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adf:vdd [2016/05/11 14:40] – [ADF中的VDD] liu.junadf:vdd [2022/05/18 10:03] (当前版本) – [ADF中的VDD] liu.jun
行 1: 行 1:
-======如何进行VDD电荷分析======+======如何使用VDD电荷，分析片段相互作用时的电荷迁移======
  
 ======VDD电荷物理含义====== ======VDD电荷物理含义======
行 8: 行 8:
 {{:adf:hbondanalysis_formula01.png|}} {{:adf:hbondanalysis_formula01.png|}}
  
-Q<sub>A</sub>描述化学键导致的电荷的流动：Q<sub>A</sub>>0表示电荷流出；Q<sub>A</sub><表示电荷流入。+Q<sub>A</sub>描述化学键导致的电荷的流动：Q<sub>A</sub>>0表示负电荷（电子）流出；Q<sub>A</sub><0表示负电荷（电子）流入。
  
 可以使用VDD电荷分析两个分子片段之间的化学键。在其他文献中((C. Fonseca Guerra, F. M. Bickelhaupt, J. G. Snijders, E. J. Baerends, Chem. Eur. J. 1999, 5, 3581))，已经表明对于弱化学键例如氢键，原子的电荷变化很小，这种方法同时会带来很小的人为误差。这是由于所谓的“前线原子”问题导致的，所有的原子电荷方法实际上都有这个问题。为了解决这个问题，直接用形变密度来定义VDD原子电荷的变化量： 可以使用VDD电荷分析两个分子片段之间的化学键。在其他文献中((C. Fonseca Guerra, F. M. Bickelhaupt, J. G. Snijders, E. J. Baerends, Chem. Eur. J. 1999, 5, 3581))，已经表明对于弱化学键例如氢键，原子的电荷变化很小，这种方法同时会带来很小的人为误差。这是由于所谓的“前线原子”问题导致的，所有的原子电荷方法实际上都有这个问题。为了解决这个问题，直接用形变密度来定义VDD原子电荷的变化量：
行 55: 行 55:
 =====ADF中的VDD===== =====ADF中的VDD=====
  
-计算完毕之后，SCM > View > properties > Atom Info >可以查看VDD信息。有三项：VDD（SCF term）、VDD（initial term）、VDD Charge。+计算完毕之后，SCM LOGO> View > properties > Atom Info >可以查看VDD信息。有三项：VDD（SCF term）、VDD（initial term）、VDD Charge。
  
   - 第一项表示整个分子中，每个原子上分布的VDD电量，但定义较为复杂。例如水分子中的H（一个键），约为－0.35（如果是－0.5，则表示该H原子没有净电荷，－0.35表示该H原子净电荷0.15）；水分子中的O（两个键），约为0.70（如果是1.00则表示该O原子不带净电荷，0.70表示该O原子带净电荷－0.3）；CH4中C（四个键）约为1.9（如果是2.0则表示不带净电荷，1.9表示该C原子带净电荷－0.1）   - 第一项表示整个分子中，每个原子上分布的VDD电量，但定义较为复杂。例如水分子中的H（一个键），约为－0.35（如果是－0.5，则表示该H原子没有净电荷，－0.35表示该H原子净电荷0.15）；水分子中的O（两个键），约为0.70（如果是1.00则表示该O原子不带净电荷，0.70表示该O原子带净电荷－0.3）；CH4中C（四个键）约为1.9（如果是2.0则表示不带净电荷，1.9表示该C原子带净电荷－0.1）
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 因此： 因此：
-  * 要计算分子、二聚体、三聚体……中每个原子的净电荷，就不需要设置片段，直接进行单点计算，SCM > View > properties > Atom Info > VDD Charge即对应该原子的带电量——实际上此时是以单个原子为片段的，也就是对比（超）分子中每个原子的净电荷与这些原子孤立存在的时候的净电荷（约为0，之所以是“约”，是因为空间划分的缘故——不是整个无限大的空间）之间的差值，这样当然就是（超）分子中每个原子的净电荷 +  * 要计算分子、二聚体、三聚体……中每个原子的净电荷，就不需要设置片段，直接进行单点计算，SCM LOGO> View > properties > Atom Info > VDD Charge即对应该原子的带电量——实际上此时是以单个原子为片段的，也就是对比（超）分子中每个原子的净电荷与这些原子孤立存在的时候的净电荷（约为0，之所以是“约”，是因为空间划分的缘故——不是整个无限大的空间）之间的差值，这样当然就是（超）分子中每个原子的净电荷 
-  * 要计算片段组合成二聚体、三聚体“之前”与“之后”，片段中原子的净电荷变化量，那么进行标准的片段分析，具体参考[[adf:fragment_analysis|]]。如果有N个片段，那么会自动生成N＋1个任务，其中N个是片段的计算，1个是聚合体的计算。计算完毕之后，在聚合体的ADFinput窗口选择SCM > View > properties > Atom Info > VDD Charge即给出 +  * 要计算片段组合成二聚体、三聚体“之前”与“之后”，片段中原子的净电荷变化量，那么进行标准的片段分析，具体参考[[adf:fragmentanalysis2020|]]。如果有N个片段，那么会自动生成N＋1个任务，其中N个是片段的计算，1个是聚合体的计算。计算完毕之后，在聚合体的ADFinput窗口选择SCM LOGO> View > properties > Atom Info > VDD Charge即给出 
-  * 基于上述原因，一般使用第三项进行分析，第一、二项很少使用+  * 基于上述原因，一般使用VDD Charge。VDD（SCF term）、VDD（initial term）使用不太多。
adf/vdd.1462948851.txt.gz · 最后更改: 2016/05/11 14:40 由 liu.jun

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