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--- atk:自旋极化原子链的透射谱 [2019/02/25 20:58] – [分析] xie.congwei
+++ atk:自旋极化原子链的透射谱 [2019/02/25 21:07] (当前版本) – [参考] xie.congwei
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 ===== 自旋反平行透射谱 =====
+现在，您将进行自旋反平行计算，并将透射谱与自旋平行情况进行比较。已计算的自旋平行基态将用作反平行计算的初始猜想。
+返回至 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Script Generator** 窗口，修改如下设置：
+.更改**默认输出文件**为 ''carbon_anti.nc''。
+.双击 {{:atk:initial_state.png?25|}} InitialState 模块，修改以下参数：
+  *     设置 //initial state type// 为 **User spin**。
+  *     将原子编号为 6 的自旋从 11 变为 -1。
+  *     标记 **Use old calculation**，设置 //Filename// 为 ''carbon_para.nc''，即读取自旋平行基态的位置。
+{{ :atk:initial_state3-20190225.png?800 |}}
+.将脚本保存为 ''carbon_anti.py''，并利用 {{:atk:job_manager.png?direct&25|}} **Job Manager** 运行。
 ==== 分析 ====
+计算完成后，再次使用 **Transmission Analyze** 绘制 ''carbon_anti.nc'' 中包含的透射谱。在这种情况下，正如从器件的对称性可预期的那样，两个自旋成分具有相同的透射谱。
-===== 参考 =====
+{{ :atk:transmission_anti-20190225.png?550 |}}
+<WRAP center tip 100%>
+=== 提示===
+如果检查反平行计算的 QuantumATK log 文件，您将看到确实在器件的右侧部分自旋反转了，自旋向下的密度矩阵 //DM [D]// 比自旋向下的 //DM [U]// 具有更高的占用率。
+<code python>
++------------------------------------------------------------------------------+
+| Density Matrix Report                         DM[U]     DM[D]      DD        |
++------------------------------------------------------------------------------+
+|   0   C   [   3.000 ,   3.000 ,   1.450 ]    2.99639   1.00028  -0.00333     |
+|   1   C   [   3.000 ,   3.000 ,   4.350 ]    3.00324   0.99997   0.00321     |
+|   2   C   [   3.000 ,   3.000 ,   7.250 ]    2.99536   1.00105  -0.00359     |
+|   3   C   [   3.000 ,   3.000 ,  10.150 ]    3.00271   1.00275   0.00546     |
+|   4   C   [   3.000 ,   3.000 ,  13.050 ]    2.96897   1.01659  -0.01444     |
+|   5   C   [   3.000 ,   3.000 ,  15.950 ]    2.92841   1.08262   0.01103     |
+|   6   C   [   3.000 ,   3.000 ,  18.850 ]    1.08262   2.92840   0.01101     |
+|   7   C   [   3.000 ,   3.000 ,  21.750 ]    1.01660   2.96897  -0.01444     |
+|   8   C   [   3.000 ,   3.000 ,  24.650 ]    1.00275   3.00271   0.00546     |
+|   9   C   [   3.000 ,   3.000 ,  27.550 ]    1.00105   2.99535  -0.00359     |
+|  10   C   [   3.000 ,   3.000 ,  30.450 ]    0.99997   3.00325   0.00322     |
+|  11   C   [   3.000 ,   3.000 ,  33.350 ]    1.00027   2.99629  -0.00344     |
++------------------------------------------------------------------------------+
+</code>
+关于使用自旋平行计算作为初始状态，如果初始自旋（在 InitialState 模块中设置）小于零，则 QuantumATK 实际上会反转密度矩阵。而且，两个电极中的自旋将被自动设置为匹配在相应电极延伸部分中的自旋构型。
+</WRAP>
+最后，在 LabFloor 上标记平行和反平行透射光谱，并使用 **Compare Data** 插件直接比较两种情况下的总透射。在费米能级附近采样能量窗口的大部分中，自旋平行态（蓝色）的透射明显大于反平行态（绿色）的透射。
+{{ :atk:transmission_comparison-20190225.png?500 |}}
+===== 参考 =====
+  * 英文原文：[[https://docs.quantumatk.com/tutorials/transmission_atomic_chain/transmission_atomic_chain.html|https://docs.quantumatk.com/tutorials/transmission_atomic_chain/transmission_atomic_chain.html]]

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