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atk:使用job_manager向远程服务器上提交作业

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atk:使用job_manager向远程服务器上提交作业 [2016/03/16 14:18] – fermiatk:使用job_manager向远程服务器上提交作业 [2021/12/16 11:17] (当前版本) – ↷ 链接因页面移动而自动修正 211.64.159.76
行 3: 行 3:
 ===== 概述 ===== ===== 概述 =====
  
-最新的VNL-ATK 2015中的Job Manager支持设置设置远程服务器提交任务，该方法的特点是：+从2015版开始，Job Manager支持设置设置远程服务器提交任务，该方法的特点是：
  
   * 安全：仅使用SSH端口的加密通信；服务器端无需后台进程，无需单独开放其他端口，有效保障安全性，特别适合公共服务器上部署计算；   * 安全：仅使用SSH端口的加密通信；服务器端无需后台进程，无需单独开放其他端口，有效保障安全性，特别适合公共服务器上部署计算；
行 38: 行 38:
 {{ :atk:vnl_vnl_rsa.png?500 |}} {{ :atk:vnl_vnl_rsa.png?500 |}}
 ==== 测试无密码登录 ==== ==== 测试无密码登录 ====
 +<WRAP center tip 100%>
 +VNL 2016版开始在Job Manager图形界面上直接提供测试诊断功能，方便易用。
 +
 +</WRAP>
 +
 +
 测试设置是否正确，可使用以下脚本尝试ssh登录是否正常(以下脚本中的key_dir、hostname、username要按实际情况修改)： 测试设置是否正确，可使用以下脚本尝试ssh登录是否正常(以下脚本中的key_dir、hostname、username要按实际情况修改)：
 <file python test_ssh.py> <file python test_ssh.py>
行 66: 行 72:
 </file> </file>
  
-将以上脚本保存，在editor中修改上面提到的三行，之后提交job manager在本地运行，即可测试ssh无密码连接到服务器是否正常。+将以上脚本保存，在editor中修改上面提到的三行，打开Windows的cmd窗口，输入命令： 
 +<code> 
 +atkpython test_ssh.py 
 +</code> 
 +ssh无密码连接设置成功则会显示： 
 +<code> 
 +Sucessfully found local dir with SSH keys. 
 +Connection succesful. 
 +</code>
  
-如果无密码登录设置正确，则输入用户名之后不需要输入密码即可登录服务器。 
  
 +===== 第二步：在QuantumATK中添加Job Manager中添加远程服务器 =====
  
-===== 第二步：在VNL-ATK中添加Job Manager中添加远程服务器 ===== +目前QuantumATK中支持Direct和PBS两种服务器提交方式：
- +
-目前ATK中支持Direct和PBS两种服务器提交方式：+
  
   * Direct：即服务器上没有PBS等队列系统，提交的计算直接在登录的主机上运行。这种方法常试用于单节点的服务器。   * Direct：即服务器上没有PBS等队列系统，提交的计算直接在登录的主机上运行。这种方法常试用于单节点的服务器。
-  * PBS：即VNL-ATK将通过PBS系统提交任务。+  * PBS：即QuantumATK将通过PBS系统提交任务。
  
 这里以比较复杂的PBS为例： 这里以比较复杂的PBS为例：
行 113: 行 125:
   * X*2=x   * X*2=x
   * y=2   * y=2
-  * 勾选 Enable MKL_DYNAMIC+  * 勾选 Enable MKL_DYNAMIC （需测试此项的加速效果来决定是否勾选）
  
 更大的体系，甚至可以一个节点对应于一个MPI process，这时 更大的体系，甚至可以一个节点对应于一个MPI process，这时
   * x=X   * x=X
   * Y=1   * Y=1
-  * 勾选 Enable MKL_DYNAMIC+  * 勾选 Enable MKL_DYNAMIC（需测试此项的加速效果来决定是否勾选）
  
-跨节点并行的还要注意网络选择等问题，详细情况参见[[atk:atk并行计算|ATK并行计算]]。+跨节点并行的还要注意网络选择等问题，详细情况参见[[atk:quantumatk并行计算|QuantumATK并行计算]]。
  
 </WRAP> </WRAP>
行 127: 行 139:
 {{ :atk:job_manager_008.png?600 |}} {{ :atk:job_manager_008.png?600 |}}
  
-<WRAP center round tip 80%> +<WRAP center tip 80%> 
-**注意：**当有任务提交之后，可能无法编辑服务器设置，需要先将任务从该服务器下删除（不会删除服务器上的任务文件夹和已经下载的数据）。+==== 注意 ==== 
 +当有任务提交之后，可能无法编辑服务器设置，需要先将任务从该服务器下删除（不会删除服务器上的任务文件夹和已经下载的数据）。
 </WRAP> </WRAP>
 ===== 提交任务 ===== ===== 提交任务 =====
  
-如果以上设置没有问题，可以尝试提交任务。提交任务遇到问题时，需要针对具体问题编辑设置。+如果以上设置没有问题，可以尝试提交任务。将作业脚本发送至job manager，选择相应的队列，点击开始按钮即可开始提交计算。 
 +计算一旦开始排队或运行，VNL即可关闭，并断开网络连接。下次连接时，VNL会自动检测作业进度并下载文件。 
 + 
 +==== 自定义任务的计算设置 ==== 
 + 
 +在提交任务时，用户仍有机会修改每个提交任务的计算设置，方法是： 
 + 
 +  * 向队列提交任务后不立即点击“开始运行按钮”，此时可以点击Job Setting按钮修改计算设置： 
 +{{ :atk:2016-12-06_2_.png?400 |}} 
 +  * 在Resource选项卡中可以临时修改此计算任务的计算资源（与上面队列设置类似）： 
 +{{ :atk:job_setting_1.png?400 |}} 
 +  * 在IO选项中可以临时设定此计算任务的目录： 
 +{{ :atk:job_setting_2.png?400 |}} 
 + 
 +<WRAP center tip 80%> 
 +==== 提示 ==== 
 +由于为了防止重名覆盖，Job Manager会在设定的目录下自动为每个作业生成随机的文件夹名称，这为用户手动查找作业目录带来了一定的麻烦。为此，建议在提交任务时，为每个作业添加一个有意义的子目录（如上图中作业队列默认的目录为/home/ddong/atkjobs，提交任务时可以要求job manager创建子目录sic_bandstructures），这样便于管理计算作业的文件夹。 
 +</WRAP> 
 + 
 +==== 问题排除 ==== 
 + 
 + 
 +提交任务遇到问题时，需要针对具体问题编辑设置。 
 + 
 +提交任务的PBS脚本的详细设置请参考：[[atk:通过命令行方式手动提交ATK计算|通过命令行方式手动提交QuantumATK计算]]。 
 + 
atk/使用job_manager向远程服务器上提交作业.1458109082.txt.gz · 最后更改: 2016/03/16 14:18 由 fermi

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