atk:使用vnl和vasp进行neb过渡态搜索计算
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| 在学习此教程之前，请参考[[atk: | 在学习此教程之前，请参考[[atk: | ||
| - | 此教程与使用VNL/ATK进行NEB计算的教程“[[铂在铂表面的扩散：NEB计算]]”操作流程类似，包含以下五步： | + | 此教程与使用QuantumATK进行NEB计算的教程“[[:铂在铂表面的扩散：NEB计算]]”操作流程类似，包含以下五步： |
| - 从无到有创建结构体系； | - 从无到有创建结构体系； | ||
| - 使用VASP优化反应路径两端的结构； | - 使用VASP优化反应路径两端的结构； | ||
| + | - 构建初始NEB路径； | ||
| - 设置VASP/ | - 设置VASP/ | ||
| - 使用VNL分析VASP输出结果。 | - 使用VNL分析VASP输出结果。 | ||
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| **注意：** | **注意：** | ||
| * 本教程不提供VASP的详细讲解，QuantumWise和FermiTech也不提供VASP程序。在进行此类计算之前，用户需要从[[http:// | * 本教程不提供VASP的详细讲解，QuantumWise和FermiTech也不提供VASP程序。在进行此类计算之前，用户需要从[[http:// | ||
| - | * 要在VNL中使用VASP计算设置与分析功能，需要具有ATKVASP功能的授权许可。如果LabFloor中的POSCAR图标呈灰色无法使用，说明正在使用的授权许可文件缺少相关的功能，请[[http:// | + | * 要在VNL中使用VASP计算设置与分析功能，需要具有QuantumATKVASP功能的授权许可。如果LabFloor中的POSCAR图标呈灰色无法使用，说明正在使用的授权许可文件缺少相关的功能，请[[http:// |
| ===== 创建初始和终点结构 ===== | ===== 创建初始和终点结构 ===== | ||
| - | 请参考VNL教程“[[铂在铂表面的扩散_neb计算|铂在铂表面的扩散：NEB计算]]”中的步骤创建初始和终点构型。 | + | 请参考VNL教程“[[:铂在铂表面的扩散_neb计算|铂在铂表面的扩散：NEB计算]]”中的步骤创建初始和终点构型。 |
| ===== 优化反应路径两端结构 ===== | ===== 优化反应路径两端结构 ===== | ||
| * 在主窗口中打开Tool> | * 在主窗口中打开Tool> | ||
| * 将初始构型直接拖动到窗口里； | * 将初始构型直接拖动到窗口里； | ||
| - | * 在Setup面板里选择“Structural Optimization”，根据需要修改其他参数；{{ | + | * 在Setup面板里选择“Structural Optimization”，根据需要修改其他参数；{{ vnl-neb-vasp-opt.png? |
| * 点击“Save”保存INCAR、POSCAR、KPOINTS、POTCAR四个输入文件； | * 点击“Save”保存INCAR、POSCAR、KPOINTS、POTCAR四个输入文件； | ||
| * 运行VASP得到结果文件 | * 运行VASP得到结果文件 | ||
| ===== 构建NEB反应路径 ===== | ===== 构建NEB反应路径 ===== | ||
| - | * 优化结束后VASP的输出文件可以在LabFloor中找到(如下图)；{{ | + | * 优化结束后VASP的输出文件可以在LabFloor中找到(如下图)；{{ vnl-neb-vasp-opt-results.png? |
| * 将两个CONTCAR文件中的结构，拖放到Builder； | * 将两个CONTCAR文件中的结构，拖放到Builder； | ||
| - | * 打开Builder> | + | * 打开Builder> |
| * 选择Bond Conserving方法（IDPP），设置最多7个NEB结构（含初始和最终结构） | * 选择Bond Conserving方法（IDPP），设置最多7个NEB结构（含初始和最终结构） | ||
| - | 关于如何使用NEB工具、如何修改NEB结构，参考教程“[[铂在铂表面的扩散_neb计算|铂在铂表面的扩散：NEB计算]]”。 | + | 关于如何使用NEB工具、如何修改NEB结构，参考教程“[[:铂在铂表面的扩散_neb计算|铂在铂表面的扩散：NEB计算]]”。 |
| ===== 设置、运行NEB计算 ===== | ===== 设置、运行NEB计算 ===== | ||
| 行 39: | 行 40: | ||
| * 将NEB构型对象从Builder窗口中拖到VASP Scripter； | * 将NEB构型对象从Builder窗口中拖到VASP Scripter； | ||
| * 在当前目录下创建一个空目录，选择该目录； | * 在当前目录下创建一个空目录，选择该目录； | ||
| - | * 计算任务类型只有NEB一个选项，有关参数可以根据需要修改；{{ | + | * 计算任务类型只有NEB一个选项，有关参数可以根据需要修改；{{ vnl-neb-vasp-setup.png? |
| * 设置结束之后点击“Save”将生成INCAR、KPOINTS、POTCAR和00、01、02、03、04、05、06等目录，每个目录下包含一个POSCAR文件，对应一个NEB结构； | * 设置结束之后点击“Save”将生成INCAR、KPOINTS、POTCAR和00、01、02、03、04、05、06等目录，每个目录下包含一个POSCAR文件，对应一个NEB结构； | ||
| * 运行VASP计算。 | * 运行VASP计算。 | ||
| 行 45: | 行 46: | ||
| ===== 分析计算结果 ===== | ===== 分析计算结果 ===== | ||
| - | * VASP计算是在其他地方完成的，在计算结束后，将整个文件目录树拷贝回Project文件夹。每个结构对应的OUTCAR等文件都会出现在LabFloor中，可以用VNL进行各种分析。{{ | + | * VASP计算是在其他地方完成的，在计算结束后，将整个文件目录树拷贝回Project文件夹。每个结构对应的OUTCAR等文件都会出现在LabFloor中，可以用VNL进行各种分析。{{ vnl-neb-vasp-results.png? |
| * 本例中最终要的是Movie Tool，该工具可以显示整个反应过程的能垒，并且显示每个反应路径上点对应的结构。只需要选中INCAR文件下地NEB对象，点击Movie Tool即可。 | * 本例中最终要的是Movie Tool，该工具可以显示整个反应过程的能垒，并且显示每个反应路径上点对应的结构。只需要选中INCAR文件下地NEB对象，点击Movie Tool即可。 | ||
| 要记得将初始和终点结构的OUTCAR分别拷贝到00和06两个文件夹下。 | 要记得将初始和终点结构的OUTCAR分别拷贝到00和06两个文件夹下。 | ||
| - | {{ :wiki:atk:vnl-neb-vasp-movie.png? | + | {{ vnl-neb-vasp-movie.png? |
| ===== 参考文献 ===== | ===== 参考文献 ===== | ||
atk/使用vnl和vasp进行neb过渡态搜索计算.1431182159.txt.gz · 最后更改: 2015/05/09 22:35 由 fermi