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atk:添加_组合_修改经典势函数

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atk:添加_组合_修改经典势函数 [2019/04/29 10:16] – [MoS2 中的层内和层间内聚力] xie.congweiatk:添加_组合_修改经典势函数 [2019/04/29 10:26] (当前版本) – [设置系统] xie.congwei
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 如下图所示选中一个包含 3 个原子（一个在第二层，两个在第三层）的三角形。 如下图所示选中一个包含 3 个原子（一个在第二层，两个在第三层）的三角形。
  
-{{ :atk:builder_addli-20190429.png?direct&600 |}}+{{ :atk:builder_addli-20190429.png?direct&750 |}}
  
 单击工具栏（如图）中的 {{:atk:AlignmentPoint02c.png?25|}} 图标，在所选原子的中心放置一个额外的原子。这个原子稍后将被转换为锂，但现在我们将其保留为碳。 单击工具栏（如图）中的 {{:atk:AlignmentPoint02c.png?25|}} 图标，在所选原子的中心放置一个额外的原子。这个原子稍后将被转换为锂，但现在我们将其保留为碳。
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 在 [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Script_graphite_lithium.py|↓ Script_graphite_lithium.py]] 中可以找到最终脚本的示例。您可以添加与 **ATK-ForceField** 兼容的任何优化、分子动力学或分析模块。下图显示了锂-石墨系统的 MD 模拟的快照。 在 [[https://docs.quantumwise.com/_downloads/Script_graphite_lithium.py|↓ Script_graphite_lithium.py]] 中可以找到最终脚本的示例。您可以添加与 **ATK-ForceField** 兼容的任何优化、分子动力学或分析模块。下图显示了锂-石墨系统的 MD 模拟的快照。
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 +{{ :atk:graphite_lithium-20190429.jpg?direct&600 |}}
  
 ===== MoS2 中的层内和层间内聚力 ===== ===== MoS2 中的层内和层间内聚力 =====
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 为设置系统，请打开 //Builder//，搜索并添加数据库中的辉钼矿结构。通过在其周围绘制一个矩形来选择一个图层，并添加名为 “layer1” 的标记（通过 Selection Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Tags）。对第二层重复以上步骤，命名为 “layer2”。 为设置系统，请打开 //Builder//，搜索并添加数据库中的辉钼矿结构。通过在其周围绘制一个矩形来选择一个图层，并添加名为 “layer1” 的标记（通过 Selection Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Tags）。对第二层重复以上步骤，命名为 “layer2”。
  
-{{ :atk:builder_tag_mos2-20190429.png?direct&700 |}}+{{ :atk:builder_tag_mos2-20190429.png?direct&850 |}}
  
 将构型发送到 **ScriptGenerator**。 将构型发送到 **ScriptGenerator**。
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 ===== 参考 ===== ===== 参考 =====
  
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 +  * [1] (1, 2, 3, 4, 5) M Matsui and M. Akaogi: Molecular dynamics simulations of the structural and physical properties of the four polymorphs of TiO2. [[https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/08927029108022432|Mol. Sim. 6, 239 (1991)]]
 +  * [2] (1, 2) C.J. Fennell and J.D. Gezelter: Is the Ewald summation still necessary? Pairwise alternatives to the accepted standard for long-range electrostatics. [[https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.2206581|J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006)]]
 +  * [3] (1, 2, 3, 4, 5) J.P. Trinastic, R. Hamdan, Y. Wu, L. Zhang, H.-P. Cheng: Unified interatomic potential and enery barrier distributions for amorphous oxides. [[https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.4825197|J. Chem. Phys. 139, 154506 (2013)]]
 +  * [4] (1, 2, 3) O. N. Kalugin, V. V. Chaban, O. V. Prezhdo: Microscopic Structure and Dynamics of Molecular Liquids and Electrolyte Solutions Confined by Carbon NanoTubes: Molecular Dynamics Simulations. [[https://www.intechopen.com/books/carbon-nanotubes-synthesis-characterization-applications/microscopic-structure-and-dynamics-of-molecular-liquids-and-electrolyte-solutions-confined-by-carbon|Carbon Nanotubes - Synthesis, Characterization, Applications (2011), Siva Yellampalli (Ed.)]].
 +  * [5] (1, 2) J.-W. Jiang, H.S. Park, T. Rabczuk: Molecular dynamics simulations of single-layer molybdenum disulphide (MoS2): Stillinger-Weber parameterization, mechanical properties and thermal conductivity [[https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.4818414|J. Appl. Phys. 114, 064307 (2013)]]
 +  * 英文原文：[[https://docs.quantumwise.com/tutorials/combining_potentials/combining_potentials.html|https://docs.quantumwise.com/tutorials/combining_potentials/combining_potentials.html]]
atk/添加_组合_修改经典势函数.1556504219.txt.gz · 最后更改: 2019/04/29 10:16 由 xie.congwei

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