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adf:submitfragment_lsf [2017/03/16 13:40] – liu.jun | adf:submitfragment_lsf [2022/07/28 12:30] (当前版本) – [ADF模块] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
======Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务 ====== | ======Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务 ====== | ||
+ | =====ADF模块===== | ||
流程: | 流程: | ||
- 保存任务时候,会生成N+1个任务,也就是有N个片段run文件,和1个超分子计算的run文件; | - 保存任务时候,会生成N+1个任务,也就是有N个片段run文件,和1个超分子计算的run文件; | ||
- 先分别提交N个片段计算的任务,和普通的任务提交方式一样; | - 先分别提交N个片段计算的任务,和普通的任务提交方式一样; | ||
- | - N个片段计算完成,得到TAPE21文件(或者*.t21文件),之后再提交整个体系计算的run文件,但需要事先对该文件进行修改: | + | - N个片段计算完成,得到*.results/ |
- | 如果正确地设置了片段,那么超分子计算的run文件,应该有类似如下的部分: | + | 在Windows中如果正确地设置了片段,那么整个体系计算的run文件,应该有类似如下的部分: |
fragments | fragments | ||
- | CO CO.t21 | + | CO CO.rkf |
- | Ni Ni.t21 | + | Ni Ni.rkf |
end | end | ||
| | ||
- | 其中CO、Ni就是片段的名字,**但是请注意**: | ||
- | <color blue> | + | 在Linux系统中提交作业,软件不能自动改名字,因此用户需要手动修改脚本,指向片段的*.results/ |
- | + | ||
- | {{: | + | |
- | + | ||
- | 至于后面的*.t21的命名,则无所谓。但需要与设置的片段确实对应上! | + | |
- | + | ||
- | 如果有N个片段,fragments与end之间就会有N行。 | + | |
- | + | ||
- | 后面的*.t21就是前面计算完毕之后得到的对应的片段的*.t21文件。但在Linux中提交的时候,事实上需要将*.t21的路径也指明,否则程序并不知道你事先的片段计算得到的*.t21在什么地方。 | + | |
- | + | ||
- | 比如CO.t21在/ | + | |
fragments | fragments | ||
- | CO / | + | CO / |
- | Ni / | + | Ni / |
end | end | ||
| | ||
之后保存run文件,然后提交该run文件即可。 | 之后保存run文件,然后提交该run文件即可。 | ||
+ | |||
+ | =====BAND模块===== | ||
+ | 与ADF模块类似,不过BAND对应的文件是*.results文件夹内的band.rkf文件。用户可以在Windows生成的run文件中,直接添加*.results/ | ||
+ | < | ||
+ | Fragment | ||
+ | FileName / | ||
+ | AtomMapping | ||
+ | 1 9 | ||
+ | 2 10 | ||
+ | End | ||
+ | End | ||
+ | Fragment | ||
+ | FileName / | ||
+ | AtomMapping | ||
+ | 1 1 | ||
+ | 2 2 | ||
+ | 3 3 | ||
+ | 4 4 | ||
+ | 5 5 | ||
+ | 6 6 | ||
+ | 7 7 | ||
+ | 8 8 | ||
+ | End | ||
+ | End | ||
+ | </ |