单层石墨烯的性质可以通过引入缺陷来调控。获得可控缺陷的一个有效的方法是使用高能离子轰击单层石墨烯。分子动力学模拟可被用来阐明此过程中所涉及的机制，并增进我们对外部参数（比如引入离子的动能）如何影响缺陷形成的理解。在本实例中，借助文献[BS12]中的方案，您将模拟离子轰击石墨烯。 特别地，您将：

• 学习基于Virtual NanoLab (VNL)建立计算所需的基本步骤。
• 学习如何手动地在 VNL产生的Python脚本中引入修改。
• 使用Atomistix ToolKit(ATK)运行计算。

打开 Builder 进行如下操作：

• 使用Nanosheet插件Add ‣ From plugin ‣ Nanosheet来创建一个石墨烯单胞。
• 使用Bulk Tools ‣ Swap Axes，点击C↔A和 Z↔X来旋转结构和晶胞矢量。现在表面朝向沿着Z轴。
• 使用Bulk Tools ‣ Repeat通过在A和B方向给一个想要的重复数（比如10*4）来创建一个合适的超胞。
• 使用Bulk Tools ‣ Lattice parameters窗口栏增加C矢量的z分量为50.0Å。确保改变晶格时保持笛卡尔坐标不变。

普通列表项目轰击原子原则上可以添加在表面上方的任何地方。接下来，您可以选择添加轰击原子在一个石墨烯碳原子正上方（顶位），也可以在石墨烯碳圆环中间位置正上方（空心位）。

在顶位添加一个原子：

• 选择单层石墨烯中间部位的一个原子。
• 使用Coordinate Tools ‣ Translate，通过给translation vector键入一个合适的z分量，将轰击原子放在单层石墨烯上方一个初始高度（比如30Å）
• 选中Copy并点击Apply。

在空心位添加一个原子：

• 选中在片层中心位置的一个六元环上的六个碳原子。
• 点击在Builder工具栏中的 图标。
• 选择新建的原子并使用Coordinate Tools ‣ Translate工具（点掉Copy复选框）来将原子平移到表面上方想要的初始位置。