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--- atk:neb方法研究pt在pt表面的扩散 [2016/11/02 16:16] – [前言] dong.dong
+++ atk:neb方法研究pt在pt表面的扩散 [2018/03/20 22:21] (当前版本) – liu.jun
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 ======NEB方法研究Pt在Pt表面的扩散======
 =====前言=====
-在本文中将演示如何使用 Nudged Elastic Band (NEB) 方法研究扩散及其能垒。作为范例，将计算 Pt 原子在 Pt(100) 表面两种不同扩散机制的能垒 <sup>[1][2]</sup>。主要包含如下内容：
+本教程演示如何使用 Nudged Elastic Band (NEB) 方法研究扩散反应及其能垒。作为范例，将计算 Pt 原子在 Pt(100) 表面两种不同扩散机制的能垒 <sup>[1][2]</sup>。尤其值得一提的是，VNL中提供了高质量的、方便易用的NEB初始反应路径创建工具，能够创建更合理的NEB初始路径，大幅减少NEB优化步数和时间，详见【[[http://www.fermitech.com.cn/vnl-atk/neb-better-initial-guess/|更合理的NEB初始路径猜测]]】。
+主要包含如下内容：
   * 创建并使用 ATK-Classical 优化 Pt 晶体结构；
   * 创建包含一个吸附 Pt 原子的 Pt(100) 表面；
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   * 分析结果并与文献对比。
-关于构建、优化 NEB 计算的参数的更详细信息，请参阅[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/ATK-2015.beta/ReferenceManual/XHTML/index.html|ATK manual]]，尤其是关于[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.nudgedelasticband.html|NudgedElasticBand]]一节，以及[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.optimizenudgedelasticband.html|OptimizeNudgedElasticBand]]功能。
+关于构建、优化 NEB 计算的参数的更详细信息，请参阅[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/ATK-2015.beta/ReferenceManual/XHTML/index.html|QuantumATK manual]]，尤其是关于[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.nudgedelasticband.html|NudgedElasticBand]]一节，以及[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.optimizenudgedelasticband.html|OptimizeNudgedElasticBand]]功能。
-<WRAP center round box 100%>
+<WRAP center box 100%>
 === 注意 ===
-NEB 方法需要用户对初始结构、末态结构以及路径进行预先设定，这通常是必须的。不过，使用其他非常强大方法，比如 ATK 内置的全新的 Adaptive Kinetic Monte Carlo (AKMC) 工具，即使不给定末态结构和猜测路径，通过计算也能获得与本例完全一样的信息。
+NEB 方法需要用户对初始结构、末态结构以及路径进行预先设定，这通常是必须的。不过，使用其他非常强大方法，比如 QuantumATK 内置的全新的 Adaptive Kinetic Monte Carlo (AKMC) 工具，即使不给定末态结构和猜测路径，通过计算也能获得与本例完全一样的信息。
 </WRAP>
-=====在Pt(100)表面创建吸附Pt原子=====
+=====在 Pt(100) 表面创建吸附 Pt 原子=====
-本章中设置Pt(100)表面的吸附Pt原子，作为NEB计算的初始结构。
+本章中设置 Pt(100) 表面的吸附 Pt 原子，作为 NEB 计算的初始结构。
-，打开VNL，并点击Create New创建一个新的Project，将其命名（这里命名为//Pt_Pt100_NEB//），选择文件夹用来存储该Project相关信息。点击OK，并点击Open开始这个Project。
+，打开 VNL，并点击 Create New 创建一个新的 Project，将其命名（这里命名为//Pt_Pt100_NEB//），选择文件夹用来存储该 Project 相关信息。点击 OK，并点击 Open 开始这个 Project。
-，在**VNL**主窗口，点击图标{{:atk:builder.png?25|}}打开**Builder**。
+，在 **VNL** 主窗口，点击图标{{:atk:builder.png?25|}}打开 **Builder**。
 {{ :atk:16.png?650 |}}
-，导入Pt的面心立方晶体结构：点击Add ‣ From Database，并搜索“Platinum”。之后点击窗口右下角的{{:atk:add_to1.png?25|}}图标，将其添加到**Stash**。
+，导入 Pt 的面心立方晶体结构：点击 Add ‣ From Database，并搜索 “Platinum”。之后点击窗口右下角的 {{:atk:add_to1.png?25|}} 图标，将其添加到 **Stash**。
-，点击窗口右下角的图标，将Pt原胞从Stash送入**Script Generator**。{{ :atk:210.png?650 |}}
+，点击窗口右下角的图标，将 Pt 原胞从 Stash 送入 **Script Generator**。{{ :atk:210.png?650 |}}
-，在**Script Generator**中将**Global IO**中的**Default output file**中的名字改为//“Pt_bulk.nc”//
+，在 **Script Generator** 中将 **Global IO** 中的 **Default output file** 中的名字改为 //“Pt_bulk.nc”//
-，通过双击如下图所示的左边的**Blocks**中的对应图标，将其添加到**Script**面板中：
+，通过双击如下图所示的左边的 **Blocks** 中的对应图标，将其添加到 **Script** 面板中：
   * **New Calculator**
   * **Optimization ‣ Optimize Geometry**{{ :atk:34.png?650 |}}
-，双击Script面板中的New Calculator，并修改参数如下：
+，双击 Script 面板中的 New Calculator，并修改参数如下：
-  * 在Calculators面板，选择**ATK-ClASsical**
+  * 在 Calculators 面板，选择 **ATK-ClASsical**
-  * 在Potential Settings面板，选择//“EAM_Pt_2004”//<sup>[3]</sup>
+  * 在 Potential Settings 面板，选择 //“EAM_Pt_2004”//<sup>[3]</sup>
 {{ :atk:41.png?650 |}}
-，双击Optimize Geometry，并修改参数：
+，双击 Optimize Geometry，并修改参数：
   * Force tolerance: 0.01 eV/Å
   * Stress tolerance: 0.001 eV/Å
-  * 取消勾选constrain cell，以允许晶格的弛豫
+  * 取消勾选 constrain cell，以允许晶格的弛豫
-**Optimize Geometry**面板看起来应该如下图所示：
+**Optimize Geometry** 面板看起来应该如下图所示：
 {{ :atk:51.png?350 |}}
-，点击{{:atk:sendto.png?20|}}图标，将生成的脚本送入**Job Manager**，保存脚本名为：//“Pt_bulk.py”//
+，点击 {{:atk:sendto.png?20|}} 图标，将生成的脚本送入 **Job Manager**，保存脚本名为：//“Pt_bulk.py”//
-，在**Select Machine**窗口，确保**Machine**的下拉菜单设置为**Local**，之后按**OK**。
+，在 **Select Machine** 窗口，确保 **Machine** 的下拉菜单设置为 **Local**，之后按 **OK**。
 {{ :atk:61.png?220 |}}
-，在**Job Manager**窗口中，确保//Pt_bulk.py//脚本被选中，之后点击**Run Queue**按钮（如下图）开始计算。计算大约需要几秒钟。
+，在 **Job Manager** 窗口中，确保 //Pt_bulk.py// 脚本被选中，之后点击 **Run Queue** 按钮（如下图）开始计算。计算大约需要几秒钟。
 {{ :atk:71.png?650 |}}
-任务结束后，关闭**Job Manager**并回到**VNL**的主窗口。
+任务结束后，关闭 **Job Manager** 并回到 **VNL** 的主窗口。
-，在**VNL**主窗口，**LabFloor**栏出现了两个新项目，分别对应着Pt晶体初始结构（//gID000//）和优化结构（//gID001//）。
+，在 **VNL** 主窗口，**LabFloor** 栏出现了两个新项目，分别对应着 Pt 晶体初始结构（//gID000//）和优化结构（//gID001//）。
-，将//gID001//拖入到**Builder**中。
+，将//gID001//拖入到 **Builder** 中。
-，在**Builder**中，选择这个最新导入的//Pt_bulk.nc//项，并点击**Builder ‣ Surface (Cleave)**。
+，在 **Builder** 中，选择这个最新导入的 //Pt_bulk.nc// 项，并点击 **Builder ‣ Surface (Cleave)**。
-，在**Define the surface**面板，确保**Miller**指数为//h＝1，k＝0，l＝0//，并点击Next。
+，在 **Define the surface** 面板，确保 **Miller** 指数为 $h=1，k=0，l=0$，并点击 Next。
-，在**Define the surface**面板，参照下图设置//5×5p//表面。
+，在 **Define the surface** 面板，参照下图设置 //5×5p// 表面。
 {{ :atk:91.png?650 |}}
-之后点击Next。
+之后点击 Next。
-，参照下图设置Finalize output configuration面板中的参数，得到一个包含5层以及10Å真空层的板。
+，参照下图设置 Finalize output configuration 面板中的参数，得到一个包含 5 层以及 10Å 真空层的板。
 {{ :atk:101.png?650 |}}
-之后点击Finish将该结构添加到**Stash**。
+之后点击 Finish 将该结构添加到 **Stash**。
-，在**Stash**窗口，右键点击//“Pt_bulk.nc (100)”//项，并选择**Copy**。之后右键点击 //“Pt_bulk.nc (100) (1)”//，选择**Rename**将其改名为//“initial.nc”//。
+，在 **Stash** 窗口，右键点击 //“Pt_bulk.nc (100)”// 项，并选择 **Copy**。之后右键点击 //“Pt_bulk.nc (100) (1)”//，选择**Rename** 将其改名为 //“initial.nc”//。
-，点击{{:atk:camera1.png?20|}}按钮，打开**Camera**面板（如下图所示），选择**XY**，从而将体系调整到xy方向。
+，点击 {{:atk:camera1.png?20|}} 按钮，打开 **Camera** 面板（如下图所示），选择 **XY**，从而将体系调整到 xy 方向。
 {{ :atk:111.png?650 |}}
-调整好之后，关闭**Camera**面板，并使用鼠标滚轮可以放大、缩小视图。
+调整好之后，关闭 **Camera** 面板，并使用鼠标滚轮可以放大、缩小视图。
-，按住**CTRL**键不放，使用鼠标左键分别选中//Pt(100)//最顶层的四个Pt原子。之后点击{{:atk:AlignmentPoint02a.png?20|}}，在这些原子中间额外添加一个原子，如下图所示：
+，按住 **CTRL** 键不放，使用鼠标左键分别选中 //Pt(100)// 最顶层的四个 Pt 原子。之后点击 {{:atk:AlignmentPoint02a.png?20|}}，在这些原子中间额外添加一个原子，如下图所示：
 {{ :atk:121.png?650 |}}
-，选择新添加的Pt原子，点击窗口右边**Coordinate Tools ‣ Translate**。
+，选择新添加的 Pt 原子，点击窗口右边 **Coordinate Tools ‣ Translate**。
 {{ :atk:131.png?650 |}}
-，在**Translate**面板，定义平移矢量，如下图所示：
+，在 **Translate** 面板，定义平移矢量，如下图所示：
 {{ :atk:141.png?300 |}}
-填好数字之后，点击**Apply**，该原子即沿z方向向上移动1.6Å。该结构作为作为//Pt(100)//表面吸附Pt原子模型的初始结构，用于本文中的两个**NEB**计算。
+填好数字之后，点击 **Apply**，该原子即沿 z 方向向上移动 1.6Å。该结构作为作为 //Pt(100)// 表面吸附 Pt 原子模型的初始结构，用于本文中的两个 **NEB** 计算。
 {{ :atk:151.png?650 |}}
 =====创建交换扩散过程的末态结构=====
-在本章中，将会设置Pt(100)面吸附Pt原子的交换扩散的末态结构<sup>[1]</sup>。
-在交换扩散过程中，其中一个表面的Pt原子被吸附的Pt原子替换，而该表面原子沿//[010]//方向移动到下一个4原子包围的Hollow位，如下图所示：
+在本章中，将会设置 Pt(100) 面吸附 Pt 原子的交换扩散的末态结构<sup>[1]</sup>。
+在交换扩散过程中，其中一个表面的 Pt 原子被吸附的 Pt 原子替换，而该表面原子沿 //[010]// 方向移动到下一个 4 原子包围的 Hollow 位，如下图所示：
 {{ :atk:ptsurface161.jpg?650 |}}
-该路径从能量上，比吸附原子直接跳到近邻的//Pt(100)//面hollow位（见下一章）更有优势<sup>[1][2]</sup>。
+该路径从能量上，比吸附原子直接跳到近邻的 //Pt(100)// 面 hollow 位（见下一章）更有优势<sup>[1][2]</sup>。
-，在**Stash**中左键点击//“initial.nc”// 项，并选择**Copy**，之后左键选中//“initial.nc (1)”// 项，并右键点击选择**Rename**，将其改名为//“final_Exchange.nc”//。
+，在 **Stash** 中左键点击 //“initial.nc”// 项，并选择 **Copy**，之后左键选中 //“initial.nc (1)”// 项，并右键点击选择 **Rename**，将其改名为 //“final_Exchange.nc”//。
-，选择**Stash**中//“final_exchange.nc”//，选择下图中所示的院子（原子编号为88），并点击**Coordinate Tools ‣ Translate**。
+，选择 **Stash** 中 //“final_exchange.nc”//，选择下图中所示的院子（原子编号为88），并点击 **Coordinate Tools ‣ Translate**。
 {{ :atk:17.png?650 |}}
-，在**Translate**面板，使用下图所示的平移矢量移动选中的原子：
+，在 **Translate** 面板，使用下图所示的平移矢量移动选中的原子：
 {{ :atk:18.png?350 |}}
-，选择吸附Pt原子，使用下图所示的平移矢量进行平移：
+，选择吸附 Pt 原子，使用下图所示的平移矢量进行平移：
 {{ :atk:191.png?350 |}}
-，通过这种方式，获得了**NEB**计算交换扩散过程的末态结构。
+，通过这种方式，获得了 **NEB** 计算交换扩散过程的末态结构。
 {{ :atk:Ptsurface202.png?650 |}}
 =====创建直接跳跃过程的末态结构=====
-在本章中，将会设置另一个可能的//Pt(100)//表面的吸附Pt原子扩散过程的末态结构。在这种扩散过程中，吸附原子直接在两个相邻的4原子包围的hollow位间跳跃。
+在本章中，将会设置另一个可能的 //Pt(100)// 表面的吸附 Pt 原子扩散过程的末态结构。在这种扩散过程中，吸附原子直接在两个相邻的 4 原子包围的 hollow 位间跳跃。
-，在**Stash**中再次**Copy** //“initial.nc”// ，并重命名 //“initial.nc (1)”//为//“final_jump.nc”//。
+，在 **Stash** 中再次 **Copy** //“initial.nc”// ，并重命名 //“initial.nc (1)”// 为 //“final_jump.nc”//。
-，选择**Stash**中的//“final_jump.nc”//，选择窗口中的吸附Pt原子，点击**Coordinate Tools ‣ Translate**。
+，选择 **Stash** 中的 //“final_jump.nc”//，选择窗口中的吸附 Pt 原子，点击 **Coordinate Tools ‣ Translate**。
-，在**Translate**面板，使用如下图所示的平移矢量进行，对吸附Pt原子进行平移。
+，在 **Translate** 面板，使用如下图所示的平移矢量进行，对吸附 Pt 原子进行平移。
 {{ :atk:212.png?350 |}}
-,使用这种方式，得到**NEB**计算直接跳跃扩散过程的末态结构：
+,使用这种方式，得到 **NEB** 计算直接跳跃扩散过程的末态结构：
 {{ :atk:Ptsurface222.png?650 |}}
+<WRAP center important 100%>
+=== 注意 ===
+这两种方法创建的末态结构看上去是一样的，但是原子编号的顺序是不同的。由于NEB初始路径创建时，即使对于同种的原子也要按原子编号追踪每个原子移动的路径，因此，使用这两种末态结构创建的路径是完全不同的。
+</WRAP>
 =====构造NEB轨迹=====
-本章演示如何产生沿着交换扩散反应路径的**NEB**各个构象.这也适合于直接跳跃的扩散路径,唯一的差别是在设置**NEB**轨迹的末态结构的时候，需要选取//“final_jump.nc”//。
+本章演示如何产生沿着交换扩散反应路径的 **NEB** 各个构象.这也适合于直接跳跃的扩散路径，唯一的差别是在设置 **NEB** 轨迹的末态结构的时候，需要选取 //“final_jump.nc”//。
-,点击**Builder ‣ Nudged Elastic Band**，并将//“initial.nc”//和//“final_exchange.nc”//分别拖到**Nudged Elastic Band**的左、右两个面板里面。
+,点击 **Builder ‣ Nudged Elastic Band**，并将 //“initial.nc”// 和 //“final_exchange.nc”// 分别拖到 **Nudged Elastic Band** 的左、右两个面板里面。
-,在**Nudged Elastic Band**面板设置参数如下图所示：
+,在 **Nudged Elastic Band** 面板设置参数如下图所示：
 {{ :atk:ptsurface232.png?350 |}}
-设置完毕之后，点击**Creat**，在**Stash**中创建一个名为//“NEB: initial.nc final_exchanged.nc”//项目，包括初始结构和末态结构以及**ATK**自动猜测出来的，沿着反应路径的各个结构（以下称为映像）。
+设置完毕之后，点击 **Create**，在 **Stash** 中创建一个名为 //“NEB: initial.nc final_exchanged.nc”// 项目，包括初始结构和末态结构以及 **ATK** 自动猜测出来的，沿着反应路径的各个结构（以下称为映像）。
 {{ :atk:ptsurface252.png?650 |}}
-<WRAP center round box 100%>
+<WRAP center box 100%>
-注意：
+=== 注意 ===
+**VNL** 中的 //image-dependent pair potential (IDPP)//<sup>[4]</sup> 使用线性插值的方法，能够提供 **NEB** 反应路径的高质量初始猜测。对复杂的反应路径，在迭代次数和速度方面的改进非常显著。
-**VNL**中的//image-dependent pair potential (IDPP)//<sup>[4]</sup>使用线性插值的方法，能够提供**NEB**反应路径的高质量初始猜测。对复杂的反应路径，在迭代次数和速度方面的改进非常显著。
 </WRAP>
+<WRAP center box 100%>
-<WRAP center round box 100%>
+=== 注意 ===
-注意：
 可以对NEB的各个映像直接进行操作，例如可以：
   * 选择特定映像并/或编辑特定原子
   * 删除一个或多个映像，通过右键点击选中的任意两个映像，重新计算整个路径或两个选定映像之间的路径
-  * 将NEB映像中的某一个结构直接拖到Stash窗口
+  * 将NEB映像中的某一个结构直接拖到 Stash 窗口
   * 将任何一个兼容的结构拖到NEB映像中
-  * 使用Coordinate Tools下面的Mirror、Rotate、Translate工具编辑选中的原子。该操作将应用到所有映像或者选中映像
+  * 使用Coordinate Tools 下面的 Mirror、Rotate、Translate 工具编辑选中的原子。该操作将应用到所有映像或者选中映像
 </WRAP>
-=====设置并运行NEB计算=====
+=====设置并运行 NEB 计算=====
-本章中学习如何设置并运行交换扩散过程的NEB计算。直接跳跃扩散过程与此类似。
+本章中学习如何设置并运行交换扩散过程的 NEB 计算。直接跳跃扩散过程与此类似。
-,点击{{:atk:sendto.png?20}}按钮，将//“NEB: initial.nc final_exchange.nc”//送入到**Script Generator**。
+,点击{{:atk:sendto.png?20}}按钮，将 //“NEB: initial.nc final_exchange.nc”// 送入到 **Script Generator**。
-,在**Script Generator**中，将**Global IO**面板中的**Default output file**名字改为//“NEB_exchange.nc”//。
+,在 **Script Generator** 中，将 **Global IO** 面板中的**Default output file** 名字改为 //“NEB_exchange.nc”//。
-，将如下内容通过双击屏幕左侧**Blocks**面板里面对应的图标将其添加到**Script**栏：
+，将如下内容通过双击屏幕左侧 **Blocks** 面板里面对应的图标将其添加到 **Script** 栏：
   * **New Calculator**
   * **Optimization ‣ Optimize Geometry**
-，双击**Script**面板中的**New Calculator**，并修改如下参数：
+，双击 **Script** 面板中的 **New Calculator**，并修改如下参数：
-  * 在**Calculator**面板选择**ATK-Classical**
+  * 在 **Calculator** 面板选择 **ATK-Classical**
-  * 在**Potential Settings**面板选择//“EAM——Pt_2004”//
+  * 在 **Potential Settings** 面板选择 //“EAM——Pt_2004”//
-，双击**Script**面板中的**Optimize Geometry**，并参照下图设置参数：
+，双击 **Script** 面板中的 **Optimize Geometry**，并参照下图设置参数：
 {{ :atk:261.png?350 }}
-，点击{{:atk:sendto.png?20}}按钮将生成的脚本送入**Job Manager**，保存脚本名为//“NEB_exchange.py”//。
+，点击 {{:atk:sendto.png?20}} 按钮将生成的脚本送入 **Job Manager**，保存脚本名为 //“NEB_exchange.py”//。
-，在**Select Machine**窗口，确保**Machine**下拉菜单选择的是**Local**，然后按**OK**。
+，在 **Select Machine** 窗口，确保 **Machine** 下拉菜单选择的是 **Local**，然后按 **OK**。
+，在 **Job Manager** 中，确保脚本 //“NEB_exchange.nc”// 被选中，之后点击 **Run Queue** 按钮启动计算。该计算只需要几秒即可完成。当计算结束后，关闭 **Job Manager** 并会到**VNL** 主窗口。
+<WRAP center tip 100%>
+=== 提示 ===
+为了快速得到演示结果，这里选择了使用经验力场 ATK-Classical 计算能量和力并进行结构优化。实际研究中可以根据体系的特性和大小选择ATK-DFT、ATK-SE（Slater-Koster）等其他方法。也可以将结构导出使用 VASP 进行计算。
+</WRAP>
-，在**Job Manager**中，确保脚本//“NEB_exchange.nc”//被选中，之后点击**Run Queue**按钮启动计算。该计算只需要几秒即可完成。当计算结束后，关闭**Job Manager**并会到**VNL**主窗口。
 =====分析结果=====
-，交换和直接跳跃两种扩散过程的**NEB**计算都完成之后，两个新的文件出现在**VNL**主窗口的**LabFloor**面板。本文中，二者分别名为//“NEB_exchange”//和//“NEB_jump”//。
+，交换和直接跳跃两种扩散过程的 **NEB** 计算都完成之后，两个新的文件出现在 **VNL** 主窗口的 **LabFloor** 面板。本文中，二者分别名为 //“NEB_exchange”// 和 //“NEB_jump”//。
 {{ :atk:271.png?650 }}
-，打开//“NEB_exchange”//文件，并选择//“gID001”//，该文件包含优化之后的交换扩撒的**NEB**轨迹。之后点击屏幕右边的**Movie Tool**。
+，打开 //“NEB_exchange”// 文件，并选择 //“gID001”//，该文件包含优化之后的交换扩撒的 **NEB** 轨迹。之后点击屏幕右边的 **Movie Tool**。
 {{ :atk:Ptsurface282.png?650 }}
-，类似的打开//“NEB_jump”//，选择其//“gID001”//并点击屏幕右边的**Movie Tool**。
+，类似的打开 //“NEB_jump”//，选择其 //“gID001”//并点击屏幕右边的 **Movie Tool**。
-，通过对比**Movie Tool**中的两个能垒（见下图），可以看到交换扩散到能垒和直接跳跃扩散能垒分别为//0.589eV//和//0.928eV//，这是与实验一致的<sup>[1]</sup>。与更精确的DFT计算结果<sup>[2]</sup>也是一致的。本例中力场模拟得到交换扩散过程在能垒上优于直接跳跃过程//0.334eV//。
+，通过对比 **Movie Tool** 中的两个能垒（见下图），可以看到交换扩散到能垒和直接跳跃扩散能垒分别为 //0.589eV// 和 //0.928eV//，这是与实验一致的<sup>[1]</sup>。与更精确的 DFT 计算结果 <sup>[2]</sup>也是一致的。本例中力场模拟得到交换扩散过程在能垒上优于直接跳跃过程 //0.334eV//。
 <WRAP center round box 60%>
@@ 行 225: / 行 236: @@
 <WRAP center round box 100%>
-注意：通过[[http://quantumwise.com/publications/tutorials/item/872-adaptive-kinetic-monte-carlo-simulation-of-pt-on-pt-100|AKMC方法]]计算得到得到的结果精确地与此一致，并未该体系的势能面预知信息。
+注意：通过 [[http://quantumwise.com/publications/tutorials/item/872-adaptive-kinetic-monte-carlo-simulation-of-pt-on-pt-100|AKMC方法]] 计算得到得到的结果精确地与此一致，该方法并不需要知道体系的势能面的任何信息。
 </WRAP>
 =====结论=====
@@ 行 232: / 行 243: @@
 =====参考文献=====
+  * [1] G.L. Kellog and P.J. Feibelman “Surface Self-Diffusion on Pt(001) by an Atomic Exchange Mechanism” Phys. Rev. Lett. 64, 3143 (1990) PhysRevLett.64.3143
-[1] G.L. Kellog and P.J. Feibelman “Surface Self-Diffusion on Pt(001) by an Atomic Exchange Mechanism” Phys. Rev. Lett. 64, 3143 (1990) PhysRevLett.64.3143
+  * [2] P.J. Feibelman “Surface-diffusion mechanism versus electric field: Pt/Pt(001)” Phys. Rev. B 64, 125403 (2001) PhysRevB.64.125403
+  * [3] X.W. Zhou, et al. “Misfit-energy-increasing dislocations in vapor-deposited CoFe/NiFe multilayers” Phys. Rev. B 69, 144113 (2004) PhysRevB.69.144113
-[2] P.J. Feibelman “Surface-diffusion mechanism versus electric field: Pt/Pt(001)” Phys. Rev. B 64, 125403 (2001) PhysRevB.64.125403
+  * [4] Smidstrup et al. “Improved initial guess for minimum energy path calculations” J. Chem. Phys. 140, 214106 (2014)
+  * 英文教程原文：http://docs.quantumwise.com/tutorials/neb_pt.html
-[3] X.W. Zhou, et al. “Misfit-energy-increasing dislocations in vapor-deposited CoFe/NiFe multilayers” Phys. Rev. B 69, 144113 (2004) PhysRevB.69.144113
-[4] Smidstrup et al. “Improved initial guess for minimum energy path calculations” J. Chem. Phys. 140, 214106 (2014) link

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