atk:在vnl中导入lammps轨迹文件
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| atk:在vnl中导入lammps轨迹文件 [2016/05/02 22:05] – 创建 fermi | atk:在vnl中导入lammps轨迹文件 [2018/03/20 22:29] (当前版本) – liu.jun | ||
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| LAMMPS是一个经典分子动力学代码，输出的分子动力学轨迹格式可以非常灵活[Pli95]，大部分的输出文件为文本文件。将LAMMPS轨迹导入VNL有两种选择： | LAMMPS是一个经典分子动力学代码，输出的分子动力学轨迹格式可以非常灵活[Pli95]，大部分的输出文件为文本文件。将LAMMPS轨迹导入VNL有两种选择： | ||
| - | （1）导入为'' | + | - 导入为'' |
| - | （2）导入为'' | + | |
| 为了完整的使用VNL的MD分析功能，在进行LAMMPS模拟的时候，您需要遵守一些小的规则（在本教程中会说明）。 | 为了完整的使用VNL的MD分析功能，在进行LAMMPS模拟的时候，您需要遵守一些小的规则（在本教程中会说明）。 | ||
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| ===== 处理LAMMPS轨迹文件 ===== | ===== 处理LAMMPS轨迹文件 ===== | ||
| - | 如果您将LAMMPS的轨迹文件导入VNL **LabFloor**，您当然能够单独提取某个结构，并做进一步分析或者使用VNL和ATK计算。下面的例子向您展示了如何计算已经用LAMMPS模拟过的多晶体铜的结构。如果您想学习在VNL-ATK中产生和模拟多晶体结构，可以参考手册 [[http:// | + | 如果您将LAMMPS的轨迹文件导入VNL **LabFloor**，您当然能够单独提取某个结构，并做进一步分析或者使用VNL和QuantumATK计算。下面的例子向您展示了如何计算已经用LAMMPS模拟过的多晶体铜的结构。如果您想学习在QuantumATK中产生和模拟多晶体结构，可以参考手册 [[http:// |
| 用**Movie Tool**打开LAMMPS轨迹文件。切换至想要的结构，比如最后的一个结构，并且使用**Movie Tool**窗口中右下角的 按钮将这个结构发送给 Script Generator 。 | 用**Movie Tool**打开LAMMPS轨迹文件。切换至想要的结构，比如最后的一个结构，并且使用**Movie Tool**窗口中右下角的 按钮将这个结构发送给 Script Generator 。 | ||
atk/在vnl中导入lammps轨迹文件.1462197906.txt.gz · 最后更改: 2016/05/02 22:05 由 fermi