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adf:unifac

AMS中怎样使用UNIFAC方法进行性质计算预测

UNIFAC实际上使用的仅仅是SMILES进行工作,可以使用DFT生成的*.coskf文件,也可以使用QSPR生成的*compkf文件,还可以通过命令行模式直接使用SMILES。

如果熟悉命令行操作,则可以直接参考说明书:https://www.scm.com/doc/COSMO-RS/UNIFAC_program/Input_formatting.html#basic-input

一、UNIFAC如何调用*.coskf文件

1,软件自带数据库中的*.coksf

该数据库在官网可以下载、解压,也可以在联网状态下,通过SCM → Packages,安装ADFCRS-2018 Database。安装完毕后,可以在Compounds → Select Compound(s) from Database → 选择all.compoundlist从而添加全部分子,这个数据库中也包括离子液体的阴离子和阳离子。添加后,在Compounds → List of compounds就会列出这些分子,以供计算时直接使用。数据库中的*.coskf包含了SMILES,因此可以直接供UNIFAC试用。

2,自行生成的*.coskf

如果是自行通过ADF计算生成的*.coskf文件(生成方法参考:如何准备*.coskf文件),需要在Compounds → List of Added Compounds窗口选中该分子,然在右边窗口上方的Generate按钮,生成SMILES,然后UNIFAC才能正常工作,否则会报错。

二、UNIFAC如何调用*.compkf文件

当然,用户也可以自行添加*.comkf文件用于UNIFAC计算,这种后缀的文件,不经过DFT计算,也不十分关心三维结构,添加的方法是:确保Method选择的是COSMO-RS,然后在Compounds → List of Added Compounds窗口中,SMILES框中输入分子的SMILES,点击add即可将其保存为一个*.compkf文件

同时在列表中也就有了:

三、运行UNIFAC

在计算特定性质时,SCM → COSMO-RS → Method → UNIFAC,即选为UNIFAC方法,在性质计算窗口,选用通过上述方式添加的分子即可。使用UNIFAC的时候,计算结果中如果出现:ERROR: UNIFAC: SMILES string contains atoms/substructures which cannot be parsed into UNIFAC 的提示,则表示该结构中,存在UNIFAC不支持的官能团。

不同性质的计算,如果不熟悉,可以参考COSMO-RS的其他教程(COSMO-RS:溶剂化与流体热力学),唯一区别是COSMO-RS方法读取、使用的是*.coskf文件。

四、特例

类似H2O这种分子,只有一个非H原子,FastSigma (QSPR方法) 方法无法为它生成*.comkf文件,因此只能通过第一条中所述的方式使用*.coskf文件:如果数据库中包含则可以直接导入使用;如果没有,可以自行生成*.coskf,并Generate出SMILES后供UNIFAC使用。

而CH4,UNIFAC不支持这个分子。

adf/unifac.txt · 最后更改: 2022/11/24 23:11 由 liu.jun

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