差别

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--- atk:创建分子结 [2018/05/21 16:48] – [从苯到 DTB：构建分子] xie.congwei
+++ atk:创建分子结 [2018/06/15 10:17] (当前版本) – [创建分子结] fermi
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+=== 提示 ===
+**本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。**
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 ===== 从苯到 DTB：构建分子 =====
-  * **第一步：**点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Add From Database，从菜单中选择 Databases {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Molecules。找到 **benzene**，点击下方右下角的 **+** 按钮，将分子添加到 stash。
+  * **步骤 1：**点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Add From Database，从菜单中选择 Databases {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Molecules。找到 **benzene**，点击下方右下角的 **+** 按钮，将分子添加到 stash。
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-  * **第二步：**将分子转化为 DTB，按下 Ctrl 键，点击选中苯分子上 2 个位于相反方向上的氢原子。然后打开元素周期表 {{:atk:modifyelement02.png?25|}} ，点击 **Sulfur** (S) 元素。
+  * **步骤 2：**将分子转化为 DTB，按下 Ctrl 键，点击选中苯分子上 2 个位于相反方向上的氢原子。然后打开元素周期表 {{:atk:modifyelement02.png?25|}} ，点击 **Sulfur** (S) 元素。
 {{ :atk:snap210.png?800 |}}
-  * **第三步：**按下 Esc 键或点击背景的任何一处以取消选中所有的原子。
+  * **步骤 3：**按下 Esc 键或点击背景的任何一处以取消选中所有的原子。
-  * **第四步：**需要调整 C-S 的键长。选择一对键合的 C-S 原子，注意要**先选碳原子**。打开Open Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Z-matrix，设置键长为 1.75 Å。可观察到第二个被选中的原子发生了移动，即 S 原子。
+  * **步骤 4：**需要调整 C-S 的键长。选择一对键合的 C-S 原子，注意要**先选碳原子**。打开 Open Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Z-matrix，设置键长为 1.75 Å。可观察到第二个被选中的原子发生了移动，即 S 原子。
 {{ :atk:snap312.png?800 |}}
-  * **第五步：**对其他的 C-S 执行同样的操作！
+  * **步骤 5：**对其他的 C-S 执行同样的操作！
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-  * **第六步：**点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Add From Database，这次从菜单中选择 Databases {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Crystals。找到 Gold 并添加到 stash。
+  * **步骤 6：**点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Add From Database，这次从菜单中选择 Databases {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Crystals。找到 **Gold** 并添加到 stash。
 {{ :atk:snap46.png?800 |}}
-  * **第七步：**打开 Builders {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Surface (Cleave)，切割金晶体。输入密勒指数 h = 1，k =1，l = 1，然后点击 Next {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Next {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Finish。
+  * **步骤 7：**打开 Builders {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Surface (Cleave)，切割金晶体。输入密勒指数 h = 1，k =1，l = 1，然后点击 Next {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Next {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Finish。
 {{ :atk:snap54.png?800 |}}
-  * **第八步：**为了便于在 fcc 堆垛层中直观地识别出三层（ABC），将 A 层中的金原子改为 Ag，C 层中的金原子改为 T1 （选这些元素只是为了呈现协调的颜色）。
+  * **步骤 8：**为了便于在 fcc 堆垛层中直观地识别出三层（ABC），将 A 层中的金原子改为 Ag，C 层中的金原子改为 T1 （选这些元素只是为了呈现协调的颜色）。
 {{ :atk:snap63.png?800 |}}
-  * **第九步：**为了使苯分子成为具有足够大表面的晶胞，点击 Bulk Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Repeat 将结构扩大到 3×3×2 倍，C 方向上 2 倍的叠加方便我们稍后从中心区域提取电极。
+  * **步骤 9：**为了使苯分子成为具有足够大表面的晶胞，点击 Bulk Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Repeat 将结构扩大到 3×3×2 倍，C 方向上 2 倍的叠加方便我们稍后从中心区域提取电极。
 {{ :atk:snap73.png?800 |}}
-  * **第十步：**您需要通过添加真空为分子表面留些空间。打开 Bulk Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Lattice Parameters，选择 keep Cartesian coordinates，并将 C 矢量增加到 45 Å（仍沿 Z 方向，因为对该器件是必要的）。
+  * **步骤 10：**您需要通过添加真空为分子表面留些空间。打开 Bulk Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Lattice Parameters，选择 keep Cartesian coordinates，并将 C 矢量增加到 45 Å（仍沿 Z 方向，因为对该器件是必要的）。
 {{ :atk:snap83.png?800 |}}
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 您现在将可以附着分子的表面上创建一个定位点。
-  * **第十一步：**选择表面 C 层中一个三角形的三个原子（Tl 原子），使得三角形的中心位于 A 层中银原子之上。点击 centroid tool {{:atk:alignmentpoint02a.png?direct&25|}} 在三个选定原子的质心位置插入另一个原子。通过选中这些特别的原子，在 fcc 上插入原子的位置即为我们期望的附着分子点。
+  * **步骤 11：**选择表面 C 层中一个三角形的三个原子（Tl 原子），使得三角形的中心位于 A 层中银原子之上。点击 centroid tool {{:atk:alignmentpoint02a.png?direct&25|}} 在三个选定原子的质心位置插入另一个原子。通过选中这些特别的原子，在 fcc 上插入原子的位置即为我们期望的附着分子点。
-  * **第十二步：**使用 Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Translate 在 Z 方向上将该原子移动 1.71 Å。（1.71 Å 可保证 Au-S 距离为文献 [wBMO+02]中所述的 2.39 Å）。
+  * **步骤 12：**使用 Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Translate 在 Z 方向上将该原子移动 1.71 Å。（1.71 Å 可保证 Au-S 距离为文献 <color #ed1c24>[wBMO+02]</color> 中所述的 2.39 Å）。
 {{ :atk:snap92.png?800 |}}
-  * **第十三步：**按下 Ctrl+A，选中所有原子并将其转变为金。
+  * **步骤 13：**按下 Ctrl+A，选中所有原子并将其转变为金。
-  * **第十四步：**另外，为了随后可以更简便地控制定位原子，将其转变为硫。
+  * **步骤 14：**另外，为了随后可以更简便地控制定位原子，将其转变为硫。
 {{ :atk:snap101.png?800 |}}
-  * **第十五步：**目前为止，仅有一个金表面——而实际上应该是两个。因此，我们要再次按下 Ctrl+A，打开 Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Mirror。选择 “Fractional” 坐标，设置 P = [0, 0, 0.5]。点击 “Copy”，按下Apply。
+  * **步骤 15：**目前为止，仅有一个金表面——而实际上应该是两个。因此，我们要再次按下 Ctrl+A，打开 Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Mirror。选择 “Fractional” 坐标，设置 P = [0, 0, 0.5]。点击 “Copy”，按下Apply。
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 ===== 将分子和表面结合 =====
-  * **第十六步：**从 stash 拖拽苯到主窗口（显示金表面所在的位置），将其添加到金的结构上。添加分子时，Builder 会自动激活为 Move mode。
+  * **步骤 16：**从 stash 拖拽苯到主窗口（显示金表面所在的位置），将其添加到金的结构上。添加分子时，Builder 会自动激活为 **Move mode**。
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 === 注意 ===
-选中分子的所有原子（可由原子周围的黄色圆圈表明）；在 Move mode 下，您不能更改此选择，但可以指定用于转变和旋转选中区的所谓锚原子。锚原子将由红色圆圈表示。
+选中分子的所有原子（可由原子周围的黄色圆圈表明）；在 **Move mode** 下，您不能更改此选择，但可以指定用于转变和旋转选中区的所谓**锚原子**。**锚原子将由红色圆圈表示**。
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 {{ :atk:snap122.png?800 |}}
-  * **第十七步：**点击一个硫原子——它将成为一个锚原子。然后拖动它，使其最终落于左边表面上的硫定位原子的上方。由于“Snap”是开启的状态，它将锁定到定位原子的精确位置，当两个原子位置重合时，选中标记会变成蓝色。
+  * **步骤 17：**点击一个硫原子——它将成为一个锚原子。然后拖动它，使其最终落于左边表面上的硫定位原子的上方。由于 “Snap” 是开启的状态，它将锁定到定位原子的精确位置，当两个原子位置重合时，选中标记会变成蓝色。
 {{ :atk:snap132.png?800 |}}
-  * **第十八步：**按下 Fuse ——这会消除两个重叠的硫原子中的一个（在表面的那个原子将被移除；融合时，被选中激活的原子始终被保留）。
+  * **步骤 18：**按下 Fuse ——这会消除两个重叠的硫原子中的一个（在表面的那个原子将被移除；融合时，被选中激活的原子始终被保留）。
-  * **第十九步：**现在，点击另一个 S 原子（第一个将会被保持着选中状态）。然后在 Move tool 的程序窗口的 r1-r0 输入 [0, 0, 1]。这将使这两个原子——即 Z 轴上的分子对齐。关闭 Move tool 的程序窗口。
+  * **步骤 19：**现在，点击另一个 S 原子（第一个将会被保持着选中状态）。然后在 Move tool 的程序窗口的 **r1-r0** 输入 [0, 0, 1]。这将使这两个原子——即 Z 轴上的分子对齐。关闭 Move tool 的程序窗口。
 {{ :atk:snap142.png?800 |}}
-  * **第二十步：**通过按住 Ctrl 键的同时双击其中的表面上的一个原子以选中它。这将选择所有连接的原子。
+  * **步骤 20：**通过按住 Ctrl 键的同时双击其中的表面上的一个原子以选中它。这将选择所有连接的原子。
-  * **第二十一步：**再次进入 Move mode {{:atk:move02.png?25|}}，点击第二个表面上的硫定位原子，使其成为锚原子。
+  * **步骤 21：**再次进入 **Move mode** {{:atk:move02.png?25|}}，点击第二个表面上的硫定位原子，使其成为锚原子。
 {{ :atk:snap151.png?800 |}}
-  * **第二十二步：**拖动右表面使锚原子/定位原子落在 DTB 分子游离末端的硫原子上。
+  * **步骤 22：**拖动右表面使锚原子/定位原子落在 DTB 分子游离末端的硫原子上。
-  * **第二十三步：**按下 Fuse 清除掉重叠两个硫原子的其中一个（这次消除的事分子上的那个原子）。关闭 Move tool 的程序窗口。
+  * **步骤 23：**按下 **Fuse** 清除掉重叠两个硫原子的其中一个（这次消除的事分子上的那个原子）。关闭 Move tool 的程序窗口。
 {{ :atk:snap161.png?800 |}}
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-  * **第二十四步：**打开 Devices Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Device from Bulk。因为我们已经在金 (111) 面沿 C 方向扩胞到 2 倍，故该工具会自动算出电极的大小。
+  * **步骤 24：**打开 Devices Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Device from Bulk。因为我们已经在金 (111) 面沿 C 方向扩胞到 2 倍，故该工具会自动算出电极的大小。
-  * **第二十五步：**然而，这是一个非常大的中心区域，需要很长时间的计算。因此，通过对每个表面（左侧和右侧）点击 2 次 {{:atk:minus.png?25|}} 将左侧和右侧表面缩至四层。点击 OK，完成。
+  * **步骤 25：**然而，这是一个非常大的中心区域，需要很长时间的计算。因此，通过对每个表面（左侧和右侧）点击 2 次 {{:atk:minus.png?25|}} 将左侧和右侧表面缩至四层。点击 OK，完成。
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