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创建分子结
在本教程中,您将学习如何用 VNL 的 Builder 构建嵌入两个金(111)表面间的著名分子结之一:二硫杂环戊二烯-苯,即 DTB (有时也被称为苯二硫醇,BDT)。
注意
接下来的工作流程介绍将引导您对 Builder 中各种工具有相当全面的了解。对本例中表面和分子的单个操作不是特定的,而是可以应用于任何其他分子或类似结构。这就是 Builder 的思路—通过通用操作的特异序列,您可以轻松地构建甚至是高度专业化的结构。
构建分子。(如果您在数据库或外部文件里已经准备好时,这步就很简单;本例我们将在苯的基础上做修改,使之成为 DTB)
构件表面,通过分开块状晶体并创建副本,制作两个电极。
将分子放在左侧电极的表面,并将右侧电极连接到分子上。
完成器件构形。
下面的说明可能会显得有些复杂,因为每一步都包含许多操作,但通过一些培训,整个过程可以控制在 5 分钟内完成。另外,请谨记:如果您在以下步骤的任何地方出错,可使用 Undo 撤销(Ctrl + Z)!
从苯到 DTB:构建分子
第一步:点击 Add
Add From Database,从菜单中选择 Databases
Molecules。找到
benzene,点击下方右下角的 + 按钮,将分子添加到 stash。
第二步:将分子转化为 DTB,按下 Ctrl 键,点击选中苯分子上 2 个位于相反方向上的氢原子。然后打开元素周期表
,点击
Sulfur (S) 元素。
将金切割成两个表面
将分子和表面结合
将中心区域转化为器件构形
参考