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用分子动力学方法模拟液体的粘度

理论

分子粘性

力场

计算步骤

构建初始分子构型

为计算添加力场

原子标签

键合

键角

扭转

范德瓦尔斯

静电

弛豫起始结构

优化结构

获得合适的密度

平衡结构

设置生成计算

修改脚本

添加扭转项

定义 hook 函数

在分子动力学模拟中使用 hook 函数

运行计算

结果分析

观察压力变化

由 Einstein 关系式计算粘度

由 Green-Kubo 关系式计算粘度

扩展结果

运行更多独立轨迹

提高准确性