差别

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--- adf:vcdanalysis2020 [2020/11/21 14:05] – liu.jun
+++ adf:vcdanalysis2020 [2020/11/22 10:45] (当前版本) – [VCD谱的分析：原子位移、EDTM、MDTM、GCO] liu.jun
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-======VCD谱的分析======
+======振动圆二色谱VCD的分析：原子位移、EDTM、MDTM、GCO======
 本例以如下分子为例：
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 H       0.50817848      -0.55867469       0.97957478
 </code>
+=====参数设置=====
 用户可以直接复制上述坐标在AMSinput窗口CTRL V粘贴即可。为了确保手性，将其中对角的两个H原子改为氘：
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 {{ :adf:2020vcdanalysis03.png?650 }}
+=====结果分析=====
+SCM - Spectra，即打开VCD谱窗口：
+{{ :adf:2020vcdanalysis04.png?650 }}
+AMS提供的VCDtools提供了两类分析方法：1）可以显示与VCD强度相关的特性，即电偶极子和磁偶极子跃迁矩（EDTM，Electric Dipole Transition Moment和MDTM，Magnetic Dipole Transition Moment）以及简正模的原子运动；2）可以进行一般耦合振荡器（General Coupled Oscillator，GCO）分析。
+====每个峰的强度、对应的原子运动、EDTM、MDTM====
+可通过点击频谱的峰，或点击窗口下半部分的模式列表的某一行，来选择不同的简正模。选择模式后，将显示该模式对应的振动，窗口右下角将会列出该模式的一些细节，包括该模式涉及原子运动的百分比、|EDTM|和|MDTM|在每个原子上的分配。
+峰的转动强度在谱中可以看到，在窗口底部列表中也可以看到，例如第12个峰的强度是-19.27。
+{{ :adf:2020vcdanalysis05.png?650 }}
+右下角的列表中，我们可以点击某一行（也就是某个原子），即可在左上半窗口中看到对应的位置（该原子被高亮显示）
+左上半窗口底部有N(箭头)、E(箭头)、M(箭头)、⇄、N、E、M几个按钮，以及GCO。
+{{ :adf:2020vcdanalysis06.png?250 }}
+这几个按钮的作用：
+  * N(箭头)，显示该简正模的原子运动方向
+  * E(箭头)，显示EDTM的方向
+  * M(箭头)，显示MDTM的方向
+  * ⇄，没有特别的作用，只是将显示方向反向而已
+  * N，用原子的大小比例来显示简正模位移的大小，例如H原子运动位移量最大，那么H的尺寸就最大
+  * E，用原子的大小比例来显示EDTM的大小
+  * M，用原子的大小比例来显示MDTM的大小
+  * GCO是进行General Coupled Oscillator分析的按钮，需要先创建两个分区，然后再点击这个按钮，才会进行GCO分析，详见下文
+=====GCO分析=====
+GCO分析，可以分析VCD峰的贡献来源（基团与基团的GCO相互作用的贡献、基团单独的贡献、其他原子的贡献），以及EDTM、MDTM的大小以及xyz方向分量等。
+我们以模式15为例，我们可以通过右下角的分析看到，该模式主要由两个CH基团贡献出来。下面，我们将这两个CH设置为两个分区，然后进行GCO分析。
+设定分区1：按住Shift键，选中其中一个CH基团，然后菜单栏Regions → Set Selection As → New Region即将该基团设定为分区1，名为A分区。
+设定分区2：按住Shift键，选中另一个CH基团，然后菜单栏Regions → Set Selection As → New Region即将该基团设定为分区2，名为B分区。
+两个分区设定完毕：
+{{ :adf:2020vcdanalysis07.png?650 }}
+<color lightgrey>如果要进行多个简正模的GCO分析，那么每建立这一对分区，就需要保存：Regions → Save Regions，设定适当的名字，便于区分、记忆。那么下一次要分析某个模式，就可以通过Regions → Load Regions读取。</color>
+GCO分析：两个分区都设定好之后，点击GCO按钮，就会弹出GCO分析的结果窗口，分析数据。
+可以看到两个分区对EDTM、MDTM的贡献大小（x、y、z分量，以及模（Length））
+<code>
+                              EDTM
+                    =========================
+      Frag.         X           Y           Z         Length
+ -------------------------------------------------------------
+         A:         2.6        -2.1        -2.6          4.2
+         B:         2.0         1.3        -1.9          3.0
+      REST:        -0.3         0.0        -0.2          0.3
+ -------------------------------------------------------------
+     TOTAL:         4.3        -0.7        -4.6          6.4
+                              MDTM
+                    =========================
+      Frag.         X           Y           Z         Length
+ -------------------------------------------------------------
+         A:         6.2         3.0         1.4          7.0
+         B:         4.1        -4.8        -0.7          6.3
+      REST:         0.5        -0.1         0.0          0.5
+ -------------------------------------------------------------
+     TOTAL:        10.7        -1.9         0.7         10.9
+</code>
+两个分区之间的GCO相互作用对转动强度的贡献R_gco、每个分区独立对转动强度的贡献R_if、其他原子对转动强度的贡献R_rest。
+<code>
+      R_gco  -->  Subtotal:       35.91
+ --------------------------------------
+      EDTM_A*MDTM_B(O_dft):       22.25
+      EDTM_B*MDTM_A(O_dft):       13.66
+       R_if  -->  Subtotal:        9.47
+ --------------------------------------
+      EDTM_A*MDTM_A(O_dft):        6.01
+      EDTM_B*MDTM_B(O_dft):        3.46
+       R_rest --> Subtotal:       -0.66
+ --------------------------------------
+EDTM_rest*MDTM_rest(O_dft):       -0.14
+   EDTM_A*MDTM_rest(O_dft):        1.45
+   EDTM_B*MDTM_rest(O_dft):        0.85
+   EDTM_rest*MDTM_A(O_dft):       -1.73
+   EDTM_rest*MDTM_B(O_dft):       -1.09
+ ======================================
+ R = R_gco + R_if + R_rest:       44.71
+</code>
+这里可以看到该模式，其他原子的贡献，以及分区独立贡献非常小。
+GCO各分量的大小：
+<code>
+                                      R_CO:        9.24007
+ -----------------------------------------------------------
+   sin[EDTM_A vs EDTM_B]*|EDTM_A|*|EDTM_B|:       10.42078
+      Y_AB*cos[Y_AB vs. (EDTM_A x EDTM_B)]:        0.96511
+                                 pi*Freq/c:        0.91875
+ -----------------------------------------------------------
+                                     R_COC:       26.66513
+ -----------------------------------------------------------
+   sin[EDTM_A vs EDTM_B]*|EDTM_A|*|EDTM_B|:       10.42078
+    -Y_COC*cos[Y_AB vs. (EDTM_A x EDTM_B)]:        2.78513
+                         pi*NM_frequency/c:        0.91875
+ -----------------------------------------------------------
+</code>
+=====GCO相关参考文献：=====
+https://www.scm.com/doc/AMS/Utilities/VCDtools.html

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