差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

--- atk:使用metadynamics动力学方法研究cu_111_中cu空位的扩散_plumed [2020/02/07 15:43] – [创建 Metadynamics 脚本] fermi
+++ atk:使用metadynamics动力学方法研究cu_111_中cu空位的扩散_plumed [2020/02/07 15:50] (当前版本) – [分析结果] fermi
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 除了标准的 **QuantumATK** 输出，在作业的最后您将获得 ''COLVAR'' 和 ''HILLS'' 文件。这两个 <color #00a2e8>PLUMED</color> 的输出文件将用于分析 metadynamics 模拟。
-为画出自由能 $\mathrm{F}$ 关于变量集 $\mathrm{CV\ 1}$ 和 $\mathrm{CV\ 2}$ 的函数分布图，您首选必须利用 ''atkpython extract_F.py'' 命令运行脚本 [[https://docs.quantumatk.com/_downloads/extract_F.py|↓ extract_F.py]]。将会产生这三个输出文件：
+为画出自由能 $\mathrm{F}$ 关于综合变量 $\mathrm{CV\ 1}$ 和 $\mathrm{CV\ 2}$ 的函数分布图，首选要用 ''atkpython extract_F.py'' 命令运行脚本 [[https://docs.quantumatk.com/_downloads/extract_F.py|↓ extract_F.py]]。将会产生这三个输出文件：
   * ''F_vs_cv1.dat'' 包含 $\mathrm{F}$ vs. $\mathrm{CV\ 1}$ 的数据。
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 ''atkpython F_vs_cv1_cv2.py''
-{{ :atk:f_vs_cv1_cv2-20191228.png?600 |}}
+{{ :atk:f_vs_cv1_cv2-20191228.png?500 |}}
-上图显示了自由能分布关于变量集 $\mathrm{CV\ 1}$ 和 $\mathrm{CV\ 2}$ 的热图。可以看出，在自由能面上有两个极小值，对应于空位从一个位置到相邻位置的扩散。
+上图显示了自由能分布关于综合变量 $\mathrm{CV\ 1}$ 和 $\mathrm{CV\ 2}$ 的热图。可以看出，在自由能面上有两个极小值，对应于空位从一个位置到相邻位置的扩散。
-模拟时间内变量集的演变可以输入以下命令运行脚本 [[https://docs.quantumatk.com/_downloads/cv1_cv2_vs_time.py|↓ cv1_cv2_vs_time.py]] 获得：
+模拟时间内综合变量的演变可以用以下命令运行脚本 [[https://docs.quantumatk.com/_downloads/cv1_cv2_vs_time.py|↓ cv1_cv2_vs_time.py]] 获得：
 ''atkpython cv1_cv2_vs_time.py''
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 {{ :atk:cv1_cv2_vs_time-20191228.png?600 |}}
-生成图展示了 $\mathrm{CV\ 1}$（红色） 和 $\mathrm{CV\ 2}$（蓝色）关于模拟时间函数的演变。可以看出，$\mathrm{CV\ 2}$ 对应于笛卡尔坐标 $y$，在固定值附近（$\mathrm{CV\ 2} = 0 \mathrm{Å}$）振荡，因为两个自由能极小值都出现在相同的 $y$ 值处。相反地，$\mathrm{CV\ 1}$ 对应于笛卡尔坐标 $x$，表明模拟势从左边的极小值（$\mathrm{CV\ 1} = -2.5 \mathrm{Å}$）开始。第一个极小值被填充直到接近 $2.2$ ns，然后系统移至第二个极小值（$\mathrm{CV\ 1} = 0 \mathrm{Å}$）。第二个极小值也被填充后，大约在 6 ns 内，系统在两个极小值间的振荡概率相同，直到模拟结束。
+生成图展示了 $\mathrm{CV\ 1}$（红色） 和 $\mathrm{CV\ 2}$（蓝色）关于模拟时间的函数演变。可以看出，$\mathrm{CV\ 2}$ 对应于笛卡尔坐标 $y$，在固定值附近（$\mathrm{CV\ 2} = 0 \mathrm{Å}$）振荡，因为两个自由能极小值都出现在相同的 $y$ 值处。相反地，$\mathrm{CV\ 1}$ 对应于笛卡尔坐标 $x$，表明模拟势从左边的极小值（$\mathrm{CV\ 1} = -2.5 \mathrm{Å}$）开始。第一个极小值被填充直到接近 $2.2$ ns，然后体系移至第二个极小值（$\mathrm{CV\ 1} = 0 \mathrm{Å}$）。第二个极小值也被填充后（大约在 6 ns 内）系统在两个极小值间的振荡概率相同，直到模拟结束。
-自由能位垒也可以运行脚本 [[https://docs.quantumatk.com/_downloads/barrier.py|↓ barrier.py]] 分析：
+自由能势垒也可以通过运行脚本 [[https://docs.quantumatk.com/_downloads/barrier.py|↓ barrier.py]] 分析：
 ''atkpython barrier.py''
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-结果显示位垒高度为 $0.647$ eV，与 <color #00a2e8>[KNB17]</color> 中结果一致。
+结果显示势垒高度为 $0.647$ eV，与 <color #00a2e8>[KNB17]</color> 中结果一致。

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