atk:用dftb-neb研究氨分子翻转反应势垒

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--- atk:用dftb-neb研究氨分子翻转反应势垒 [2018/06/28 23:34] – [分析 NEB 模拟] xie.congwei
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 ====== 用 DFTB-NEB 研究氨分子翻转反应势垒 ======
-在本教程，您将学习利用弹性带计算氨分子翻转反应路径。为加快计算速度，我们将采用基于紧束缚密度泛函（DFTB）方法（[[http://www.dftb.org/home/|dftb.org]]）。
+在本教程，您将学习利用 NEB 方法计算氨分子翻转反应路径。为加快计算速度，我们将采用基于紧束缚密度泛函（DFTB）方法（[[http://www.dftb.org/home/|dftb.org]]）。
 ===== 设置 NEB 对象 =====
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   * 通过按下 **Play** 按钮，反应路径可以展示为动画。
-{{ :atk:neb_dftb_neb_reactionpath.png?direct&700 |}}
+{{ :atk:neb_dftb_neb_reactionpath.png?direct&800 |}}
 <WRAP center todo 100%>
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 ===== 一种快速计算的方法 =====
+在上面的计算中，您采用在端点之间线性插值来设置 NEB 路径的初始猜测。然而，在很多情况下，线性路径与优化路径相差甚远。将上述收敛结果的动画与您设置的初始 NEB 路径进行比较，可以看出，当氮原子通过分子中心时，氢原子需要向外移动为氮原子让出空间，然后再移动回来。
-===== 参考 =====
+如果这种行为能以某种方式成为初始路径的一部分，则可以节省离子动力学中的一些步骤，从而节省计算时间。然而，由于氢原子的初始位置和最终位置是相同的，所以不能通过线性插值捕获。
+但是，还有其他方法可以生成初始路径，有些可以在 **ATK** 中实现。
+  * 返回到 {{:atk:builder.png?direct&25|}} **Builder**，选择 **Nudged Elastic Band** 插件。
+  * 保持图像距离，但是更改 **Method** 为 **Image Dependent Pair Potential**，创建 NEB。
+  * 如果您现在检查初始路径会发现，它已经包含了氢原子的行为。这是采用 IDPP 方法做 NEB 运算的其中一个优势。
+  * 按照如上的相同步骤通过 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Scripter** 运行 NEB 计算，您会发现这次时间快了 30%，但结果是相同的。
+<WRAP center important 100%>
+=== 注意 ===
+IDPP 方法与 Halgren-Lipscomb 方法相似，也可以在 **ATK** 中实现（但不太适合本例的体系）。
+</WRAP>
+===== 参考 =====
+  * S.Smidstrup et al., “Improved initial guess for minimum energy path calculations”, J. Chem. Phys. 140, 214106 (2014) [[https://aip.scitation.org/doi/full/10.1063/1.4878664|link]]
+  * T.A. Halgren and W. N. Lipscomb, Chem. Phys. Lett. 49, 225 (1977)
+  * 英文原文：[[https://docs.quantumwise.com/tutorials/neb_dftb/neb_dftb.html|https://docs.quantumwise.com/tutorials/neb_dftb/neb_dftb.html]]

atk/用dftb-neb研究氨分子翻转反应势垒.1530200044.txt.gz · 最后更改: 2018/06/28 23:34 由 xie.congwei

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