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adf:solvationmethod

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adf:solvationmethod [2017/03/09 14:22] – [COSMO] liu.junadf:solvationmethod [2017/06/08 11:16] (当前版本) – [SCRF] liu.jun
行 13: 行 13:
 f(ϵ)=(ϵ−1)/(ϵ+x) f(ϵ)=(ϵ−1)/(ϵ+x)
  
-其中ϵ为介电常数ADF软件有几十种内置溶剂,如果选择内置溶剂的话,介电常内置了,不需要设置。x是一个可调参数+其中ϵ为介电常数;x是一个可调参数;CAV0、CAV1是关于溶剂化模型里面涉及到从溶剂均匀介质中挖孔、放入溶质分子带来的能量变化。area是描述挖孔的表面积、体积等因素。 
 + 
 +ADF软件有几十种内置溶剂,如果选择内置溶剂的话,这些参数内置了,不需要设置。
    
-这里面,没有考虑溶质对溶剂的反作用,从而导致溶剂的改变,从而反过来引发对溶质的作用的改变。这种互相影响达到平衡,叫做“自洽”。COSMO里面没有考虑自洽的效果。+这里面,没有考虑溶质对溶剂的反作用,导致溶剂的改变,从而反过来引发对溶质的作用的改变。这种互相影响达到平衡,叫做“自洽”。COSMO里面没有考虑自洽的效果。但如果溶质、溶剂的极性比较弱的话,这种自洽的效果就很弱,可以忽略。 
 + 
 +参考:https://www.scm.com/doc/ADF/Input/COSMO.html
 =====SCRF===== =====SCRF=====
  
 +如果溶质、溶剂分子具有极性,那么溶质分子可能导致溶剂的极化,从而改变溶剂。与COSMO类似,SCRF也是将溶剂考虑为均匀介质,但区别是,SCRF会考虑这种溶质对溶剂的反作用,会考虑溶剂、溶质的平衡,也就是自洽。SCRF为Self-Consistent Reaction Field的缩写。
 +
 +参考:https://www.scm.com/doc/ADF/Input/SCRF.html
 +
 +因为SCRF要做自洽迭代的溶剂化,所以它的计算流程是:
 +  * 计算一次溶质的SCF;
 +  * 然后在溶质电子分布下,计算溶剂的情况;
 +  * 在新的溶剂情况下,再计算一次溶质的SCF;
 +  * 在新的溶质电子分布下,再计算溶剂的情况;
 +  * ……
 +  * 如此循环,直到溶剂、溶质的结果都几乎不再变动,即所谓收敛。
 +
 +因此,一次SCRF溶剂化的单点计算或者片段分析,可能有很多个Bonding Energy(溶质的每一次SCF都会得到一次Boding Energy),看最后一个就是最终结果。
 +
 +SCRF不支持结构优化、Linear Transit、Transition State等。
 =====SM12===== =====SM12=====
  
 +该溶剂化模型中,溶剂化能定义为:
 +
 +ΔG<sup>⊗</sup><sub>S</sub>=ΔE<sub>E</sub>+G<sub>P</sub>+G<sub>CDS</sub>+ΔG<sub>N</sub>+ΔG<sup>⊗</sup><sub>conc</sub>
 +
 +其中:
 +  * ⊗表示任意标准的态;
 +  * ΔE<sub>E</sub>表示溶质分子,在结构保持不变的情况下,从气相变为液相的内能变化;
 +  * G<sub>P</sub>表示溶质-溶剂体系中,当溶质分子插入时的极化自由能;
 +  * G<sub>CDS</sub>表示与孔穴形成、色散、溶剂结构相关的自由能;
 +  * ΔG<sub>N</sub>表示原子核坐标的变化引起的ΔG<sup>0</sup><sub>S</sub>的改变量;
 +  * ΔG<sup>⊗</sup><sub>conc</sub>表示气相和液相中浓度变化带来的影响
 +
 +SM12模型对溶剂的描述比SCRF更精细。
 +
 +英文手册:https://www.scm.com/doc/ADF/Input/SM12.html
 =====3D-RISM===== =====3D-RISM=====
 +使用非常多的经验参数详细描述溶剂的每个原子对溶质的影响,使用较为复杂。
 +参考:[[adf:3d-rism]]
 +
 +=====QMMM=====
 +溶剂的影响不再单纯考虑为均匀介质,会考虑溶剂原子的电荷、偶极电荷甚至四极电荷的影响。
 +参考:[[adf:qmmm]]
 +
 +=====FDE=====
 +
 +FDE方法支持将计算的区域分为两个或多个区域,可以分别设置某个区域精确计算,某些区域作为“环境”,但“环境”本身也使用DFT计算得到。
 +
 +参考:
 +  * [[adf:fdeforsolvation|FDE与COSMO方法计算的对比]]
 +  * 英文手册:https://www.scm.com/doc/ADF/Input/FDE.html
adf/solvationmethod.1489040556.txt.gz · 最后更改: 2017/03/09 14:22 由 liu.jun

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