差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

--- atk:设置用于计算的远程服务器 [2018/05/10 10:47] – [问题排除] fermi
+++ atk:设置用于计算的远程服务器 [2024/01/02 16:03] (当前版本) – [添加 PBS、LSF、SLURM 队列服务器] fermi
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   * 强壮：任务成功提交之后，即可断开与服务器的连接；不必担心网络问题造成的计算中断；无后台进程、数据库等复杂配置，更强壮；
   * 便捷：随时可以联机查看即可查看任务、下载计算结果。
-从2017版开始，设置使用Job Manager向服务器提交作业变得格外方便。
-===== 在QuantumATK中添加Job Manager中添加计算服务器 =====
 QuantumATK中支持两种在远程服务器上运行的方式：
   * Direct：即服务器上没有PBS等队列系统，提交的计算直接在登录的主机上运行。这种方法常试用于单节点的服务器。
-  * 通过服务器的队列系统提交：对于大型集群，推荐使用这种方法，目前支持PBS、LSF、SLURM等三种作业队列管理系统。
+  * 通过服务器的队列系统提交：对于大型集群，推荐使用这种方法，支持市面上常见的所有作业队列管理系统：
+    * PBS、SLURM、LSF、SGE、PBS Pro。
-==== 添加Direct模式服务器 ====
+===== 添加无作业队列系统的计算服务器 =====
-  * 首先确定要在服务器上哪个账户下运行ATK计算，使用终端正确登录服务器，在合适的位置创建一个文件夹用于存放运行ATK产生的文件（例如$HOME/atkjobs）；
+  * 首先确定要在服务器上哪个账户下运行ATK计算，使用终端正确登录服务器，在合适的位置（例如$HOME/qatkjobs）创建一个文件夹用于存放运行 QuantumATK 产生的文件；
-  * 点击“New”选择“Remote Direct”；
+  * 点击''Create Computer''图标，选择 ''New DirectRemote''；
-{{ :atk:job-manager-new.png?500 |}}
-  * 在Settings里设置名称、IP地址（或主机名、域名）、端口（SSH默认为22），登录的用户名；
+{{ :atk:jobs-direct-scrnshot-2023-11-22_211043.png?600 |}}
-{{ :atk:job-manager-direct-settings.png?400 |}}
-  * 点击''+''，选择一个妥善的保存路径，点击''Create''生成SSH Key（显示Successfully Generated），下方输入服务器登录的用户名和密码，点击''Upload''上传SSH Key
+  * 在Settings里设置：
-{{ :atk:job-manager-direct-settings-sshkey.png?300 |}}
+    * Machine Name（仅用于方便使用者识别服务器）；
-  * 在Environment中设置保存计算任务的文件夹、mpi执行命令、要source的脚本（根据服务器一般提交任务的脚本进行设置，、要export的环境变量（变量前不用加export命令）、Modules to load等；
+    * Hostname：服务器 IP 地址（或域名）；
-{{ :atk:job-manager-direct-environment.png?400 |}}
+    * Port：端口（SSH默认为22，非默认端口时，请咨询管理员）；
-  * 在Resources里设置任务使用的计算资源(注：这里设置的是默认运行一个作业的计算资源，提交计算时还可以根据实际情况调整)；
+    * Username：登录的用户名；
-{{ :atk:job-manager-direct-resources.png?400 |}}
+    * Key password：密码。
+{{ :atk:jobs-direct-scrnshot-2024-01-02_153053.png?400 |}}
+  * 点击Private key path后的''+''按钮，选择一个妥善的保存路径，点击 ''Create'' 生成SSH Key（显示“秘钥文件生成成功”），下方输入服务器登录的用户名和密码，点击''Upload''上传SSH Key，显示“上传成功”。
+{{ :atk:jobs-direct-2024-01-02_152858.png?300 |}}
+  * 在 Environment 中设置：
+    * Working Directory：保存计算任务的文件夹（第一步创建的文件夹）；
+    * ATK executable path：atkpython的位置绝对路径（位于安装目录下）；
+    * mpiexec executable path：mpiexec的位置绝对路径（位于安装目录下）；
+    * Script to source：要 source 的脚本（根据服务器一般的用户要求设置，没有则空白）；
+    * export statements：要export的环境变量（变量前不用加export命令）。
+    * Job specification command：其他要添加在脚本中的命令。
+{{ :atk:jobs-direct-scrnshot-2024-01-02_153606.png?400 |}}
+  * 在Resources里设置任务使用的计算资源与并行方式：
+    * Number of MPI processes：提交作业时使用的总MPI并行进程数；
+    * Number of MPI processes：每个节点上运行多少个MPI并行进程
+    * 这里设置的是默认运行一个作业的计算资源，提交计算时还可以根据实际情况调整；
+{{ :atk:jobs-direct-scrnshot-2024-01-02_154258.png?400 |}}
 之后可以使用diagnostics诊断设置是否正确，当所有项目显示对号时即完成了配置。
-{{ :atk:job-manager-direct-diagnostics.png?400 |}}
+{{ :atk:jobs-direct-scrnshot-2024-01-02_154713.png?400 |}}
-==== 添加PBS、LSF、SLURM队列服务器 ====
-这里以PBS为例。
+==== 添加 PBS、LSF、SLURM 队列服务器 ====
-  * 点击“New”选择“Remote PBS”
+这里以 PBS 为例。
-{{ :atk:job-manager-new.png?500 |}}
-  * 在Settings里设置：
+  * 点击 ''Create Computer''按钮，选择 “New PBS”
+{{ :atk:jobs-pbs-scrnshot-2024-01-02_154848.png?600 |}}
+  * 在 Settings 里设置：
     * **Machine Name**：可以自定义一个服务器的名称；
-    * **Hostname**：通常为服务器的IP地址（或主机名、域名）
+    * **Hostname**：通常为服务器的 IP 地址（或主机名、域名）
-    * **Port**：默认端口为22
+    * **Port**：默认端口为 22（非默认端口请咨询管理员）
     * **Username**：登录服务器的用户名
-    * **Queue Name**：PBS队列名称，可以输入多个，使用逗号分隔；
+    * **Queue Name**：PBS 队列名称，可以输入多个，使用逗号分隔；
-    * **Path to PBS binaries**: PBS（或Torque）命令位置（不含命令本身），可在终端中使用''which qsub''命令查看。
+    * **Path to PBS binaries**: PBS（或Torque）命令位置（不含命令本身），可在终端中使用 ''which qsub'' 命令查看。
-{{ :atk:job-manager-pbs-settings.png?400 |}}
-  * 点击''+''，选择一个妥善的保存路径，点击''Create''生成SSH Key（显示Key Generated），下方输入服务器登录的用户名和密码，点击''Upload''上传SSH Key；
+{{ :atk:jobs-pbs-scrnshot-2024-01-02_155017.png?400 |}}
+  * 点击 ''+''，选择一个妥善的保存路径，点击 ''Create'' 生成 SSH Key（显示Key Generated），下方输入服务器登录的用户名和密码，点击 ''Upload'' 上传 SSH Key；
+  *
 {{ :atk:job-manager-direct-settings-sshkey.png?300 |}}
-  * 在Environment中设置：
+  * 在 Environment 中设置：
     * **Working directory**：保存计算任务的文件夹
-    * **ATK executable path**: atkpython命令的位置
+    * **ATK executable path**: atkpython 命令的位置
-    * **mpiexec executable**: mpi命令的位置；
+    * **mpiexec executable**: mpi 命令的位置；
-    * **Script to source**:要source的脚本（根据服务器一般提交任务的脚本进行设置，建议将mpi PATH等环境变量放在这里）
+    * **Script to source**:要 source 的脚本（根据服务器一般提交任务的脚本进行设置，建议将 mpi PATH 等环境变量放在这里）
-    * **Export statements**：要export的环境变量（变量前不用加export命令）；
+    * **Export statements**：要 export 的环境变量（变量前不用加 export 命令）；
     * **Modules to load**：某些大型服务器要加载的模块；
-    * **Raw submission text**：自定义的PBS脚本命令，直接写入PBS脚本。
+    * **Raw submission text**：自定义的 PBS 脚本命令，直接写入 PBS 脚本。
-{{ :atk:job-manager-pbs-environment.png?400 |}}
-  * 在Resources里设置任务使用的计算资源
+{{ :atk:jobs-pbs-scrnshot-2024-01-02_155108.png?400 |}}
+  * 在 Resources 里设置任务使用的计算资源
     * number of nodes：提交计算要请求的节点数
     * numer of cores per node: 每个节点的核心数
-    * Enable MKL_DYNAMIC：是否使用MKL的动态线程（实际并行效果需根据系统情况测试）
+    * Enable MKL_DYNAMIC：是否使用 MKL 的动态线程（实际并行效果需根据系统情况测试）
-{{ :atk:job-manager-pbs-resource.png?400 |}}
-  * 在Notification里设置作业状态检查和提醒的选项
+{{ :atk:jobs-pbs-scrnshot-2024-01-02_155142.png?400 |}}
+  * 在 Notification 里设置作业状态检查和提醒的选项
     * 设置检查作业状态的时间间隔
-    * 邮件提醒需要服务器PBS系统支持。
+    * 邮件提醒需要服务器 HPC 系统支持，请咨询管理员。
-{{ :atk:job-manager-pbs-notification.png?400 |}}
-  * 最后在Diagnostics里检查配置是否正常，出现任何错误时，根据提示对前面的设置进行修改。
-{{ :atk:job-manager-pbs-diagnostics.png?400 |}}
+  * 最后在 Diagnostics 里检查配置是否正常，出现任何错误时，根据提示对前面的设置进行修改。
+{{ :atk:jobs-pbs-scrnshot-2024-01-02_155300.png?400 |}}
+===== 提交任务测试 =====
-===== 提交任务 =====
+如果以上设置没有问题，可以尝试提交任务。详情参见：[[atk:使用job_manager向服务器上提交作业|]]。
-如果以上设置没有问题，可以尝试提交任务。详情参见：[[atk:使用job_manager向服务器上提交作业|]]
-提交任务遇到问题时，需要针对具体问题编辑设置。提交任务的PBS脚本的详细设置请参考：[[atk:通过命令行方式手动提交ATK计算|通过命令行方式手动提交QuantumATK计算]]。

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