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adf:submitfragment_lsf

这是本文档旧的修订版!


Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务

ADF模块

流程:

  1. 保存任务时候,会生成N+1个任务,也就是有N个片段run文件,和1个超分子计算的run文件;
  2. 先分别提交N个片段计算的任务,和普通的任务提交方式一样;
  3. N个片段计算完成,得到*.results/adf.rkf文件(也就是旧版中的*.t21文件),之后再提交整个体系计算的run文件,但需要事先对该文件进行修改:

如果正确地设置了片段,那么超分子计算的run文件,应该有类似如下的部分:

fragments
CO  CO.rkf
Ni  Ni.rkf
end

其中CO、Ni就是片段的名字,但是请注意

如果你没有对片段进行命名,那么片段的名字通常就叫Region_1、Region_2……,这个名字与Atoms的部分是一致的,例如:

Engine ADF
    Basis
        Type TZ2P
        Core Small
    End
    Fragments
        Region_1 Region_1.rkf 
        Region_2 Region_2.rkf 
    End
    
    XC
        GGA PBE
        DISPERSION GRIMME4
    End
    Relativity
        Level None
    End
EndEngine

如果有N个片段,fragments与end之间就会有N行。

后面的*.rkf,就是前面计算完毕之后得到的对应的片段的.results/adf.rkf文件。但在Linux中提交的时候,事实上需要将.results/adf.rkf的路径也指明,否则程序并不知道你事先的片段计算得到的adf.rkf在什么地方。

比如CO.t21在/home/fermitech/example/CO/CO.results/adf.rkf,Ni.t21在/home/fermitech/example/Ni/Ni.results/adf.rkf,那么上面的部分就要做如下修改:

fragments
CO  /home/fermitech/example/CO/CO.results/adf.rkf
Ni  /home/fermitech/example/Ni/Ni.results/adf.rkf
end

之后保存run文件,然后提交该run文件即可。

BAND模块

与ADF模块类似,不过BAND对应的文件名不是*.t21而是*.results文件夹内的band.rkf文件。用户可以在Windows生成的run文件中,直接添加*。results/band.rkf的完整路径即可。例如:

    Fragment
        FileName /public/home/amstest/Task/CO.results/band.rkf
        AtomMapping
            1 9
            2 10
        End
    End
    Fragment
        FileName /public/home/amstest/Task/MgO.results/band.rkf
        AtomMapping
            1 1
            2 2
            3 3
            4 4
            5 5
            6 6
            7 7
            8 8
        End
    End
adf/submitfragment_lsf.1606128359.txt.gz · 最后更改: 2020/11/23 18:45 由 liu.jun

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