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--- 如何在发表论文时正确引用atk软件 [2014/11/06 19:39] – 创建 fermi
+++ atk:如何在发表论文时正确引用atk软件 [2018/03/20 18:24] (当前版本) – [引用QuantumATK-Classical方法] liu.jun
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-====== 如何在发表论文时正确引用atk软件 ======
+====== 如何在发表论文时正确引用QuantumATK软件 ======
-文章中报道的来自ATK软件的研究结果都应该正确地引用ATK软件和相关的描述方法的文章，主要是以下引用：
+===== 引用ATK-DFT、ATK-SE方法 =====
+文章中报道的来自QuantumATK软件的研究结果都应该正确地引用QuantumATK软件和相关的描述方法的文章，主要是以下引用：
   * Atomistix ToolKit version XXX, QuantumWise A/S (www.quantumwise.com).
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   * K. Stokbro, D. E. Petersen, S. Smidstrup, A. Blom, M. Ipsen and K. Kaasbjerg, //Phys. Rev. B// **82**, 075420 (2010)（[[http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.82.075420|DOI]]）
-  *
-如果文章中讨论了SIESTA基组或者一般的输运计算方法，您可能还需要引用以下文献：
-  * J. M. Soler, E. Artacho, J. D. Gale, A. García, J. Junquera, P. Ordejón, and D. Sánchez-Portal, //J. Phys. Condens. Matter// **14**, 2745 (2002)（[[http://dx.doi.org/10.1088/0953-8984/14/11/302|DOI]]）
+如果计算中使用了DFTB（Slater-Koster）方法，则应正确引用不同参数的来源文献，详细情况请参考[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/chap.atkse.html#sect1.atkse.parameters| QuantumATK官方手册相关章节]]。
-  * J. Taylor, H. Guo, and J. Wang, //Phys. Rev. B// **63**, 245407 (2001)（[[http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.63.245407|DOI]]）
+===== 引用ATK-Classical方法 =====
+如果在研究中使用了ATK-Classical方法，则应该在引用软件的一般版本和有关的文章：
+  * Atomistix ToolKit version XXXX.X, Synopsys QuantumWise (www.quantumwise.com)
+  * M. Griebel, S. Knapek and G. Zumbusch, "Numerical Simulation in Molecular Dynamics", Springer (2007)
+  * M. Griebel and J. Hamaekers, //Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering//, **193**, 1773-1788 (2004)【[[http://dx.doi.org/10.1016/j.cma.2003.12.025|DOI]]】
+如果在计算中使用了某种特定的经验势函数模型，则应添加相应的文献，详情请参考[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.tremolox.html#ref.nanolanguage.parametersets|手册]]。
+===== 如何引用VNL =====
+如果您在研究中使用了Virtual NanoLab，则应当正确引用VNL的软件版本：
+  * Virtual NanoLab version XXXX.X, Synopsys QuantumWise (www.quantumwise.com)
+===== 其他相关的文献 =====
+在2005年以前，QuantumATK的原名为TranSIESTA-C，该程序包使用了学术版的TranSIESTA（和部分的McDCal），使用的DFT方法则为与SIESTA一致的数值轨道基组。
+==== TranSIESTA/McDCal/SIESTA的有关文章 ====
+  * Mads Brandbyge, José-Luis Mozos, Pablo Ordejón, Jeremy Taylor, and Kurt Stokbro, Density-functional method for nonequilibrium electron transport, //Phys. Rev. B// **65**, 165401 (2002).
+  * Kurt Stokbro, Jeremy Taylor, Mads Brandbyge, and Pablo Ordejón, TranSIESTA: A Spice for Molecular Electronics, //Ann NY Acad Sci// **1006**, 212-226 (2003).
+  * José M Soler, Emilio Artacho, Julian D Gale, Alberto García, Javier Junquera, Pablo Ordejón, and Daniel Sánchez-Portal, The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation, //J. Phys. Condens. Matter// **14**, 2745-2779 (2002).
+  * Jeremy Taylor, Hong Guo, and Jian Wang, Ab initio modeling of quantum transport properties of molecular electronic devices, //Phys. Rev. B// **63**, 245407 (2001).
+==== 综述文章 ====
+  * Ann E Mattsson, Peter A Schultz, Michael P Desjarlais, Thomas R Mattsson, and Kevin Leung, Designing meaningful density functional theory calculations, //Modelling Simul. Mater. Sci. Eng.// **13**, R1 (2005).
+  * K. Stokbro, J. Taylor, M. Brandbyge, and H. Guo, Ab-initio Non-Equilibrium Green's Function Formalism for Calculating Electron Transport in Molecular Devices, //Lecture Notes in Physics// **680**, 117-151 (2005).
+  * Max Koentopp, Connie Chang, Kieron Burke, and Roberto Car, Density functional calculations of nanoscale conductance, //Journal of Physics: Condensed Matter// **20**, 083203 (2008).
+==== 书籍 ====
+  * D. Sholl and J. A. Steckel, //Density Functional Theory. A Practical Introduction//, Wiley (2011).
+  * S. Datta, //Electronic Transport in Mesoscopic Systems//, Cambride (1997).
+  * S. Datta, //Quantum Transport: Atom to Transistor//, Cambride (2005).

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