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adf:setchageformolecule

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adf:setchageformolecule [2018/01/15 13:19] – [用途] liu.junadf:setchageformolecule [2024/05/15 21:17] (当前版本) – liu.jun
行 1: 行 1:
 ====== 如何为某部分原子（例如某个分子）设置固定电荷====== ====== 如何为某部分原子（例如某个分子）设置固定电荷======
- +注意，该功能设置的电荷，在整个分子动力学模拟过程中，都是保持不变的。 
-=====一、为分子指定带电量===== +  * [[adf:setchargeforreaxff2020|]] 
-有的时候，我们希望在ReaxFF的模拟过程中，希望某些分子上带上一定的电量。这可以通过在run文件的geo部分设置相应的关键字进行指定。例如下面是一个水分子和一个SO<sub>3</sub><sup>2-</sup>的体系，我们希望SO<sub>3</sub>这四个原子总共带电-2： +  * [[adf:setchargeforreaxff2019|2019以及以前的版本]]
- +
-<code bash> +
-cat > geo <<eor +
-BIOGRF 200 +
-MOLCHARGE 4 7 -2 +
-MOLCHARGE 1 3 0 +
-DESCRP chargeformolecules +
-REMARK Created by ADFinput +
-CRYSTX    10.00000   10.00000   10.00000   90.00000   90.00000   90.00000 +
-HETATM     1 O                  -1.13087   0.90935  -0.15491 O      1 1  0.0  +
-HETATM     2 H                  -1.06778   0.12386  -0.71599 H      1 1  0.0  +
-HETATM     3 H                  -0.46757   0.93562   0.54899 H      1 1  0.0  +
-HETATM     4 S                   1.19586  -1.51753   0.46753 S      1 1  0.0  +
-HETATM     5 O                   1.05268  -0.43047   1.46261 O      1 1  0.0  +
-HETATM     6 O                   0.32616  -1.51702  -0.72999 O      1 1  0.0  +
-HETATM     7 O                   2.23479  -2.55822   0.63107 O      1 1  0.0  +
-END +
- +
-eor +
-</code> +
- +
-其中： +
-  * 1～3原子是水分子的，总带电量为0，因此设置为：MOLCHARGE 1 3 0 +
-  * 4～7原子是SO3的，总带电量为-2，因此设置为：MOLCHARGE 4 7 -2 +
-  * 必须为所有原子指定，不然会报错。例如本例中如果只设置了MOLCHARGE 4 7 -2，没有设置MOLCHARGE 4 7 -2，就会报错。 +
-  * 该情况仅仅当你确定这个分子在动力学过程中，电荷确实不变，才有意义；如果分解了、和其他原子成键了，这个设定就没有意义了。 +
-=====二、为每个原子指定带电量===== +
- +
-在geo部分，HETATM开头的每一行，最后一列增加一个数字，即电荷。同时control部分，设置icharg为6（默认值为4）。 +
-当然，也可以用“一”中的方式。 +
-=====三、可能的用途===== +
-为孤立H原子或者OH、酸根设置带电量，可以一定程度上模拟酸碱度环境的影响。+
adf/setchageformolecule.1515993562.txt.gz · 最后更改: 2018/01/15 13:19 由 liu.jun

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