差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

--- atk:创建si-si3n4界面模型 [2018/10/25 20:57] – [创建界面] xie.congwei
+++ atk:创建si-si3n4界面模型 [2019/06/29 15:50] (当前版本) – [创建Si-Si3N4界面模型] dong.dong
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 ^ 在本教程中，您将学习如何使用 QuantumATK 构建复杂的界面。\\ 特别地，我们将考虑在硅和氮化硅之间创建界面。  ^    {{ :atk:intro11-20181024.png?100 |}}     ^
+<WRAP center info 100%>
+=== 提示 ===
+**本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。**
+  * 不同版本的QuantumATK的py脚本可能不兼容；
+  * 较新的版本输出的数据文件默认为hdf5；
+  * 老版本的数据文件为nc文件，可以被新版本读取。
+</WRAP>
 <WRAP center important 100%>
 === 注意 ===
 {{ :atk:snap116-20181024.png?650 |}}
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 {{ :atk:snap313-20181025.png?700 |}}
+<WRAP center tip 100%>
+**提示**
+**新版本的QuantumATK包含Database模块，可以直接在线检索 Materials Project 和 Crystallography Open Database，下载结构和性质数据，无需按照以上操作去网页检索。**
+</WRAP>
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 ===== 最终调整 =====
+您还没完成。Yang 等人的重要观测是**需要移动界面上的一个 N 原子**使所有键都饱和。所讨论的原子正是用于表面位移的原子，位于 Si 三角形中间（原子数27）。
+  * **第 7 步：**单击选中这个原子，按下键盘上的 Del 键删除它；
+{{ :atk:snap101-20181025.png?600 |}}
+  * **第 8 步：**通过选中三个原子（点击第一个，然后按住 Ctrl 键并点击其他两个原子；原子编号为 28，29，30），然后单击左侧工具栏中的“Centroid”插件 {{:atk:AlignmentPoint02c.png?25|}}，**在 Si(111) 顶层的 Si 三角形中间插入一个新原子**。插入原子的位置是正确的，但它是 Si 原子，利用周期表工具 {{:atk:modifyelement02.png?25|}} **将其更改为 N 原子**。
+{{ :atk:snap117-20181025.png?600 |}}
+此时，您有一个在 Si(111) 和 β-Si3N4(0001) 之间的单一界面，可以继续下一部分。
 ===== 加倍：埋层模型 =====
+<WRAP center tip 100%>
+=== 提示 ===
+人们还可以进一步采取该步骤创建嵌入 Si（111） 的 β-Si<sub>3</sub>N<sub>4</sub>(0001)薄层，即双界面模型。通过镜像单一界面就可以很容易地实现。
+</WRAP>
+  * **第 9 步：**根据您想要添加多少层 Si<sub>3</sub>N<sub>4</sub>，当前模型的大小将会不同。
+  - 将鼠标放在 C 向的最后一层上，并记下这些原子的 Z坐 标。在本例中（对于Si<sub>3</sub>N<sub>4</sub>）该值为 20.5382 埃。
+  - 打开 Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Mirror。为正常的 N 选择 Z 方向，但是为了获得正确的镜像对称构型，您应该将 P 放在最后一层。因此，将上一步的值输入 P 的第三个框，然后勾选“Copy”，点击“Apply”。
+  - 下一步，使用 Bulk Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Fit cell 调整晶胞。点击“Apply”之前，请确保仅勾选了 C，因为您不想更改 A 或 B 中的任何内容。
+  - 在用于镜像操作的参考层，所有原子现在都加倍了。因此，作为最后的操作，使用 Selection Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Close Neighbors 选中所有重叠原子并删除。
+{{ :atk:snap122-20181025.png?600 |}}
 ===== 界面作为器件模型 =====
+无论您选择单一的还是双倍模型，构型仍然表示为周期性结构。然而在 QuantumATK，您可以计算**电子开放系统**，相反地其他材料科学软件包中使用周期模型。这意味着您可以计算单界面（或两个）的性质，而不是不同材料的周期性重复堆叠。
+在 QuantumAT 中执行计算的边界条件是所谓的 **device configurations**。为将当前结构转换为器件：
+  * 打开 Device Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}}  Device From Bulk。
+  * 由于您添加了一些 Si(111) 层，工具可以因为存在重复的图案自动找到电极长度。
+  * 单击“OK”以创建器件。
+{{ :atk:snap132-20181025.png?600 |}}
+<WRAP center important 100%>
+=== 注意 ===
+最后要说明的是，虽然这里没有涉及到，但应该指出结构需要被优化，尤其是界面中的 Si 原子。如果您这样做了，将看到所有 Si 原子都形成了完全饱和的键。想要在未弛豫的结构中观察，需要把结构发送到 Viewer，将要绘制的键范围增加到 1.3 埃，您将看到所有 Si 原子都有 4 个键。
+</WRAP>
 ===== 参考 =====
-英文教程：http://docs.quantumwise.com/tutorials/sisi3n4_interface.html
+  * [YWD+09]	 M. Yang, R. Q. Wu, W. S. Deng, L. Shen, Z. D. Sha, Y. Q. Cai, Y. P. Feng, and S. J. Wang. Electronic structures of β-si3n4(0001)/si(111) interfaces: Perfect bonding and dangling bond effects. //Journal of Applied Physics//, 2009. [[https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.3072625|doi:10.1063/1.3072625]].
+  * 英文原文：http://docs.quantumwise.com/tutorials/sisi3n4_interface.html

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