adf:submitfragment_lsf

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--- adf:submitfragment_lsf [2019/12/09 17:27] – [BAND模块] liu.jun
+++ adf:submitfragment_lsf [2022/07/28 12:30] (当前版本) – [ADF模块] liu.jun
@@ 行 4: / 行 4: @@
   - 保存任务时候，会生成N＋1个任务，也就是有N个片段run文件，和1个超分子计算的run文件；
   - 先分别提交N个片段计算的任务，和普通的任务提交方式一样；
-  - N个片段计算完成，得到TAPE21文件（或者*.t21文件），之后再提交整个体系计算的run文件，但需要事先对该文件进行修改：
+  - N个片段计算完成，得到*.results/adf.rkf文件（也就是旧版中的*.t21文件），之后再提交整个体系计算的run文件，但需要事先对该文件进行修改：
-如果正确地设置了片段，那么超分子计算的run文件，应该有类似如下的部分：
+在Windows中如果正确地设置了片段，那么整个体系计算的run文件，应该有类似如下的部分：
   fragments
-  CO  CO.t21
+  CO  CO.rkf
-  Ni  Ni.t21
+  Ni  Ni.rkf
   end
-其中CO、Ni就是片段的名字，**但是请注意**：
-<color blue>如果你没有对片段进行命名，那么片段的名字通常就叫Region_1、Region_2……，这个名字与Atoms的部分是一致的，例如：</color>
+在Linux系统中提交作业，软件不能自动改名字，因此用户需要手动修改脚本，指向片段的*.results/adf.rkf文件（Linux上提交作业，默认生成的是ams.results文件夹，建议用户把文件夹名字改掉），例如：
-{{:adf:fragmenttask02.png?600|}}
-至于后面的＊.t21的命名，则无所谓。但需要与设置的片段确实对应上！
-如果有N个片段，fragments与end之间就会有N行。
-后面的＊.t21就是前面计算完毕之后得到的对应的片段的＊.t21文件。但在Linux中提交的时候，事实上需要将＊.t21的路径也指明，否则程序并不知道你事先的片段计算得到的*.t21在什么地方。
-比如CO.t21在/home/fermitech/example/CO/CO.t21，Ni.t21在/home/fermitech/example/Ni/Ni.t21，那么上面的部分就要做如下修改：
   fragments
-  CO  /home/fermitech/example/CO/CO.t21
+  CO  /home/fermitech/example/CO/CO.results/adf.rkf
-  Ni  /home/fermitech/example/Ni/Ni.t21
+  Ni  /home/fermitech/example/Ni/Ni.results/adf.rkf
   end
@@ 行 34: / 行 23: @@
 =====BAND模块=====
-与ADF模块类似，不过BAND对应的文件名不是*.t21而是*.results文件夹内的band.rkf文件。用户可以在Windows生成的run文件中，直接添加*。results/band.rkf的完整路径即可。例如：
+与ADF模块类似，不过BAND对应的文件是*.results文件夹内的band.rkf文件。用户可以在Windows生成的run文件中，直接添加*.results/band.rkf的完整路径即可。例如：
 <code>
     Fragment

adf/submitfragment_lsf.1575883645.txt.gz · 最后更改: 2019/12/09 17:27 由 liu.jun

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