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--- adf:tssexample2020 [2020/11/13 19:07] – [总结] liu.jun
+++ adf:tssexample2020 [2023/04/02 19:44] (当前版本) – [活化能] liu.jun
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-====== 过渡态搜索 ======
+====== 过渡态搜索、自由能、活化能的计算 ======
-本教程软件版本AMS2020.101，以$F_2$与$CH_4$的反应，演示非周期性体系，也就是分子、团簇体系的过渡态搜索。
+本教程软件版本AMS2020.101，以F<sub>2</sub>与CH<sub>4</sub>的反应，演示非周期性体系，也就是分子、团簇体系的过渡态搜索。
 ADF搜索过渡态一般分为如下几个步骤：
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 {{ adf:2020tss01.png?650 |}}
-上图中，按住Shift键，选中F、C原子，右下角出现两个原子之间的距离，之所以这个距离是因为我们估计过渡态键长大约1.4~1.6埃，所以扫描范围略比这个范围大，确保过渡态键长在扫描范围内即可。因此我们将从该距离，扫描到1.3埃。
+上图中，按住Shift键，选中F、C原子，右下角出现两个原子之间的距离，之所以这个距离是因为我们估计过渡态键长大约1.4~1.6埃，所以扫描范围略比这个范围大，确保过渡态键长在扫描范围内即可。因此我们将从该距离，扫描到1.3埃。<color blue>如果缺乏相关经验，则应老老实实地确保扫描起点为反应物，终点为产物。</color>
 PES Scan的计算原理，参考[[adf:peswithlineartransit2020]]。参数设置如下：
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 下面的表格列出了振动的频率、强度，对于虚频（频率为负），点击该行，即可看到对应的振动模式动画。进而检查是否符合过渡态特征。如果最大、最强的这个虚频确实满足过渡态特征，我们就可以继续基于该分子结构真正开始搜索过渡态，也就是下一步。
-  * <color grey>如果有多个虚频，只需要看最大、最强的虚频是否满足过渡态特征即可，有其他小虚频没有关系</color>
+  * <color grey>如果有多个虚频，只需要看波数最大、强度明显最大的虚频是否满足过渡态特征即可，有其他小虚频没有关系</color>
-  * <color grey>如果遇到两个峰的频率、强度接近，如何消除不需要的那个峰呢？参考[[adf:imaginaryfreq2020]]</color>
+  * <color grey>如果遇到两个虚频强度接近，则表示该结构非常劣质，用于过渡态初始猜测将很难收敛到精确过渡态结构。如何消除不需要的那个峰呢？参考[[adf:imaginaryfreq2020]]</color>
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 优化结束后，使用各自优化好的分子结构，重新计算在指定温度、压强下的热力学性质，从而得到Gibbs自由能。将上面过渡态得到的Gibbs自由能与反应物的Gibbs自由能相减，即得到活化能。
+Gibbs自由能的计算，参考：[[adf:ir2020]]
+=====活化能=====
+简而言之就是过渡态的**“能量”**-反应物的**“能量”**。
+如果活化能是应用于厄伦尼乌斯公式，用来计算反应速率，那么**“能量”**一般采用计算结束之后得到的Total Bonding energy（*.logfile尾部的“Bond Energy”、*.out文件中“Total Bonding Energy”），加上零点能（SCM → Output → Other Properties → Zero-Point Energy ，计算频率默认就可以得到该值）。
+如果考虑外部条件，则可以用Gibbs自由能的计算时，得到的焓（Enthalpy H）来相减。
+如果用Gibbs自由能相减，这个能量差值，是不能用于厄伦尼乌斯公式的。
 =====总结=====
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   - 即使初始的反应路径猜测的不是很准确，甚至是错误的，最后也能通过这个过程，得到正确的反应路径。
-AMS软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**：[[adf:trial|]]**
+AMS软件提供**免费试用**，试用申请方式参见**：[[adf:trial|]]**

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