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adf:viscositycosmo-rs [2023/04/24 17:24] – liu.jun | adf:viscositycosmo-rs [2023/05/31 19:34] (当前版本) – [使用图形界面简单计算粘度性质] liu.jun | ||
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======使用QSPR预测液体粘度、蒸汽压,以及三相点温度、合成难易程度、溶度参数、等张比容、介电常数等===== | ======使用QSPR预测液体粘度、蒸汽压,以及三相点温度、合成难易程度、溶度参数、等张比容、介电常数等===== | ||
+ | =====使用图形界面简单计算粘度性质===== | ||
- 在AMSinput中创建液体单分子结构,使用右下角齿轮(也可以右键点击齿轮,选择Mopac)初步优化 | - 在AMSinput中创建液体单分子结构,使用右下角齿轮(也可以右键点击齿轮,选择Mopac)初步优化 | ||
- ADF模块选择参数:TASK → COSMO-RS Compound,保存并提交作业,运行完毕将生成*.coskf文件 | - ADF模块选择参数:TASK → COSMO-RS Compound,保存并提交作业,运行完毕将生成*.coskf文件 | ||
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- 点击Run按钮,右侧将生成性质列表,例如 | - 点击Run按钮,右侧将生成性质列表,例如 | ||
{{ : | {{ : | ||
+ | |||
+ | 这里粘度的单位是Pa s,液态蒸气压单位为bar。其他单位参考资料:https:// | ||
=====使用Python脚本预测不同温度下的粘度===== | =====使用Python脚本预测不同温度下的粘度===== | ||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 脚本内容如下: | ||
+ | < | ||
+ | import pyCRS | ||
+ | import matplotlib.pyplot as plt | ||
+ | |||
+ | mol = pyCRS.Input.read_smiles(" | ||
+ | |||
+ | prop_name = ' | ||
+ | pyCRS.PropPred.estimate(mol, | ||
+ | print(" | ||
+ | |||
+ | T=[293.15, | ||
+ | vis_exp=[5.35, | ||
+ | vis_exp=[x*1e-3 for x in vis_exp] | ||
+ | #data from https:// | ||
+ | |||
+ | x,y = mol.get_tdep_values(prop_name) | ||
+ | unit = pyCRS.PropPred.units[prop_name] | ||
+ | plt.plot(x, | ||
+ | plt.plot(T, | ||
+ | plt.ylabel(f" | ||
+ | plt.xlabel(" | ||
+ | plt.legend() | ||
+ | plt.show() | ||
+ | </ | ||
+ | ====使用方法==== | ||
+ | 用户可以修改: | ||
+ | * 第3行的smiles:CCCCCCO为需要计算的分子的SMILES | ||
+ | * 第5行range(290, | ||
+ | * 第7行为温度列表,用户自行输入关心的温度 | ||
+ | * 注释掉plt.plot(T, | ||
+ | 运行方式:AMSJobs进入该脚本所在文件夹(全路径中不能含中文空格)→ AMSjobs → Help → Command-Line → 输入sh回车 → 输入amspython cal_vis.py回车即可: | ||
+ | |||
+ | {{ : |