这是本文档旧的修订版!
ATK:支持 gif 动画
要求:了解如何在 QuantumATK 中创建 NEB 或 MD 结构
在本教程中,您将学习如何由轨迹、 NudgedElasticBand (NEB) 或 MD 的轨迹数据块制作精美的动画。
您必须已有一个现有的轨迹文件。
在这里,我们将展示使用现有轨迹文件制作影片的步骤。该示例是屈曲石墨烯纳米带(GNR)的 NEB 计算,但它和优化和 MD 轨迹的工作原理完全相同。还有其他的教程描述了如何创建和计算 NEB 轨迹。另请注意,您也可以为其他软件包(如 VASP)计算的轨迹制作影片,只要它们可以导入即可。
您只需要将文件拖放到 Viewer 上就可导入您的 NEB 数据块(此处我们使用 NEBmovie.nc
中的 NEB 数据块)。在那里,您可以通过单击右侧面板上的 Properties 按钮来根据个人喜好修饰结构。左键单击结构,您将有以下四个提取选项:
采用以下工作流程导出动画 GIF:
在这点上的可能性是无止境的。例如,如果使用 Movie Tool 分析 NEB 或 MD 模拟,您就可以查看相关量的动图:
在 QuantumATK 中,只需点击 Viewer Rotation Animator,您还可以创建结构围绕特定轴(从静态构型得到的 GIF 动画)旋转的动画(.gif
格式)。Rotation Animator 的功能既显著又易懂: