atk:分子动力学基础
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| atk:分子动力学基础 [2018/03/20 22:14] – liu.jun | atk:分子动力学基础 [2019/11/16 22:50] (当前版本) – [介绍] dong.dong | ||
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| =====介绍===== | =====介绍===== | ||
| - | Virtual NanoLab 和 QuantumATK 可以使分子动力学模拟变得非常简单：只需要向构型（configuration）添加所需的计算器（calculator）和分子动力学模块（MolecularDynamics block），就可以开始计算了。对于不同类型的模拟，什么样的参数和设置是最合适的，在这里给出了一些指导方针。本文简要介绍 QuantumATK 中分子动力学（MD）功能，并且一步步的解释了如何正确地设置模拟过程以得到想要的结果。 | ||
| 所谓分子动力学（MD）模拟，是在预先确定条件下（比如温度，压力，应力，外力等等）模拟原子和分子运动的一种方法。分子动力学模拟可以用来研究纳米尺度下的动力学过程，还可以用来计算相图、扩散系数和各种响应函数等诸多性质。 | 所谓分子动力学（MD）模拟，是在预先确定条件下（比如温度，压力，应力，外力等等）模拟原子和分子运动的一种方法。分子动力学模拟可以用来研究纳米尺度下的动力学过程，还可以用来计算相图、扩散系数和各种响应函数等诸多性质。 | ||
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| + | QuantumATK（和 NanoLab）可以使分子动力学模拟变得非常简单：只需要向构型（configuration）添加所需的计算器（calculator）和分子动力学模块（MolecularDynamics block），就可以开始计算了。对于不同类型的模拟，什么样的参数和设置是最合适的，在这里给出了一些指导方针。本文简要介绍 QuantumATK 中分子动力学（MD）功能，并且一步步的解释了如何正确地设置模拟过程以得到想要的结果。 | ||
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| **本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。** | **本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。** | ||
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| - | =====方法论===== | + | ===== 方法原理 |
| 分子动力学模拟本质上是对给定初始构型中原子运动的牛顿方程求数值解。这通常是通过对有限时间步长进行积分计算得到的。原子之间的相互作用（也就是原子间力）可以通过不同的方法（可以是密度泛函理论（DFT）或经典力场）来进行计算。这些力决定了原子的加速度并且使得原子的位置和速度传递到下一个时间步长。多次重复这个过程会产生一系列的构型快照，这些快照描述了系统在相空间中的运动轨迹，从而可以进一步从中分析提取出想要的性质。 | 分子动力学模拟本质上是对给定初始构型中原子运动的牛顿方程求数值解。这通常是通过对有限时间步长进行积分计算得到的。原子之间的相互作用（也就是原子间力）可以通过不同的方法（可以是密度泛函理论（DFT）或经典力场）来进行计算。这些力决定了原子的加速度并且使得原子的位置和速度传递到下一个时间步长。多次重复这个过程会产生一系列的构型快照，这些快照描述了系统在相空间中的运动轨迹，从而可以进一步从中分析提取出想要的性质。 | ||
atk/分子动力学基础.1521555249.txt.gz · 最后更改: 2018/03/20 22:14 由 liu.jun