atk:通过命令行方式手动提交quantumatk计算
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| atk:通过命令行方式手动提交quantumatk计算 [2023/06/01 10:03] – [在Linux单机上并行计算] fermi | atk:通过命令行方式手动提交quantumatk计算 [2023/09/03 16:23] (当前版本) – [并行提交脚本设置] fermi | ||
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| ====== 通过命令行方式手动提交QuantumATK计算 ====== | ====== 通过命令行方式手动提交QuantumATK计算 ====== | ||
| - | ===== 运行串行计算 ===== | + | ===== 串行计算 ===== |
| 在Linux单机上安装好并行环境后，可以直接通过交互式命令来并行计算： | 在Linux单机上安装好并行环境后，可以直接通过交互式命令来并行计算： | ||
| <code bash> | <code bash> | ||
| 行 19: | 行 19: | ||
| === 注意 === | === 注意 === | ||
| * 在单机上使用MPI并行可能和MKL的多线程并行互相干扰，降低并行效率。应使用环境变量 MKL_NUM_THREADS=1 MKL_DYNAMIC=FALSE 将动态多线程功能关闭。 | * 在单机上使用MPI并行可能和MKL的多线程并行互相干扰，降低并行效率。应使用环境变量 MKL_NUM_THREADS=1 MKL_DYNAMIC=FALSE 将动态多线程功能关闭。 | ||
| + | * 大型HPC服务器上的并行计算效率与机器的配置和管理方式强烈相关，用户应当与HPC管理员和技术人员协商如何进行提交脚本的设置。 | ||
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| ===== 在Linux计算机集群上并行计算 ===== | ===== 在Linux计算机集群上并行计算 ===== | ||
| 行 24: | 行 25: | ||
| ==== 并行提交脚本设置 ==== | ==== 并行提交脚本设置 ==== | ||
| - | 以下是几个典型的PBS提交脚本示例，用户需要根据实际情况修改。调试成功后，应对实际安装的系统进行一些测试计算以得到最佳的运行方案。 | + | 以下是几个典型的提交脚本示例，用户需要根据实际情况修改。调试成功后，应对实际安装的系统进行一些测试计算以得到最佳的运行方案。 |
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| + | === PBS === | ||
| <file bash atk.pbs> | <file bash atk.pbs> | ||
| 行 70: | 行 73: | ||
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| + | |||
| + | === LSF === | ||
| + | |||
| <file bash atk.lsf> | <file bash atk.lsf> | ||
| 行 103: | 行 109: | ||
| </ | </ | ||
| + | |||
| + | === SLURM === | ||
| + | |||
| <file bash atk.srp> | <file bash atk.srp> | ||
| 行 136: | 行 145: | ||
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| - | ==== 正确选择并行网络 ==== | ||
| - | 目前主流的计算机集群都配备了InfiniBand（IB）高速网络用于节点间并行的高速数据交换，用户应选择IB网络进行并行。 | ||
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| - | <WRAP center important 100%> | ||
| - | ==== 说明 ==== | ||
| - | 以上脚本的修改需要根据具体的集群hosts文件中的主机名规律进行调试。 | ||
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atk/通过命令行方式手动提交quantumatk计算.1685584995.txt.gz · 最后更改: 2023/06/01 10:03 由 fermi