这是本文档旧的修订版!
流程:
如果正确地设置了片段,那么超分子计算的run文件,应该有类似如下的部分:
fragments CO CO.rkf Ni Ni.rkf end
其中CO、Ni就是片段的名字,但是请注意:
如果你没有对片段进行命名,那么片段的名字通常就叫Region_1、Region_2……,这个名字与Atoms的部分是一致的,例如:
Engine ADF Basis Type TZ2P Core Small End Fragments Region_1 Region_1.rkf Region_2 Region_2.rkf End XC GGA PBE DISPERSION GRIMME4 End Relativity Level None End EndEngine
如果有N个片段,fragments与end之间就会有N行。
后面的*.rkf,就是前面计算完毕之后得到的对应的片段的.results/adf.rkf文件。但在Linux中提交的时候,事实上需要将.results/adf.rkf的路径也指明,否则程序并不知道你事先的片段计算得到的adf.rkf在什么地方。
比如CO.t21在/home/fermitech/example/CO/CO.results/adf.rkf,Ni.t21在/home/fermitech/example/Ni/Ni.results/adf.rkf,那么上面的部分就要做如下修改:
fragments CO /home/fermitech/example/CO/CO.results/adf.rkf Ni /home/fermitech/example/Ni/Ni.results/adf.rkf end
之后保存run文件,然后提交该run文件即可。
与ADF模块类似,不过BAND对应的文件名不是*.t21而是*.results文件夹内的band.rkf文件。用户可以在Windows生成的run文件中,直接添加*。results/band.rkf的完整路径即可。例如:
Fragment FileName /public/home/amstest/Task/CO.results/band.rkf AtomMapping 1 9 2 10 End End Fragment FileName /public/home/amstest/Task/MgO.results/band.rkf AtomMapping 1 1 2 2 3 3 4 4 5 5 6 6 7 7 8 8 End End