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atk:分子器件模拟

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atk:分子器件模拟 [2017/03/05 17:54] – [IV特性分析] dong.dongatk:分子器件模拟 [2021/12/16 11:23] (当前版本) – ↷ 链接因页面移动而自动修正 59.51.24.40
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 ====== 分子器件模拟 ====== ====== 分子器件模拟 ======
  
-本教程专注于分子器件的计算和分析。本教程中研究的经典器件由一个对苯二硫酚(DTB)与两个金电极表面构成,这个结构在很多文献里都有报道。+本教程专门介绍分子器件的计算和分析研究的经典器件由一个对苯二硫酚(DTB)与两个金电极表面构成,这个结构在很多文献里都有报道。
  
-本教程中的计算时间很长,作为入门的ATK量子输运计算教程,请参考:+本教程中的计算时间很长,作为入门的QuantumATK量子输运计算教程,请参考:
   * [[atk:使用atk研究电子输运|]]   * [[atk:使用atk研究电子输运|]]
  
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   * [[atk:构建金-dtb-金分子结|]]   * [[atk:构建金-dtb-金分子结|]]
  
-本教程中使用的ATK-DFT方法参见ATK的使用手册。+本教程中使用的ATK-DFT方法参见QuantumATK的使用手册。
  
  
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 <WRAP center important 100%> <WRAP center important 100%>
 === 注意 === === 注意 ===
-这个几何结构未经优化。这对本教程中要讨论的概念没有影响,但对于实际研究中的计算,结构优化至关重要。要了解如何弛豫器件几何结构,请参见:+这个几何结构未经优化。这对本教程中要讨论的概念没有影响,但对于实际研究中的计算,结构优化至关重要。要了解如何弛豫器件几何结构,请参见:[[atk:如何弛豫器件体系的几何结构|]]。
  
 </WRAP> </WRAP>
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 <WRAP center info 100%> <WRAP center info 100%>
-并行计算可以大幅度提升计算速度,要了解如何并行计算,请参考:[[atk:atk并行计算|]]。+并行计算可以大幅度提升计算速度,要了解如何并行计算,请参考:[[atk:quantumatk并行计算]]。
 </WRAP> </WRAP>
  
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 要同时将结构显示在图上,只需要将 DeviceConfiguration 数据对象拖动到上面已经显示了本征态的Viewer窗口里。 要同时将结构显示在图上,只需要将 DeviceConfiguration 数据对象拖动到上面已经显示了本征态的Viewer窗口里。
  
-{{:atk:eigen13.png?200 |}}{{:atk:eigen14.png?200 |}} +<WRAP center box 100%> 
-{{:atk:eigen15.png?200 |}}{{:atk:eigen16.png?200 |}}+{{:atk:eigen13.png?400 |}}{{:atk:eigen14.png?400 |}} 
 +{{:atk:eigen15.png?400 |}}{{:atk:eigen16.png?400 |}} 
 +</WRAP> 
  
 注意到,所有的态都是关于苯分子平面反对称的,这说明这几个态都是苯分子的 $\pi$-轨道,由与平面垂直的碳原子 6 个 pz 轨道线性组合而成的,因此这样的 $\pi$-轨道共有 6 个。 注意到,所有的态都是关于苯分子平面反对称的,这说明这几个态都是苯分子的 $\pi$-轨道,由与平面垂直的碳原子 6 个 pz 轨道线性组合而成的,因此这样的 $\pi$-轨道共有 6 个。
行 166: 行 169:
  
 <WRAP center info 100%> <WRAP center info 100%>
-前面两个能量处只有一个透射本征态主导,最后一个能量处则有两个主导的透射本征值。后面会讨论为什么他们没有加在一起给出总的透射谱 T(E)。+前面两个能量处只有一个透射本征态主导,最后一个能量处则有两个主导的透射本征值。后面会讨论为什么他们加在一起没有得到总的透射谱 T(E)。
 </WRAP> </WRAP>
  
行 214: 行 217:
 {{ :atk:eigenvalues1.png?600 |}} {{ :atk:eigenvalues1.png?600 |}}
  
-  * 选中第一个本征值,点击 Eigenstates 按钮。稍等片刻,第一个本征值对应的本征态就计算好了,Viewer 窗口自动弹出。适当调整 isovalue 数值,得到漂亮的图。+  * 选中第一个本征值,点击 Eigenstates 按钮。稍等片刻,对应的本征态就计算好了,Viewer 窗口自动弹出。适当调整 isovalue 数值,得到漂亮的图。
  
 {{ :atk:eigenstates.png?400 |}} {{ :atk:eigenstates.png?400 |}}
行 278: 行 281:
 勾选 //Additional plots//,将显示三个新增面板,分别是微分电导(dI/dV),透射谱,谱电流。 勾选 //Additional plots//,将显示三个新增面板,分别是微分电导(dI/dV),透射谱,谱电流。
  
-<WRAP center round box 100%>+<WRAP center box 100%>
 {{ :atk:iv_figures.png?600 |}} {{ :atk:iv_figures.png?600 |}}
 每条透射谱曲线都对应了一个偏压点。某一偏压下的能量窗口在透射谱曲线上用蓝色标识。用鼠标指向某一偏压点时(红色圆点),对应的透射谱和谱电流曲线将被点亮显示。 每条透射谱曲线都对应了一个偏压点。某一偏压下的能量窗口在透射谱曲线上用蓝色标识。用鼠标指向某一偏压点时(红色圆点),对应的透射谱和谱电流曲线将被点亮显示。
行 284: 行 287:
 </WRAP> </WRAP>
  
 +<WRAP center important 100%>
 +===注意===
 +要特别注意谱电流曲线:所有的对总电流的贡献都必须包含在能量窗口内,此时IV计算才是可靠的。如果实际情况并非如此,则需要使用更大的能量窗口重新进行IV计算。
 +</WRAP>
  
 +<WRAP center info 100%>
 +dI/dV 在1.6V 处有峰,这是因为透射谱上的共振峰在这个偏压时开始进入偏压窗口。
 +</WRAP>
 +
 +
 +
 +==== 1.6 V 偏压时的 PLDOS ====
 +
 +要研究 偏压为 1.6 V 时分子器件的电子态性质,可以计算投影局域态密度(PLDOS),和零偏压下类似。
 +
 +  * 打开一个新的 **Script Generator** 窗口,添加两个单元:
 +    * Analysis from file
 +    * Analysis -> PorjectedLocalDensityOfStates
 +  * 在 Analysis from file 单元里选择 ''ivcurve_selfconsistent_configuration_1.60000V.nc''
 +  * 在 PLDOS 分析单元里,将能量窗口 设为 -3 到 3 eV,设置 k 点为 3x3;
 +  * 将输出文件名设置 为 ''pldos_1.6V.nc'',保存脚本为 ''pldos_1.6V.py''
 +
 +运行脚本后,使用 **Projected Local Density of States** 工具显示结果,如下图。
 +
 +{{ :atk:pldos_1.6v.png?400 |}}
 +
 +和零偏压相比,-1.5 eV 处的共振分裂成了两个,分别位于 -0.8 和 -2 eV,这个现象在透射谱上也可以看到。此外,我们还可以注意到 -0.8 的峰接近右侧电极,-2.0 eV 处的峰接近左侧电极。这种分裂来源于分子区域的电势降落(有外加偏压时)。
  
-==== 1.6 V 时的PLDOS ==== 
  
 ==== 计算电压降 ==== ==== 计算电压降 ====
  
 +现在我们来分析偏压 1.6 V 时的电压降和诱导电荷密度。首先我们计算 1.6 V 和 0 V 下的 ElectrostaticDifferencePotential 和 ElectronDifferenceDensity。
 +
 +  * 在 **Script Generator** 中,添加 三个计算单元:
 +    * Analysis from File
 +    * Analysis -> ElectrostaticDifferencePotential
 +    * Analysis -> ElectronDifferenceDensity
 +  * 在 Analysis from File 里设置 ''ivcurve_selfconsistent_configuration_1.60000V.nc''
 +  * 将默认输出文件名改为 ''voltage_drop_16V.nc''
 +  * 将脚本发送至 **Job Manager** 
 +
 +{{ :atk:voltage_drop_16v.png?600 |}}
 +
 +重复一次这个计算,但使用 0V 的自洽结果,保存文件为 ''voltage_drop_0V.nc''
 +
 +为使用 1.6V 和 0V 的 ElectrostaticDifferencePotential 和 ElectronDifferenceDensity 结果计算电压降,我们使用右侧的GridOperations工具。
 +
 +  * 按住 ''ctrl'' 键同时选中 ''voltage_drop_16V'' 和 ''voltage_drop_0V'' 中的 $\delta V_E(\vec(r))$ 图标。
 +  * 点击打开 **GridOperations** 工具;
 +  * 设置函数为 A1 - B1;
 +  * 保存为 ''EDP.nc''
 +
 +{{ :atk:edp.png?600 |}}
 +
 +重复上述步骤,计算电压诱导的电荷密度。
 +
 +{{ :atk:edd.png?600 |}}
 +
 +现在计算结果分别保存于 ''EDP.nc'' 和 ''EDD.nc''。要图示这两个结果:
 +
 +  * 选择 ''EDP.nc'' 文件,打开 **Viewer**;
 +  * 设置作图模式为 CutPlanes;
 +  * 将结构(DeviceConfiguration)拖动到此打开的窗口里;
 +  * 选择 ''EDD.nc'' 文件,也拖动到这个窗口里,使用默认的isosurface作图模式。
 +
 +在 Property 里详细调节图示的细节。
 +
 +{{ :atk:edp1.png?600 |}}
 +{{ :atk:edd1.png?600 |}}
 +
 +如果设置如上图,则得到下面的图:
 +
 +{{ :atk:voltage_drop.png?600 |}}
 +
 +将电压降进行一维作图通常比较有用:选中 EDP 中的 $f(x)$ 图标,点击右侧的 **1D Projector** 工具。投影方法改为 //Average//,点击 //Add Line//。
 +
 +{{ :atk:voltage_drop_1d.png?600 |}}
 +
 +此处的一维投影作图,C轴取值范围为 0 ~ 1,对应了真实的 z 方向长度。
 +
 +<WRAP center info 100%>
 +===说明===
 +两个图都显示了器件区域 1.6V 的电压降。很明显,电压降主要发生在分子附近,而不是电极区域。电压降对应了量子电阻。分子区域的电压降也解释了非零偏压下的共振峰的分裂。
 +</WRAP>
 +
 +===== 参考 =====
 +  * K. Stokbro, J. Taylor, M. Brandbyge, J.-L. Mozos, and P. Ordejón. Theoretical study of the nonlinear conductance of di-thiol benzene coupled to au(1 1 1) surfaces via thiol and thiolate bonds. Computational Materials Science, 27(1–2):151 – 160, 2003. doi:10.1016/S0927-0256(02)00439-1.
 +  * K.S. Thygesen and K.W. Jacobsen. Molecular transport calculations with wannier functions. Chemical Physics, 319(1–3):111 – 125, 2005. doi:10.1016/j.chemphys.2005.05.032.
 +  * 英文原文:http://docs.quantumwise.com/tutorials/molecular_device/molecular_device.html
  
  
atk/分子器件模拟.1488707640.txt.gz · 最后更改: 2017/03/05 17:54 由 dong.dong

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