ===
-选中TotalEnergy，点击**Text Representation**插件可以查看弛豫后Pd(100)面的总能量，这个能量值在log文件中也有输出。
+选中 TotalEnergy，点击 **Text Representation** 插件可以查看弛豫后 Pd(100) 面的总能量，这个能量值在 log 文件中也有输出。
 </WRAP>
@@ 行 131: / 行 115: @@
-===== 弛豫CO/Pd(100)体系 =====
+===== 弛豫 CO/Pd(100) 体系 =====
-下一步就是在表面上添加CO分子，然后弛豫整个体系。您可以下载现成的CO/Pd(100)结构 [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO_Pd100.py|↓CO_Pd100.py]]。您还可以通过教程[[https://docs.quantumwise.com/tutorials/benzene_au111/benzene_au111.html#bz-au111|Building molecule-surface systems:Benzene on Au(111)]]学习怎样在表面上添加分子。
+下一步就是在表面上添加 CO 分子，然后弛豫整个体系。您可以下载现成的 CO/Pd(100) 结构  [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO_Pd100.py|↓CO_Pd100.py]]。您还可以通过教程 [[https://docs.quantumwise.com/tutorials/benzene_au111/benzene_au111.html#bz-au111|Building molecule-surface systems:Benzene on Au(111)]] 学习怎样在表面上添加分子。
-正如在介绍中提到的，您需要两步来弛豫CO/Pd(100)构形：
+正如在介绍中提到的，您需要两步来弛豫 CO/Pd(100) 构形：
-、为了快速了解CO被吸附的位置，给CO施加//Rigid//约束，面施加//Fixed//约束，并设置一个相对较低的电子密度的网格截断。
+  - 为了快速了解 CO 被吸附的位置，给 CO 施加 //Rigid// 约束，面施加 //Fixed// 约束，并设置一个相对较低的电子密度的网格截断。
+  - 最后一步的弛豫不会约束 CO 分子，只固定 Pd(100) 板的底部。
-、最后一步的弛豫不会约束CO分子，只固定Pd(100)板的底部。
 ==== 精确弛豫 ====
-将提供的CO/Pd(100)构形（[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO_Pd100.py|↓CO_Pd100.py]]）移动到**Script Generator**，添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**和 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**模块。输入默认的输出文件名称为''Pd100_CO_rigid.nc''，然后编辑脚本：
+将提供的 CO/Pd(100) 构形（[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO_Pd100.py|↓CO_Pd100.py]]）移动到 **Script Generator**，添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator** 和 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 模块。输入默认的输出文件名称为 ''Pd100_CO_rigid.nc''，然后编辑脚本：
-♥ 在 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**模块，除了将密度网格截断降至30 Hartree外，其他参数使用跟之前弛豫Pd(100)时相同的设置。
+  * 在 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator** 模块，除了将密度网格截断降至 30 Hartree 外，其他参数使用跟之前弛豫 Pd(100) 时相同的设置。
 {{ :co:pd_w8_2.png?direct&600 |}}
-♥  {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**模块的设置也与弛豫Pd(100)时相似，只是约束的选择有略微的不同：
+  * {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 模块的设置也与弛豫 Pd(100) 时相似，只是约束的选择有略微的不同：
+    * 给金属板的所有原子加上 //Fixed// 约束；
-◊ 给金属板的所有原子加上//Fixed//约束；
+    * CO 分子施加 //Rigid// 约束（把 C 原子和 O 原子添加到组 “Selection 1”）。
-◊ CO分子施加//Rigid//约束（把C原子和O原子添加到组“Selection 1”）。
 {{ :co:pd_w9.png?direct&600 |}}
-<WRAP center round important 100%>
+<WRAP center important 100%>
 === 注意 ===
-在力优化时，被施加了Rigid约束的原子团在移动时像刚体。
+在力优化时，被施加了 Rigid 约束的原子团在移动时像刚体。
 </WRAP>
-♥  保存脚本为''Pd100_CO_rigid.py，''用**Job Manager**运行。如果串行执行的话大概耗时5分钟。您还可以在此 [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100_CO_rigid.py|↓Pd100_CO_rigid.py]]下载脚本。
+  * 保存脚本为 ''Pd100_CO_rigid.py'',用 **Job Manager** 运行。如果串行执行的话大概耗时 5 分钟。您还可以在此  [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100_CO_rigid.py|↓Pd100_CO_rigid.py]] 下载脚本。
-<WRAP center round info 100%>
+<WRAP center info 100%>
 === 重要 ===
-如果您查看弛豫的轨迹会发现，CO分子稍微偏移了初始位置，但C-O键的长度并没有改变，分子也未旋转。这就是刚性约束的作用。
+如果您查看弛豫的轨迹会发现，CO 分子稍微偏移了初始位置，但 C-O 键的长度并没有改变，分子也未旋转。这就是刚性约束的作用。
 </WRAP>
@@ 行 177: / 行 158: @@
 ==== 最终弛豫 ====
-在此，您将以上一步得到的结果为初始状态，对CO/Pd(1 0 0)结构进行最终的结构优化。
+在此，您将以上一步得到的结果为初始状态，对 CO/Pd(100) 结构进行最终的结构优化。
-♥ 把''Pd_CO_rigid.nc''里ID为//gID002//的结构发送到**Scripter**，默认输出文件名设为''Pd_CO.nc''。
+  * 把 ''Pd_CO_rigid.nc'' 里 ID 为 //gID002// 的结构发送到 **Scripter**，默认输出文件名设为 ''Pd_CO.nc''。
+  * 再次添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块，参数编辑与之前步骤中的相似。只是，这次的 ATD-DFT 计算器的网格截断用 75 Hartree，且只对底部的 2 个 Pd 原子加 //Fixed// 约束。
-♥ 再次添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy**模块，参数编辑与之前步骤中的相似。只是，这次的ATD-DFT计算器的网格截断用75 Hartree，且只对底部的2个Pd原子加//Fixed//约束。
 {{ :co:pd_w10.png?direct&600 |}}
-♥ 保存脚本为''Pd_CO.py''，在Job Manager或终端执行运算。模拟一共需要约20分钟，但如果在更多的CPU上并行运行的话，过程会快很多。脚本可以在此下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100_CO.py|↓Pd100_CO.py]]。
+  * 保存脚本为 ''Pd_CO.py''，在 Job Manager 或终端执行运算。模拟一共需要约 20 分钟，但如果在更多的 CPU 上并行运行的话，过程会快很多。脚本可以在此下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd100_CO.py|↓Pd100_CO.py]]。
-<WRAP center round tip 100%>
+<WRAP center tip 100%>
 === 提示 ===
-在计算运行时，您可以用**Viewer** {{:co:viewer.png?direct&25|}} 工具监控结构优化的进程。随着弛豫步数的增加，轨迹对象也在持续更新。
+在计算运行时，您可以用 **Viewer** {{:co:viewer.png?direct&25|}} 工具监控结构优化的进程。随着弛豫步数的增加，轨迹对象也在持续更新。
 </WRAP>
-计算完成时，您应该看下完整的弛豫轨迹，可以观察到CO分子从在Pd(100)面上中空的吸附点附近移动到两个Pd表面原子间的桥位。
+计算完成时，您应该看下完整的弛豫轨迹，可以观察到 CO 分子从在 Pd(100) 面上中空的吸附点附近移动到两个 Pd 表面原子间的桥位。
 {{ :co:relax.gif?direct&700 |}}
@@ 行 213: / 行 182: @@
 ===== 弛豫CO分子 =====
-为了计算得到Pd(1 0 0)面上CO的吸附能，您也需要弛豫单独的CO分子。我们可以通过以下步骤获得：
+为了计算得到 Pd(100) 面上 CO 的吸附能，您也需要弛豫单独的 CO 分子。我们可以通过以下步骤获得：
-♥ 在**Builder**里点击Add  New Configuration添加新的结构；
+  * 在 **Builder** 里点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} New Configuration 添加新的结构；
+  * 选择 **Molecular Builder**，在打开的面板中点击 Fragments {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Carbon monoxide；
-♥ 选择**Molecular Builder**，在打开的面板中点击Fragments {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Carbon monoxide；
 {{ :co:pd_w11.png?direct&700 |}}
-♥ 下一步，选择''New Configuration''的Stash里的H原子，将其替换为CO片段，关闭Molecular Builder窗口，将Stash里文件名称更改为''CO''。
+  * 下一步，选择 ''New Configuration'' 的 Stash 里的 H 原子，将其替换为 CO 片段，关闭 Molecular Builder 窗口，将 Stash 里文件名称更改为 ''CO''。
 {{ :co:pd_w12.png?direct&600 |}}
-<WRAP center round tip 100%>
+<WRAP center tip 100%>
 === 提示 ===
-想要了解更多关于怎样使用**Molecular Builder**的信息，您可以查看教程：[[https://docs.quantumwise.com/tutorials/molecular_builder/molecular_builder.html#molecular-builder|Molecular Builder]]。
+想要了解更多关于怎样使用 **Molecular Builder** 的信息，您可以查看教程： [[https://docs.quantumwise.com/tutorials/molecular_builder/molecular_builder.html#molecular-builder|Molecular Builder]]。
 </WRAP>
-现在，您只需要弛豫CO原子坐标、计算总能量。把结构发送到**Script Generator**，添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy**模块。默认输出文件名称处输入CO.nc，然后按照以下对模块稍作编辑：
+现在，您只需要弛豫 CO 原子坐标、计算总能量。把结构发送到 **Script Generator**，添加 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**，{{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry** 和 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **TotalEnergy** 模块。默认输出文件名称处输入 CO.nc，然后按照以下对模块稍作编辑：
-♥ {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**：选择GGA-PBE泛函；
-♥ {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**：您可以保存轨迹文件或减小force tolerance，但这不是强制性的。
+  * {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **New Claculator**：选择 GGA-PBE 泛函；
-将脚本保存为CO.py并运行，计算速度非常快。脚本也可以在此处下载: [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO.py|↓CO.py]]。
+  * {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **OptimizeGeometry**：您可以保存轨迹文件或减小 force tolerance，但这不是强制性的。
+  * 将脚本保存为 CO.py 并运行，计算速度非常快。脚本也可以在此处下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/CO.py|↓CO.py]]。
-您将会发现C-O键长的弛豫结果为1.143 Å，与实验数据非常吻合。
+您将会发现 C-O 键长的弛豫结果为 1.143 Å，与实验数据非常吻合。
@@ 行 245: / 行 212: @@
 ===== 吸附能 =====
-现在您已经准备好在完全的单分子层覆盖下计算CO/Pd(100)的吸附能，$\Delta E$由总能差得到：
+现在您已经准备好在完全的单分子层覆盖下计算 CO/Pd(100) 的吸附能，$\Delta E$ 由总能差得到：
 $$\Delta E = E_\mathrm{products} - E_\mathrm{reactants}
          = E_\mathrm{Pd(100)/CO} - E_\mathrm{Pd(100)} - E_\mathrm{CO}$$
-您可以用**Text Representations**插件查看这三个能量值，从而得到$\Delta E$，或者还可以用脚本实现：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/adsorption_energy.py|↓adsorption_energy.py]]。
+您可以用 **Text Representations** 插件查看这三个能量值，从而得到 $\Delta E$，或者还可以用脚本实现： [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/adsorption_energy.py|↓adsorption_energy.py]]。
-计算吸附能时，采用PBE和含有DZP基组的FHI赝势，结果为$\Delta E$ = -1.97 eV。但是，这个结果被所谓的基组叠加误差影响，所以您应该继续进行以下部分解决这个问题。
+计算吸附能时，采用 PBE 和含有 DZP 基组的 FHI 赝势，结果为 $\Delta E$ = -1.97 eV。但是，这个结果被所谓的基组叠加误差影响，所以您应该继续进行以下部分解决这个问题。
 ==== 平衡校正 ====
-基组叠加误差（BSSE）是由LCAO基组的不完全造成的，会对不同子体系间的能量差产生重大影响。正如在教程（[[http://quantumwise.com/documents/tutorials/latest/Grimme/index.html/chap.intro.html#sect1.introduction.bsse|BSSE counterpoise correction]]）中做出的解释，在CO/Pd(100)体系中Pd和CO基组的叠加会增加由人为因素造成的总能量降低，这是因为Pd(100)和CO子体系可以互相“借”基函数。结果就是吸附能太大。
+基组叠加误差（BSSE）是由 LCAO 基组的不完全造成的，会对不同子体系间的能量差产生重大影响。正如在教程 （[[http://quantumwise.com/documents/tutorials/latest/Grimme/index.html/chap.intro.html#sect1.introduction.bsse|BSSE counterpoise correction]]）中做出的解释，在 CO/Pd(100) 体系中 Pd 和 CO 基组的叠加会增加由人为因素造成的总能量降低，这是因为 Pd(100) 和 CO 子体系可以互相“借”基函数。结果就是吸附能太大。
-中和BSSE的标准做法是应用所谓的平衡校正。在ATK里，通过使用[[https://docs.quantumwise.com/manuals/manual.html|CounterpoiseCorrected]]实现。
+中和 BSSE 的标准做法是应用所谓的平衡校正。在 ATK 里，通过使用 [[https://docs.quantumwise.com/manuals/manual.html|CounterpoiseCorrected]] 实现。
-因此，您应该计算CO/Pd(100)体系的平衡（CP）校正总能量，以便计算得到的CP校正吸附能。
+因此，您应该计算 CO/Pd(100) 体系的平衡（CP）校正总能量，以便计算得到的 CP 校正吸附能。
 $$\Delta E^\mathrm{CP} = E^\mathrm{CP}_\mathrm{Pd(100)/CO} - E_\mathrm{Pd(100)} - E_\mathrm{CO}$$
-采用如下所示的脚本（可在此下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd_CO_cp.py|↓Pd_CO_cp.py]]）。该脚本读取之前弛豫的CO/Pd(100)结构和使用的计算器，并创建新的计算器应用在CP校正上。然后弛豫结构，计算总能量。
+采用如下所示的脚本（可在此下载：[[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Pd_CO_cp.py|↓Pd_CO_cp.py]]）。该脚本读取之前弛豫的 CO/Pd(100) 结构和使用的计算器，并创建新的计算器应用在 CP 校正上。然后弛豫结构，计算总能量。
-可以用Job Manager或终端运行脚本。它应该只执行4个非常小的弛豫步骤，在10分钟内完成计算。CP校正会增大CO/Pd(100)体系的能量，导致吸附能$\Delta E^\mathrm{CP}$ = -1.68 eV。
+可以用 Job Manager 或终端运行脚本。它应该只执行 4 个非常小的弛豫步骤，在 10 分钟内完成计算。CP 校正会增大 CO/Pd(100) 体系的能量，导致吸附能 $\Delta E^\mathrm{CP}$ = -1.68 eV。
+<file python Pd_CO_cp.py>
    # -------------------------------------------------------------
    # Bulk Configuration
@@ 行 328: / 行 296: @@
    nlsave('Pd100_CO_cp.nc', total_energy)
    nlprint(total_energy)    ''
+</file>
+===== 参考 =====
+  * 英文原文：[[https://docs.quantumwise.com/tutorials/geometry_optimization/geometry_optimization.html|https://docs.quantumwise.com/tutorials/geometry_optimization/geometry_optimization.html]]

费米维基

用户工具

站点工具

差别

页面工具