虽然LDA和GGA计算，对于Si（以及大部分其他半导体材料）得不到合适的带隙，但这些“简单”的泛函却能够很好的预测几何结构性质。在本文中，将演示如何使用ATK研究所谓的Si（100）表面不对称二聚重构。

本文着重关注物理以及如何正确的设置模型，而非如何操作VNL。本文假定读者已经有了建模队经验（例如切开表面），以及设置计算、查看结果，因此提到具体步骤，不再非常详尽的解释。

1，启动VNL并打开Builder

2，从数据库添加alpha硅晶体结构（Add ‣ From Database）

3，打开Builders ‣ Surface (Cleave)

  * 通过输入对应的米勒指数，沿100面切开晶体
        * 因为二聚重构只发生在2x1超胞，所以需要创建较大的表面单胞，而不是用最小表面单胞。因此在第二页窗口中设置V<sub>2</sub>=2u<sub>2</sub>

在表面建模工具的最后一页选择Slab厚度为4.5层（默认真空厚度是合适的）

4，将结构沿所有方向居中（Coordinate Tools ‣ Center）

5，选择z坐标值最小的两个Si原子，点击几次Rattle工具，对这两个原子的位置产生随机的小扰动。这是因为完全对称的状态是超稳定的结构，最好不要从这种状态开始优化

6，选择Z坐标值最大的两个Si原子，使用加氢钝化，从而使得所有的Si原子饱和

生成的结构如下图所示：

1，依次插入New Calculator和OptimizeGeometry。

2，Calculator中除了k-point sampling之外所有参数使用默认值。设置k-point sampling为9×9（当然c方向一个k点就够了，因为是层状结构）——精度非常重要，因为对称、不对称二聚状态的能量差很小¹⁾。

3，优化，限制住底部的两个Si原子以及4个H原子。如果可能的话，限制弛豫的自由度总是很重要的，这样能够投影为纯的平移和转动。

4，确保勾选了Save trajectory，并设置轨迹文件的名字

5，设置输出文件的名字，现在已经准备好运行了。保存脚本！

将脚本送入Job Manager，或者将其上传到集群之后运行。该计算并行化非常好，根据MPI并行节点数差别，计算耗时约为1个小时或几个小时。